종교법인이 임대 부동산을 팔면 과세되나?

종교법인이 고유목적사업에 사용하던 부동산을 임대사업용으로 전환해 임대하다가 양도한다. 또는 3년 이상 고유목적사업에 사용한 고정자산이 매각되지 않아 일시적으로 임대한 뒤 매각한다.

매각 예정 성당부지를 철거 후 임대하거나, 조립식 건물을 지어 점포임대 후 매각했을 때에 법인세 및 특별부가세가 과세되는 것이나 3년 이상 사용한 자산의 매각시 매각되지 않아 일시적으로 임대에 공하다가 매각한 경우 법인세 과세되지 않음.

1. 귀 질의의 경우 종교법인이 고유목적사업에 사용하던 부동산을 임대사업용으로 전환하여 임대에 공하다가 양도하는 경우에는 각사업년도 소득에 대한 법인세와 토지등 양도차익에 대한 특별부가세가 과세되는 것이나, 3년이상 계속하여 고유목적사업에 사용하던 고정자산을 매각함에 있어 매각을 위한 각종 수단을 취하였음에도 매각이 되지 아니하여 일시적으로 임대에 공하다가 매각한 경우에는 각사업년도 소득에 대한 법인세가 과세되지 아니하는 것이고, 동자산의 매각대금을 조세감면규제법시행령 제71조제3항의 기한내 고유목적사업에 사용하는 경우에는 토지등 양도차익에 대한 특별부가세도 면제되는 것이며, 이 경우 일시적인 임대에 해당하는 지의 여부는 구체적인 정황에 따라 사실판단할 사항입니다.

2. 부동산을 임대하고 받는 임대수입에 대하여는 법인세와 부가가치세법에 의한 부가가치세가 과세되는 것입니다.

질의

종교법인이 고유목적사업용 부동산을 임대하다가 양도하는 경우의 법인세와 특별부가세 과세 여부.

회답

1. 종교법인이 고유목적사업에 사용하던 부동산을 임대사업용으로 전환하여 임대에 제공하다가 양도하는 경우에는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 토지 등 양도차익에 대한 특별부가세가 과세된다.

2. 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하던 고정자산을 매각하면서 각종 수단을 취하였음에도 매각되지 않아 일시적으로 임대하다가 매각한 경우에는 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는다.

3. 해당 자산의 매각대금을 조세감면규제법시행령 제71조제3항의 기한 내 고유목적사업에 사용하는 경우에는 토지 등 양도차익에 대한 특별부가세도 면제된다. 일시적인 임대인지 여부는 구체적인 정황에 따라 사실판단할 사항이다.

4. 부동산 임대수입에는 법인세와 부가가치세법에 따른 부가가치세가 과세된다.

국세청 법령해석 법인46012-374 (<time datetime="1997-02-05">1997.02.05</time> 회신), "종교법인이 임대 부동산을 팔면 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000082138/