3년 후 지주회사 제외 시 익금에 산입하는가?

질의법인은 지주회사로 전환되면서 2007년 12월 현물출자 또는 자기주식 교환으로 주식을 취득했습니다. 그 다음 사업연도 개시일부터 3년이 지난 연도 이후 지주회사 제외신고를 하는 사례입니다.

’07년 과세특례를 적용받은 질의법인이 ’24년 이후 지주회사에서 제외되는 경우 사후관리대상에 해당하지 않음

법인세과-0539

｢조세특례제한법｣제38조의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】를 적용함에 있어 법률 제10406호(2010.12.27.)로 개정되기 전의 같은 법 같은 조의 제2항에 따른 과세특례를 적용받은 (전환)지주회사가 지주회사 제외신고를 할 경우 ｢조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)｣ 부칙 제18조 제2항에 따라 같은 법 제38조의2 제3항(2010.10.27., 법률 제10406호로 개정된 것)을 적용하는 것이므로 현물출자일 또는 자기주식교환일로부터 3년 이내에 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 따른 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날의 현재의 시가와의 차액을 익금에 산입하는 것입니다.

따라서, 질의법인의 사례와 같이 지주회사로 전환되면서 현물출자 또는 자기주식 교환으로 주식을 취득한 날(2007년 12월)의 다음 사업연도 개시일부터 3년이 경과한 연도 이후에 지주회사 제외신고를 하는 경우에는 과세이연된 금액을 익금에 산입하지 않는 것입니다.

질의

과세특례를 적용받은 지주회사가 지주회사 제외신고를 할 때 사후관리 위반에 해당하는지 여부.

회답

1. 개정 전 「조세특례제한법」 제38조의2 제2항에 따른 과세특례를 적용받은 지주회사의 제외신고에는 부칙 제18조 제2항에 따라 같은 법 제38조의2 제3항을 적용합니다.

2. 현물출자일 또는 자기주식교환일부터 3년 이내에 지주회사에 해당하지 않게 되면 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날 현재 시가의 차액을 익금에 산입합니다.

3. 질의법인처럼 2007년 12월의 주식 취득일 다음 사업연도 개시일부터 3년이 지난 연도 이후에 제외신고하면 과세이연 금액을 익금에 산입하지 않습니다.

국세청 법령해석 서면-2024-법인-0254 (<time datetime="2024-04-15">2024.04.15</time> 회신), "3년 후 지주회사 제외 시 익금에 산입하는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/200000000000006668/