기부채납과 관리운영권 교환 시 어떻게 발급하나?

신청인은 해양생물관 민간투자사업의 사업시행자와 실시협약을 체결했다. 시설물을 기부채납받고 관리운영권을 00년간 설정하며 총사업비 일부를 건설보조금으로 부담하기로 했다.

시설물에 대한 기부채납절차를 완료하고 그에 대한 반대급부로 일저이간 동안 해당 시설물을 사용⋅수익할 수 있는 권리를 얻는 경우 재화와 용역의 교환거래에 해당하여 부가가치세 과세대상임

위 사전답변신청의 사실관계와 같이 ｢

○○○

지원특별법｣ 제4조에 따라 설립된 신청인이 ●●● 해양생물관 민간투자사업과 관련하여 사업시행자를 선정하여 실시협약을 체결한 후 쟁점시설물을 기부채납받기로 하고 그에 대한 관리운영권을 00년간 설정하여 주면서 총사업비 중 일부를 건설보조금으로 부담하기로 한 경우

사업시행자는 쟁점시설물에 대한 기부채납절차가 완료되는 때에 ｢부가가치세법｣ 제13조제1항 각 호의 가액을 합한 금액을 공급가액으로 하여 신청인에게 세금계산서를 발급하여야 합니다.

다만, 사업시행자가 기부채납절차가 완료되기 전에 신청인으로부터 건설보조금 명목의 대가를 받은 경우에는 같은 법 제9조제3항에 따라 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급한 후 나머지 가액에 대하여 기부채납절차가 완료되는 때에 발급할 수 있는 것입니다.

또한 신청인이 사업시행자에게 쟁점시설물에 대한 관리운영권을 설정하여 줌에 따라 부동산임대업을 운영하는 것과 관련하여 해당 시설물을 취득하면서 발급받은 세금계산서 관련 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있는 것입니다.

질의

시설물을 기부채납받고 그 대가로 관리운영권을 설정하는 경우 세금계산서 발급 방법과 매입세액 공제 여부.

회답

사업시행자는 기부채납절차가 완료될 때 ｢부가가치세법｣ 제13조제1항 각 호의 가액을 합한 금액을 공급가액으로 하여 신청인에게 세금계산서를 발급해야 합니다.

다만 완료 전에 건설보조금 명목의 대가를 받으면 같은 법 제9조제3항에 따라 그 대가에 대해 먼저 발급한 후, 나머지 가액은 완료 시 발급할 수 있습니다.

신청인이 관리운영권을 설정해 주어 부동산임대업을 운영하는 것과 관련하여 시설물을 취득하면서 받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있습니다.

국세청 법령해석 법규부가2010-306 (<time datetime="2010-10-28">2010.10.28</time> 회신), "기부채납과 관리운영권 교환 시 어떻게 발급하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000142790/