수도권외에 소재하는 본점 소득금액의 중소기업특별세액 감면비율 적용 여부(기각)

중소기업특별세액 감면비율은 소득이 발생하는 사업장의 소재지에 따라 각각 달리 적용되므로 본점과 지점의 사업장소재지에 따라 본점소득금액과 지점소득금액에 대하여 각각의 해당 세액감면비율을 적용하는 것임

1. 처분개요

청구법인은 1995.9.7. 개업한 이후 2005사업연도 기간 중 OOO에 본점이 소재하고, OOO에 지점이 소재하는 건설업을 영위하는 소기업 법인이다. 청구법인은 2006.3.31. 중소기업특별세액 감면대상이 되는 소득금액 8,179,999,919원에 대한 중소기업특별세액 감면비율을 100분의 30으로 적용하여 2005사업연도 법인세 881,681,020원을 신고·납부한 후 2006.12.4. 중소기업특별세액 감면대상이 되는 소득금액을 본점에서 발생한 소득금액 213,872,245원(이하 “본점소득금액”이라 한다)과 지점에서 발생한 소득금액 7,971,910,496원(이하 “지점소득금액”이라 한다)으로 수정하여 소득구분계산서에 구분표시하고, 본점소득금액에 대한 중소기업특별세액 감면비율을 100분의 30으로, 지점소득금액에 대한 중소기업특별세액 감면비율을 100분의 20으로 적용하여 2005사업연도 법인세를 1,094,183,840원으로 수정신고하였다. 그 후 청구법인은 지점소득금액이 수도권외 지역에 소재하는 본점에서 발생하였다고 주장하면서 2007.9.14. 지점소득금액을 본점소득금액에 합산하여 본점소득금액을 8,185,782,741원으로 수정하고, 수정소득금액에 대한 중소기업특별세액 감면비율을 100분의 30으로 하여 2005사업연도 법인세 198,218,800원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인이 2005년 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 본점과 지점을 구분하여 각각 신고하였고, 지점이 수도권안에 소재하여 지점소득금액에 대한 중소기업특별세액 감면비율이 100분의 20이라 하여 2007.11.15. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.11.20. 이 건 심판청구를 제기하였 다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

수도권내에 소재하는 지점으로 매출액 신고 등을 하였다하더라도 본점 소재지가 지방이고, 공사현장이 지방에 소재하는 등 사업을 총괄하는 장소가 지방이므로 중소기업특별세액감면 적용시 수도권내에 소재하는 지점에서 발생한 소득에 대하여도 수도권외에 소재하는 본점에게 적용되는 감면비율인 100분의 30을 적용함이 타당함에도 그와 같은 내용으로 제기한 경정청구를 거분한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2005년 과세기간 중 본점과 지점으로 매출·매입세금계산서 및 계산서 등을 수수하고, 본점과 지점으로 구분하여 각각 부가가치세를 신고하였고, 이를 근거로 2005사업연도 본점과 지점의 소득금액을 계산하였으므로 사업장이 수도권외에 소재하는 본점소득금액에 대하여는 중소기업특별세액 감면비율을 100분의 30으로 적용하고, 사업장이 수도권내에 소재하는 지점소득금액에 대하여는 감면비율을 100분의 20으로 적용하여 수정신고 한 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

건설업을 영위하는 소기업 법인이 수도권내에 소재하는 지점법인에서 발생하였다고 신고한 소득금액이 수도권외에 소재하는 본점의 소득금액에 해당되므로 100분의 30의 중소기업특별세액 감면비율을 적용하여야 한다는 취지의 경정청구를 신고내용을 근거로 하여 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

① 중소기업중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2005년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한 다. (단서 생 략)

1. 감면업종 가. 제조업 나. 광업 다. 건설업 라. ～ 허. (생 략)

2. 감면비율 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10 나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 20 다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 30 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업등을 영위하는 사업장 : 100분의 5 마. 중기업의 사업장으로서 수도권안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장 : 100분의 10 바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 15

(2) 조세특례제한법시행령(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정된 것) 제6조 (중소기업에 대한 특별세액감면) ③법 제7조제1항제2호 가목에서 "대통령령이 정하는 소기업"이라 함은 중소기업중 제2조제1항제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원수가 다음 각호의 요건을 충족하는 기업을 말한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 광업·건설업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

(3) 부가가치세법 제4조 (신고·납세지) ①부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다. ②사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

(4) 부가가치세법시행령 제4조 (사업장의 범위) ①법 제4조제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각호의 사업에 있어서는 당해 각호에 규정하는 장소를 사업장으로 한 다.

