합병·분할한 토지의 토초세는 어떻게 공제하나?

거주자는 여러 필지를 같은 지분으로 소유하며 각 토지의 토지초과이득세를 납부하였다. 토지를 한 필지로 합병한 뒤 다시 분할하여 한 필지에 소유지분을 모아 양도하였다.

양도소득세를 결정함에 있어서 세액공제하는 토지초과이득세의 계산은 이미 납부한 토지초과이득세액에 양도한 토지의 지분면적이 당초 전체토지 면적에서 차지하는 비율을 곱한 금액에다 다시 토지초과이득세법 제26조 제1항 각 호에 해당하는 율을 적용하여 계산함

여러 필지 각각의 토지에 대하여 같은 지분으로 소유하면서 각각의 토지에 대하여 토지초과이득세를 납부한 거주자가 그 토지를 한 필지로 합병하였다가 다시 여러 필지로 분할하면서 그 중 한 필지에만 소유지분을 모은 후에 그 토지를 양도한 경우로서 그 양도소득세를 결정함에 있어서 세액공제하는 토지초과이득세의 계산은 이미 납부한 토지초과이득세액에 양도한 토지의 지분면적이 당초 전체토지면적에서 차지하는 비율을 곱한 금액에다 다시 초과이득세법 제26조 제1항 각 호에 해당하는 율을 적용하여 계산하는 것입니다.

질의

같은 지분으로 소유한 여러 필지를 합병한 뒤 공유물분할하여 한 필지를 양도한 경우 토지초과이득세 공제액의 계산방법.

회답

여러 필지 각각의 토지에 대하여 같은 지분으로 소유하면서 각각의 토지에 대하여 토지초과이득세를 납부한 거주자가 그 토지를 한 필지로 합병하였다가 다시 여러 필지로 분할하면서 그 중 한 필지에만 소유지분을 모은 후에 그 토지를 양도한 경우로서 그 양도소득세를 결정함에 있어서 세액공제하는 토지초과이득세의 계산은 이미 납부한 토지초과이득세액에 양도한 토지의 지분면적이 당초 전체토지면적에서 차지하는 비율을 곱한 금액에다 다시 초과이득세법 제26조 제1항 각 호에 해당하는 율을 적용하여 계산하는 것입니다.

국세청 법령해석 재일46014-2529 (<time datetime="1995-09-26">1995.09.26</time> 회신), "합병·분할한 토지의 토초세는 어떻게 공제하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000126951/