임상시험약 무환수입 부가세는 공제되는가?

국세청 공식 회신문서번호 서면-2020-법령해석부가-2714회신일 2021.11.29세목 부가가치세회신 후 개정 보관 문서

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한 줄 답 · 국세청 회신 2021.11.29

자기 명의의 수입세금계산서를 받은 경우 해당 부가가치세액은 매출세액에서 공제할 수 있다.

임상시험수탁기관이 시험용 의약품을 무환수입할 때 수입 부가가치세를 공제할 수 있는지 물었다. 자기 명의의 수입세금계산서를 받은 경우 해당 부가가치세액은 매출세액에서 공제할 수 있다. 임상시험용 약품을 자기의 책임과 계산으로 수입해 임상시험수탁용역에 제공하는 경우여야 한다.

근거 조문 부가가치세법 제38조제1항제2호

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 부가가치세법(2026.01.02 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

사실관계

사업자는 임상시험기관인 외국법인의 한국지점이며 외국본점과 임상시험지원계약을 체결하였다. 외국 제약사로부터 임상시험용 약품을 자기의 책임과 계산으로 무환수입하고 자기 명의의 수입세금계산서를 받았다.

질의요지

임상시험수탁기관이 해외의뢰자와의 임상용역계약에 따라 해외의뢰자로부터 임상시험용의약품을 자기의 책임과 계산하에 무환수입하고 자기명의로 수입세금계산서를 교부받은 경우 해당 의약품 수입에 대한 부가가치세액은 공제하는 것임

회답

법령해석과-4160

본문(원문)

사업자는 임상시험기관인 외국법인(이하 “외국본점”)의 한국지점으로, 외국본점이 외국 제약사와 체결한 임상시험 위탁용역계약에 따라 국내 임상시험 수행을 위해 외국본점과 임상시험지원계약을 체결하여 임상시험수탁기관으로서 임상시험수탁용역을 제공하면서 외국제약사로부터 임상시험용 약품을 자기의 책임과 계산하에 무환수입하고 자기명의로 수입세금계산서를 교부받은 경우 해당 의약품 수입에 대한 부가가치세액은「부가가치세법」제38조제1항제2호에 따라 자기의 매출세액에서 공제가능한 것입니다.

정제 정리

질의

외국법인의 한국지점이 임상시험수탁용역을 제공하면서 외국 제약사로부터 임상시험용 약품을 무환수입한 경우 수입 부가가치세액을 공제할 수 있는지 여부.

회답

외국본점과 체결한 임상시험지원계약에 따라 임상시험수탁용역을 제공하면서 외국 제약사로부터 임상시험용 약품을 자기의 책임과 계산하에 무환수입하고 자기 명의로 수입세금계산서를 교부받은 경우, 해당 의약품 수입에 대한 부가가치세액은 「부가가치세법」제38조제1항제2호에 따라 자기의 매출세액에서 공제 가능합니다.

근거 법령·조문 govbrief.kr 조문 페이지로 연결

부가가치세법 제38조제1항제2호 (공제하는 매입세액) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면-2020-법령해석부가-2714 (2021.11.29 회신), "임상시험약 무환수입 부가세는 공제되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000524879/

출처·편집 정보

원문: 국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000524879)
원 제목: 임상시험수탁기관이 임상시험 수행을 위탁 받고 시험용의약품을 무환수입하는 경우 매입세액공제 여부
공개 등급: 보관(중복·본문 짧음) · 검색 색인 제외
편집: 질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신: 2026-09-09