두 조세특례가 겹치면 모두 적용되나?

사회복지법인이 고유목적사업에 5년 이상 직접 사용한 토지를 토지수용법에 따라 수용당했다. 1994년도에 양도한 토지에 관하여 특별부가세면제신청을 하지 못했다.

사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 고유목적사업에 5년 이상 직접 사용한 토지 등을 토지수용법에 의하여 수용당하게 됨에 따라 조세특례가 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만 선택하여 적용하는 것임.

1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 고유목적사업에 5년이상 직접 사용한 토지 등을 토지수용법에 의하여 수용당하게 됨에 따라 조세감면규제법 제63조와 같은법 제74조의 규정에 의한 조세특례가 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만 선택하여 적용하는 것입니다.

2. 또한, 귀 질의와 같이 사회복지법인이 5년이상 고유목적사업에 직접 사용한 토지를 94년도에 양도하였으나 조세감면규제법 제74조제4항의 규정에 의한 특별부가세면제신청을 하지 못한 경우에는 같은법시행령 제71조 제5항의 규정에 의거 법인세과세표준과 세액의 결정일 또는 과세표준신고기한으로부터 1년이내에 세액면제신청서를 제출하면 위 조세특례를 적용받을 수 있는 것입니다.

질의

1. 사회복지법인이 고유목적사업에 5년 이상 직접 사용한 토지 등을 수용당하여 두 조세특례가 동시에 적용되는 경우의 처리 방법

2. 1994년도에 양도한 토지에 대한 특별부가세면제신청을 하지 못한 경우의 특례 적용 여부

회답

1. 조세감면규제법 제63조와 같은법 제74조의 조세특례가 동시에 적용되는 경우에는 그중 하나만 선택하여 적용합니다.

2. 같은법시행령 제71조 제5항에 따라 법인세과세표준과 세액의 결정일 또는 과세표준신고기한부터 1년 이내에 세액면제신청서를 제출하면 조세특례를 적용받을 수 있습니다.

국세청 법령해석 법인46012-985 (1996.03.28 회신), "두 조세특례가 겹치면 모두 적용되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000087425/