종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.4.20. OOO 510-5 소재 대지 및 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하였다가 이를 멸실한 후 2002.5.30. 동 대지 위에 다세대 주택 12세대(이하 “신축주택”이라 한다)를 신축(사용승인)하여 2006.12.22. 타인에게 신축주택을 양도하고, 양도소득세 신고시「조세특례제한법」 제99조의3에 따라 신축주택의 양도소득세가 전액 면제되는 것으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 신축주택 취득일로부터 양도일까지의 기간에 대한 양도소득금액에 대하여는 양도소득세 면제대상으로 인정한 반면, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 양도소득세 면제대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.1. 이의신청을 거쳐 2012.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3은 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득금액에 대해서는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로, 동 조항에 의해 감면되는 양도소득금액에는 종전주택을 취득한 날부터 신축주택을 양도할 때까지 전 기간에 발생한 소득을 모두 감면소득에 포함시켜야 하고,신축주택을 취득하여 5년 이내 양도하는 경우 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 발생한 양도소득금액 전액을 감면대상으로 인정하여 오다가 새로운 해석(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의하여 과세하는 것은「국세기본법」제15조(신의·성실) 및 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 규정에 위반된다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3은 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액에 대하여 “신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액”으로 규정하고 있으므로, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 동 규정의 과세특례 대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고,국세청 종전 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 회신한 바 없으므로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상에서 배제하는 것이 소급과세금지원칙 또는 신의성실원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세 감면 적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인 제출의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서, 처분청 제출의 양도소득세 결정결의서 및 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서, 매매계약서, 부동산 등기부등본, 기준시가 조회자료 등에 따르면,청구인은 2001.4.20. 종전주택을 취득하였다가 이를 멸실한 후 2002.5.30. 동 대지 위에 신축주택을 신축(사용승인)하여 2006.12.22. 타인에게 신축주택을 양도하였고,종전주택과 신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표1>과 같으며, 청구인 신고 및 처분청 경정 결정시 신축주택의 양도소득금액, 양도소득세 과세표준, 그 산출세액 등은 아래 <표2>와 같다.OOOOOOOOOO OOOO OO(OO : O)O OOOO OOOOO(OOOO) O OOO OOOOOO OOOOO OOO(OOOO) OOOOO OOOO OOOOOO OOOO OOOOOOOOOOOO OOOOO OOOO O OOOO(OO : OO)(나) 청구인의 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서 등에 따르면 청구인은 이 건 신축주택 양도로 인하여 OOO원의 양도소득이 발생하였으나, 그 산출세액 OOO원이 전액 면제된다고 신고하였고,(다) 처분청의 양도소득세 결정결의서에 따르면 이 건 양도소득세 경정시 <표3>과 같이 계산하여 이 건 신축주택 양도로 인한 양도소득 OOO원 중 신축주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 소득에 대하여는 감면대상으로 인정하였으나, 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 소득은 감면대상에서 배제하여 감면대상 양도소득금액을 OOO원으로 산정하고, 그 산출세액 OOO원 중 적정 감면세액을OOO원으로 산정하였다.OOOOOOOOOO OOOO OOOOOO O OOOO OO OO(라) 또한, 청구인은 고가주택이 아닌 다세대주택을 양도하는 경우11가구 전부에

대하여「조세특례제한법」제99조의3에 의해 100% 양도소득세 감면을 받을 수 있는지 및 본인이 거주한 1가구에 대하여는 1세대 1주택 비과세가 가능한 지를 질의한 바 있고,이에 대하여 국세청은 2006.11.14. “신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 위 규정에 의해 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 위 규정에 해당하는 신축주택의 경우 다른 주택의 비과세 판정시 당해 거주자의 소유주택으로 보지 않아 청구인이 거주한 1가구가 비과세 요건을 갖춘 경우라면 비과세 규정을 적용받을 수 있다”는 취지로 답변한 바 있다.

(2) 우선, 감면대상 양도소득금액에 대하여 살펴보면,「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때,신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 쟁점신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다고 봄이 타당하다고 판단된다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중3729, 2012.10.31. 외 다수, 같은 뜻).

(3) 다음으로 이 건 과세처분이 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위배되는지를 살펴본다.

청구인은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도하는 경우 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 발생한 양도소득금액 전액을 감면대상으로 인정하여 오다가 새로운 해석(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의하여 과세하는 것은「국세기본법」제15조(신의·성실) 및 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 규정에 위반된다고 주장하나,신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 납세자의 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 공적인 견해표시가 있는 경우에 한하여 적용되는 바, 청구인의 질의에 대하여 국세청이 “「조세특례제한법」제99조의3의 요건에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 위 규정에 따라 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다”는 취지로 한 답변에는 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득까지 감면대상에 포함시킨다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하므로 신의성실원칙에 반한다고 보기 어렵고,「국세기본법」제18조의 소급과세금지의 원칙상 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 경우를 의미하는 것으로, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결참조)인데, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109,

2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점으로 보아 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.