3. 건설업·운수업과 부동산매매업에 있어서는 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함한다. 이하 같다), 개인인 경우에는 그 업무를 총괄하는 장소. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1995.9.7. 개업한 이후 2005사업연도 중 OOO번지에 본점이 소재하고, OOO에 지점이 소재하는 건설업을 영위하는 소법인(상시 사용하는 종업원수가 50명미만)에 해당하는 사실이 국세 통합전산망 사업자기본사항조회 및 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 2005년 과세기간 중 본점과 지점으로 각각 매출·매입세금계산서 및 계산서 등을 수수하고, 본점과 지점으로 구분하여 각각 부가가치세를 신고하였고, 2006.3.31. 중소기업특별세액 감면대상이 되는 소득금액 8,179,999,919원에 대한 감면비율을 100분의 30으로 적용하여 2005사업연도 법인세 881,681,020원을 신고·납부한 후 2006.12.4. 중소기업특별세액 감면대상이 되는 소득금액을 본점소득금액과 지점소득금액으로 수정하여 소득구분계산서에 구분표시하고, 본점소득금액에 대한 감면비율을 100분의 30으로, 지점소득금액에 대한 감면비율을 100분의 20으로 하여 2005사업연도 법인세를 1,094,183,840원으로 수정신고하였고, 그 후 청구법인은 지점소득금액이 수도권외 지역에 소재하는 본점에서 발생하였다고 주장하면서 2007.9.14. 지점소득금액을 본점소득금액에 합산하여 본점소득금액을 8,185,782,741원으로 수정하고, 수정소득금액에 대한 중소기업특별세액 감면비율을 100분의 30으로 하여 2005사업연도 법인세 198,218,800원의 환급을 구하는 경정청구한 사실이 법인세 과세표준 및 세액 수정신고서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 처분청은 2007.11.15. 청구법인이 2005년 과세기간 중 본점과 지점으로 각각 매출·매입세금계산서 및 계산서 등을 수수하고, 본점과 지점으로 구분하여 각각 부가가치세를 신고하였으며, 2005사업연도에 지점이 수도권안에 소재하므로 지점소득금액에 대한 중소기업특별세액 감면비율이 100분의 20이라 하여 청구법인의 경정청구를 거부하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 수도권내에 소재하는 지점으로 매출액 신고 등을 하였다 하더라도 본점 소재지가 지방이고, 공사현장이 지방에 소재하는 등 사업을 총괄하는 장소가 지방이므로 중소기업특별세액감면 적용시 수도권내에 소재하는 지점에서 발생한 소득금액에 대하여도 수도권외에 소재하는 본점에게 적용되는 세액감면비율인 100분의 30으로 하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제4조 제1항에서 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 하고, 같은법시행령 제4조 제1항에서 건설업에 있어서 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함)를 사업장으로 한다고 규정하고 있다. (나) 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호에서 중소기업에 대한 특별세액감면은 중소기업중 건설업을 영위하는 기업에 대하여는 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세에 소기업이 수도권안에서 건설업을 영위하는 사업장은 100분의 20의 감면비율을 적용하고, 소기업이 수도권외에서 건설업을 영위하는 사업장은 100분의 30의 감면비율 적용하여 산출한 세액상당액을 감면한다고 규정하고 있다. (다) 관련법령을 종합하면 건설업을 영위하는 법인의 본점과 지점의 사업장은 사업을 총괄하는 장소가 아닌 그 법인의 등기부상의 소재지에 따라 결정되고, 중소기업특별세액 감면비율은 소득이 발생하는 사업장의 소재지에 따라 각각 달리 적용된다 할 것이므로 청구법인 또한 본점과 지점의 사업장소재지에 따라 세액감면비율이 달리 적용된다 할 것이다.

(라) 따라서, 청구법인의 본점이 수도권외에 소재하고 지점이 수도권내에 소재하고 있으며, 청구법인이 2005년 과세기간 중 본점과 지점으로 각각 매출·매입세금계산서 및 계산서 등을 수수하고 본점과 지점으로 각각 구분하여 부가가치세를 신고하였으며, 감면대상 소득금액이 본점소득금액과 지점소득금액으로 구분되는 만큼, 그에 따라 본점소득금액과 지점소득금액에 대하여 각각의 해당 감면비율을 적용하여 감면세액을 산출함이 타당하다고 판단된다.

(5) 따라서, 청구법인이 지점소득금액에 대한 중소기업특별세액 감면비율을 100분의 20으로 하여 초과납부한 법인세를 환급하여야 한 다는 취지로 제기한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된 다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.