매출 확정 전 의제매입세액 공제율은 어떻게 정하나요?

제조업자가 물적분할하면서 분할 전에 구입한 면세농산물 등을 분할신설법인에 승계했다. 분할존속법인과 분할신설법인은 관계기업에 해당하며, 면세농산물 구입 과세기간에는 중소기업 매출액 범위 해당 여부가 확정되지 않았다.

법인사업자의 중소기업여부가 확정되기 전의 과세기간 경우 연간매출액으로 환산한 매출액을 기준으로 중소기업여부를 판단하여 공제율을 적용하는 것이며, 연간매출액이 확정되는 과세기간에 정산하는 것임

제조업을 영위하는 사업자가 물적분할하면서 분할신설법인에게 분할 전에 구입한 면세농산물 등을 승계하고 해당 사업자(분할존속법인)와 분할신설법인(이하 “관계기업”이라 한다)이 중소기업기본법 시행령 제2조제3호에 따른 관계기업에 해당하는 경우로서 면세농산물 등을 구입한 과세기간에 조세특례제한법 시행령 제2조제1항에 따라 중소기업으로 보는 매출액 범위에 해당하는지가 확정되지 아니한 경우에는 면세농산물 구입일이 속하는 과세기간에는 해당 사업연도 개시일부터 과세기간(또는 예정신고기간) 종료일까지 관계기업의 매출액 합계액을 연간 매출액으로 환산하여 중소기업 해당여부를 판정한 후 부가가치세법 시행령 제84조제1항을 적용하여 의제매입세액 공제액을 계산하고, 중소기업 해당여부가 확정된 과세기간에 해당 과세기간과 직전 과세기간의 의제매입세액을 정산하는 것임. 또한,「부가가치세법 시행령」제84조제1항 단서의 규정을 적용할 때 각 관계기업이 면세농산물등과 관련하여 해당 과세기간에 공급한 과세표준을 기준으로 한도액을 계산하는 것임

질의

연간매출액이 확정되기 전 과세기간의 의제매입세액 공제율과 한도액 적용방법.

회답

1. 제조업자가 물적분할하면서 분할신설법인에게 분할 전에 구입한 면세농산물 등을 승계하고 분할존속법인과 분할신설법인이 관계기업에 해당하는 경우, 면세농산물 등을 구입한 과세기간에 중소기업 매출액 범위 해당 여부가 확정되지 않았다면 사업연도 개시일부터 해당 과세기간 또는 예정신고기간 종료일까지 관계기업의 매출액 합계액을 연간 매출액으로 환산합니다.

2. 환산액으로 중소기업 해당 여부를 판정한 후 부가가치세법 시행령 제84조제1항을 적용하여 의제매입세액 공제액을 계산하고, 중소기업 해당 여부가 확정된 과세기간에 해당 과세기간과 직전 과세기간의 의제매입세액을 정산합니다.

3. 「부가가치세법 시행령」제84조제1항 단서를 적용할 때에는 각 관계기업이 면세농산물등과 관련하여 해당 과세기간에 공급한 과세표준을 기준으로 한도액을 계산합니다.

국세청 법령해석 법규부가2014-228 (2014.08.07 회신), "매출 확정 전 의제매입세액 공제율은 어떻게 정하나요?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000153763/