해운특례 요건을 두 번 위반하면 포기신청이 되나요?

해운기업 과세표준 계산특례를 적용받던 법인이 특례적용요건을 2개 사업연도 이상 위반하였다. 2회째 위반으로 법인세법을 적용받게 된 최초 사업연도의 신고와 서류 제출이 문제 되었다.

해운기업 과세표준 계산특례를 적용받던 법인이 특례적용요건을 2개 사업연도 이상 위반한 경우 2회째 위반한 사업연도에 특례 포기신청은 할 수 없음

법령해석과-3445

｢조세특례제한법｣ 제104조의10의 ‘해운기업 과세표준 계산특례’를 적용받던 특례적용기업(이하 “해당법인”이라 함)이 특례적용요건을 2개 사업연도 이상 위반한 경우에는 같은 법 같은 조 제6항에 따라 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준 계산특례 적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준 계산특례를 적용받을 수 없는 것이며 2회째 위반한 사업연도 과세표준 신고시 과세표준 특례포기 신청은 할 수 없는 것임

또한, 해당법인이 특례적용요건 2회째 위반으로 ｢법인세법｣을 적용받게 된 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 특례적용기간에 관하여 작성한 세무조정계산서 등 ｢법인세법｣ 제60조 제2항 각 호의 서류를 같은 조 제1항에 따른 신고와 함께 제출하는 경우에는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제104조의7제8항제4호 각목 외의 부분 단서에 따라 특례적용기간에도 계속하여 ｢법인세법｣을 적용받은 것으로 보고 ｢조세특례제한법｣ 제144조의 ‘세액공제액의 이월공제’를 적용하는 것임

질의

해운기업 과세표준 계산특례 적용요건을 2개 사업연도 이상 위반한 경우 특례 포기신청과 세액공제액 이월공제의 적용방법.

회답

｢조세특례제한법｣ 제104조의10의 ‘해운기업 과세표준 계산특례’를 적용받던 특례적용기업이 특례적용요건을 2개 사업연도 이상 위반한 경우에는 같은 법 같은 조 제6항에 따라 2회째 위반하게 된 사업연도부터 해당 과세표준 계산특례 적용기간의 남은 기간과 다음 5개 사업연도 기간은 과세표준 계산특례를 적용받을 수 없으며, 2회째 위반한 사업연도 과세표준 신고 시 과세표준 특례포기 신청은 할 수 없습니다.

또한 해당법인이 특례적용요건 2회째 위반으로 ｢법인세법｣을 적용받게 된 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 특례적용기간에 관하여 작성한 세무조정계산서 등 ｢법인세법｣ 제60조 제2항 각 호의 서류를 같은 조 제1항에 따른 신고와 함께 제출하는 경우에는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제104조의7제8항제4호 각목 외의 부분 단서에 따라 특례적용기간에도 계속하여 ｢법인세법｣을 적용받은 것으로 보고 ｢조세특례제한법｣ 제144조의 ‘세액공제액의 이월공제’를 적용합니다.

국세청 법령해석 사전-2017-법령해석법인-0728 (2017.11.29 회신), "해운특례 요건을 두 번 위반하면 포기신청이 되나요?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000324868/