합병 시 이월결손금은 어떤 방법으로 공제하나?

합병법인이 중소기업 간 또는 동일사업 법인 간 합병을 했다. 합병법인은 이월결손금을 승계사업과 그 밖의 사업으로 구분경리하여 과세표준과 세액을 신고했다.

합병시 이월결소금 공제를 사업용 고정자산가액 비율로 안분하는 경우 합병법인의 사업용 고정자산가액은 사업부문의 일부가 결손이 발생하였는지와 관계없이 합병법인의 이월결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유ㆍ사용하는 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따르는 것임

법인세과-2680

질의1과 관련하여 ｢법인세법｣ 제45조 제1항에서“대통령령으로 정하는 자산가액 비율”계산시 합병등기일 현재 합병법인의 사업용 고정자산가액은 사업부문의 일부가 결손이 발생하였는지와 관계없이 합병법인의 이월결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)･사용하는 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따르는 것입니다.

질의2와 관련하여 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간 합병을 한 합병법인이 합병등기일 현재 합병법인의 이월결손금을 ｢법인세법｣ 제45조 제1항에 따라 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 구분경리하는 방법으로 공제하여 법인세의 과세표준과 세액을 신고한 경우, 그 신고한 과세표준과 세액을 구분경리가 아닌 사업용 고정자산가액 비율로 안분계산한 방법으로 재계산하여 경정청구할 수 없는 것입니다.

질의

1. 이월결손금을 사업용 고정자산가액 비율로 안분할 때 합병법인의 자산가액을 어떻게 계산하는지.

2. 구분경리 방식으로 신고한 뒤 고정자산가액 비율 방식으로 경정청구할 수 있는지.

회답

1. 각 사업연도 종료일 현재 계속 보유·사용하는 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따릅니다. 일부 사업부문의 결손 발생 여부와 관계없고 처분 후 대체한 경우를 포함합니다.

2. 구분경리 방법으로 신고한 과세표준과 세액을 사업용 고정자산가액 비율로 재계산하여 경정청구할 수 없습니다.

국세청 법령해석 서면-2017-법인-3465 (2018.10.16 회신), "합병 시 이월결손금은 어떤 방법으로 공제하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000354683/