지자체 설치 병원의 수익은 법인세 대상인가?

지방자치단체가 병원인 비영리법인을 직접 설치하였다. 다른 비영리법인과 위·수탁협약을 맺어 병원을 위탁 운영하고 손익의 전부 또는 일부가 수탁 법인에 귀속될 수 있다.

지방자치단체가 ｢의료법｣ 제33조 제2항 제2호에 따라 직접 설치한 병원인 비영리법인(A)은 ｢법인세법｣ 제3조 제2항에 따라 법인세 납세의무가 없는 것임

법인세과-93

지방자치단체가 ｢의료법｣ 제33조 제2항 제2호에 따라 직접 설치한 병원인 비영리법인(A)은 ｢법인세법｣ 제3조 제2항에 따라 법인세 납세의무가 없는 것입니다.

다만, 지방자치단체가 직접 설치한 비영리법인(A)의 관리운영 업무를 다른 비영리법인(B)와 위․수탁협약을 체결하여 병원을 위탁 운영하고, 그 손익의 전부 또는 일부가 병원을 위탁받아 운영하는 비영리법인(B)에 귀속되는 경우 비영리법인(B)의 해당사업은 ｢법인세법 시행령｣ 제3조 제1항에 따라 수익사업에 해당하는 것입니다.

질의

지방자치단체가 병원을 직접 설치하고 비영리법인에 위탁하여 운영하는 경우 병원 수익의 법인세 과세 여부

회답

지방자치단체가 「의료법」 제33조 제2항 제2호에 따라 직접 설치한 병원인 비영리법인(A)은 「법인세법」 제3조 제2항에 따라 법인세 납세의무가 없는 것입니다.

다만, 지방자치단체가 직접 설치한 비영리법인(A)의 관리운영 업무를 다른 비영리법인(B)와 위․수탁협약을 체결하여 병원을 위탁 운영하고, 그 손익의 전부 또는 일부가 병원을 위탁받아 운영하는 비영리법인(B)에 귀속되는 경우 비영리법인(B)의 해당사업은 「법인세법 시행령」 제3조 제1항에 따라 수익사업에 해당하는 것입니다.

국세청 법령해석 서면-2023-법인-3397 (<time datetime="2024-01-10">2024.01.10</time> 회신), "지자체 설치 병원의 수익은 법인세 대상인가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/200000000000008110/