물류센터 사업권 매입세액은 공제되는가?

양도자는 토지 매수계약 후 허가 신청, 용역계약, 임차인 유치 등 사업을 진행했다. 양수자는 토지 매수인 지위를 포함한 사업 관련 일체의 권리를 매입했다.

물류센터 신축ㆍ임대업을 영위하고자 하는 사업자가 다른 사업자로부터 토지 매수인 지위를 포함한 사업권 일체를 매입하는 경우 사업권 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 해당 사업권 대가에 포함된 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 비용에 대한 매입세액은 공제하지 아니함

법령해석과-2358

물류센터를 신축‧임대하는 사업을 영위하고자 하는 사업자(이하 “양수자”)가 기존에 토지를 매수하는 계약을 체결하여 개발행위 및 건축허가 신청, 관련 용역계약 체결, 물류센터 임차인 유치 등의 사업을 진행해 오던 다른 사업자(이하 “양도자”)로부터 해당 토지의 매수인 지위를 포함한 사업 관련 일체의 권리(이하 “사업권”)를 매입하며 부담한 사업권 관련 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조제1항제1호에 따라 양수자의 매출세액에서 공제하는 것이나 해당 사업권 대가에 포함된 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 비용에 대한 매입세액은 같은 법 제39조에 따라 공제되지 아니하는 것임

질의

물류센터 신축·임대사업을 위해 토지 매수인 지위를 포함한 사업권을 매입한 경우 매입세액을 공제할 수 있는지.

회답

사업권 관련 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제38조제1항제1호에 따라 양수자의 매출세액에서 공제합니다. 다만, 사업권 대가에 포함된 토지를 취득할 수 있는 권리 및 토지에 대한 자본적 지출 관련 비용의 매입세액은 같은 법 제39조에 따라 공제하지 않습니다.

국세청 법령해석 사전-2019-법령해석부가-0406 (2019.09.11 회신), "물류센터 사업권 매입세액은 공제되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000424670/