공장 간 반출 시 의제매입세액 한도는 어떻게 계산하나?

주사업장 총괄납부사업자가 A공장에서 면세농산물등으로 과세재화를 생산한다. 일부는 직매장에서 판매하고 나머지는 B공장에서 추가가공한 뒤 판매한다.

공장에서 생산된 재화의 일부는 그대로 직매장을 통해 판매되고 나머지는 다른 공장에서 2차 가공을 거쳐 직매장에서 판매되는 경우 해당 공장의 의제매입세액공제 한도액 계산시 직매장에서 판매된 과세표준을 기준으로 한도액을 계산함

「부가가치세법」제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자가 "A" 공장에서 면세농산물등을 구입하여 생산한 과세재화의 일부를 직매장에 반출하여 판매하고 잔여 재화는 "B"공장으로 반출되어 추가가공을 거쳐 직매장에 반출되어 해당 과세재화가 판매되는 경우 같은 법 시행령 제84조 제1항에 따른 의제매입세액공제 한도액을 계산함에 있어 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”에는 해당 과세기간에 "A"공장에서 직매장으로 반출되어 판매된 과세표준액과 "B"공장으로 반출되어 가공 후 판매장에서 판매된 과세표준의 합계액으로 하는 것임.

또한 2개 이상의 사업장이 있는 사업자의 의제매입세액공제는 의제매입세액공제대상 원재료를 공급받는 해당 사업장에서 하여야 하는 것이나, 의제매입세액공제대상 원재료를 공급받는 사업장과 과세되는 재화의 최종제품이 완성되는 장소가 따로 있는 경우에는 최종제품이 완성되는 사업장에서도 공제할 수 있는 것임

질의

A공장에서 생산한 재화 일부를 직매장에서 판매하고 나머지를 B공장에서 추가가공 후 판매하는 경우 의제매입세액공제 한도액의 계산방법.

회답

「부가가치세법」제51조제1항에 따른 주사업장 총괄납부사업자의 경우, “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준”은 A공장에서 직매장으로 반출되어 판매된 과세표준액과 B공장으로 반출되어 가공 후 판매장에서 판매된 과세표준의 합계액으로 한다.

2개 이상의 사업장이 있는 사업자의 의제매입세액공제는 원재료를 공급받는 해당 사업장에서 하는 것이나, 원재료 공급 사업장과 최종제품 완성 장소가 따로 있는 경우에는 최종제품이 완성되는 사업장에서도 공제할 수 있다.

국세청 법령해석 법규부가2014-249 (2014.07.10 회신), "공장 간 반출 시 의제매입세액 한도는 어떻게 계산하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000153607/