총괄납부 경정환급의 가산금은 어떻게 계산하나?

총괄납부사업자가 사업장 전체의 환급을 주사업장에서 받은 뒤 종사업장에서 경정청구하여 국세환급금을 받는 상황이다. 당초 계약 변경으로 신고한 부가가치세 과세표준이 바뀌어 경정청구하는 경우도 포함된다.

부가가치세 총괄납부사업자가 사업장 전체로서는 환급이 발생하여 주사업장에서 환급을 받은 후 종사업장에서 경정청구하여 국세환급금을 지급받는 경우에는 경정청구한 사업장별로 판단하여 환급가산금을 지급하는 것임.

(질의 1)과 같이 경정 등의 청구에 다른 감액 경정결정으로 당초 신고납부한 세액을 초과하여 부가가치세의 환급금을 지급하는 때에는 이를 구분하여 당초 신고납부한 금액에 대한 환급가산금은 구 국세기본법(2000. 12. 29 법률 제6303호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1호의 규정을 적용하여 그 납부일 다음날부터 기산하는 것이며, 납부세액을 초과하여 받는 환급금에 대한 환급가산금은 구 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정에 따라 경정결정일로부터 30일이 경과한 날 다음날부터 기산하는 것임.

(질의 2)와 같이 총괄납부사업자가 사업장 전체로는 환급이 발생하여 주사업장에서 환급을 받은 후 종사업장에서 경정청구하여 국세환급금을 지급받는 경우 경정청구한 사업장별로 판단하여 환급가산금을 지급하는 것임.

(질의 3)은 당초 계약이 변경됨에 따라 기 신고한 부가가치세 과세표준이 변경되어 경정청구를 통하여 부가가치세를 환급받는 경우의 환급가산금은 우리부 예규(조세 46019-246, 2000. 10.

19) 시행일 이후에 환급금을 지급하였다면 새로운 세법해석에 따라 환급가산금을 지급하는 것임.

질의

1. 감액 경정결정으로 당초 신고납부세액을 초과하여 부가가치세 환급금을 지급할 때 환급가산금의 기산일.

2. 총괄납부사업자가 주사업장에서 환급받은 후 종사업장의 경정청구로 국세환급금을 받을 때 환급가산금의 지급방법.

3. 계약 변경으로 부가가치세를 환급받을 때 환급가산금의 적용방법.

회답

1. 당초 신고납부한 금액에 대한 환급가산금은 구 국세기본법 제52조 제1호를 적용하여 납부일 다음날부터 기산하고, 납부세액을 초과하는 환급금의 환급가산금은 같은 법 제52조 제6호 단서에 따라 경정결정일부터 30일이 지난 날의 다음날부터 기산합니다.

2. 사업장 전체로 환급이 발생하여 주사업장에서 환급받은 후 종사업장에서 경정청구하여 국세환급금을 받는 경우에는 경정청구한 사업장별로 판단하여 환급가산금을 지급합니다.

3. 계약 변경으로 과세표준이 바뀌어 경정청구를 통해 환급받는 경우, 우리부 예규 시행일 이후에 환급금을 지급했다면 새로운 세법해석에 따라 환급가산금을 지급합니다.

국세청 법령해석 재조세46019-105 (2003.03.13 회신), "총괄납부 경정환급의 가산금은 어떻게 계산하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000074770/