과세사업자로의 전환시의 재고매입세액은 과세사업전환 후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제되는지 여부(기각)

과세사업으로 전환 당시의 재고매입세액중 과세사업으로의 전환일로 부터 6개월간의 거래에 대한 납부세액의 범위에서 공제하고 이를 초과하는 세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 타당함

1. 처분개요

청구법인은 금융·소매업을 영위하는 OO협동조합으로서 94.7.1 소매업부분이 면세사업자에서 과세사업자로 전환된 후 94년 제2기분 부가가치세를 예정신고하면서 재고매입세액 4,535,210원을 공제신고하였으나 확정신고시에는 과세사업자로의 전환당시의 재고매입세액 중 나머지 세액인 4,735,350원을 공제하는 신고를 아니하고, 동과세기간의 수정신고시에 이를 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 환급신고 하였다. 처분청은 재고품매입세액은 과세사업자로의 전환 후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 한도로 공제되어야 한다고 하여 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액 4,735,350원을 환급거부하고, 과다공제된 금액에 대하여 95.11.1 94년 2기 부가가치세 1,374,510원을 청구법인에게 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.11.22 심사청구를 거쳐 96.1.25 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 OO협동조합법에 의거 설립된 법인으로서 부가가치세가 면세되고 있었으나 94.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환됨에 따라 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조 제1항에 의거 재고품 92,705,697원을 신고하고 94년 2기 예정신고시에 재고매입세액 4,535,210원을 공제받았으나, 확정신고시에는 동 매입세액중 나머지 미환급세액인 4,735,350원 (이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 신고서에 반영하지 아니하여 공제·환급받지 아니하여 수정신고 하였으나 환급받지 못하였는 바, 쟁점매입세액은 청구법인의 사업을 위하여 사용될 재화에 대한 매입세액으로 매출세액을 초과하므로 환급받을 세액이라 할 것이며, 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조 제2항에서 매출세액을 초과하는 재고매입세액은 없는 것으로 한다는 명문규정을 두고 있지 아니하므로 쟁점매입세액이 환급되지 아니 한다는 것은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청정 의견 OO협동조합에 의하여 설립된 조합 및 중앙회등이 부가가치세법 시행규칙 〔별표5〕의 규정에 의하여 94.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되거나 과세사업이 추가되는 경우 부가가치세법 시행규칙(재무부령 제1957호) 부칙 제6조의 규정에 의하여 94.7.1 현재 당해 과세사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품(세금계산서 수취분에 한한다)에 대한 매입세액은 94.7.25까지 신고한 것에 한하여 94.7.1 이후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액 범위내에서 공제하는 것이므로 이 건 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 이 건은 부가가치세법상 면세사업자에서 과세사업자로 전환한 경우, 과세사업자로의 전환시의 재고매입세액은 과세사업전환 후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 동법시행령 제38조 제1항 제5호 및 제2항, 동법시행규칙 제11조의 5 에 의한 별표 5의 제5호에 의하면 OO협동조합법에 의한 조합과 중앙회가 OO 협동조합법 제58조 ·제125조 및 제153조에 규정된 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세가 면제되지만 전시 OO협동조합법에 의한 조합과 중앙회가 영위하는 식품가공사업과 서울특별시·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우는 부가가치세가 과세되는 것으로 규정하고 있다. 한편 부가가치세법시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 93.12.31공포) 제1조 단서에서 「동규칙 제11조의 5는 1994년 7월 1일부터 시행한다」고 규정하고 있고, 제6조 제1항에서 「동규칙 제11조의 5 제1항의 규정에 의한 별표 5중 제5호 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품(세금계산서 수수분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 1994년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다」고 규정하고 있으며, 제2항에서 「제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 안분하여 이 규칙 시행후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다」고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단 지금까지 농·임·수·축협 및 OOOOO관리공단의 소매사업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나 사경제부분과의 경합등으로 94.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하였는 바, 재고품매입세액 공제도 당해 면세사업과 관련된 재고재화에 대하여 부가가치세를 기부담한 부분만큼 공제하여 주겠다는 것이나 과세전환 후 6월간의 거래에 대한 납부세액에서 공제해 주고 이를 초과한 재고품매입세액은 공제하여 주지 않겠다는 것이 위 법령규정의 취지로 해석된다.(재정경제원 소비 46015-35, 95.2.7 같은 뜻임) 그러하다면 처분청이 청구법인이 영위한 사업중 면세사업에서 과세사업으로 전환된 사업의 과세사업으로 전환 당시의 재고매입세액중 과세사업으로의 전환일로 부터 6개월간의 거래에 대한 납부세액의 범위에서 공제하고 이를 초과하는 세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분에는 잘못이 있다 하기 어렵다.(국심 95부2546, 95.10.13 같은 취지임) 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.