해산 의료재단의 포괄출연은 법인세가 과세되나?

의료업을 영위하는 재단법인이 해산등기 후 잔여재산을 청산하였다. 주무관청 허가를 받아 특정병원의 자산과 부채를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 출연하였다.

의료재단법인이 해산후 특정병원에 대한 자산과 부채를 포괄적으로 출연하는 경우부담부증여에 따라 발생하는 양도소득은 청산소득에 해당하나 비영리법인은 납세의무가 없으며 포괄승계시 고유목적사업준비금 및 의료발전준비금의 잔액도 승계할 수 있음

의료업을 영위하는 재단법인이 해산등기 후에 잔여재산을 청산하는 과정에서 특정병원에 속하는 자산과 부채를 주무관청의 허가를 받아 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 출연하는 경우

1. 출연가액 중 부담부증여에 해당하는 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전된 것으로서 이로 인해 발생하는 양도소득은 청산소득에 해당하는 것이나, 비영리내국법인은 ｢법인세법｣ 제3조제1항에 따라 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없는 것입니다.

다만, 비영리내국법인의 경우에도 ｢법인세법｣ 제55조의2제1항에 따른 부동산의 양도소득에 대해서는 법인세를 납부하여야 하는 것입니다.

2. 비영리내국법인이 2011년 1월 1일 이후 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에게 포괄적으로 출연하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 및 의료발전준비금의 잔액을 ｢법인세법｣ 제29조제3항에 따라 그 다른 비영리내국법인에게 승계할 수 있으며, 같은 조 제4항제1호괄호규정에 따라 익금에 산입하지 아니하는 것입니다.

질의

해산한 의료재단법인이 특정병원의 자산과 부채를 다른 비영리내국법인에 포괄출연할 때의 과세 및 준비금 승계 여부.

회답

1. 부담부증여에 해당하는 채무액 상당 부분은 자산이 유상으로 사실상 이전된 것으로서 그 양도소득은 청산소득에 해당한다. 비영리내국법인은 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없다.

다만, 비영리내국법인도 부동산의 양도소득에 대해서는 법인세를 납부해야 한다.

2. 비영리내국법인이 2011년 1월 1일 이후 사업의 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄출연하고 해산하면 해산등기일 현재 고유목적사업준비금 및 의료발전준비금 잔액을 승계할 수 있고 익금에 산입하지 않는다.

국세청 법령해석 법규법인2013-250 (<time datetime="2013-09-02">2013.09.02</time> 회신), "해산 의료재단의 포괄출연은 법인세가 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000152530/