면세사업자가 교부받은 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지의 여부(기각)

매립장의 시설투자관련 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액이므로 매출세액에서 공제할 수 없으며, 이는 부가가치세법 시행규칙 부칙 제2항에서, 개정조항은 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용하도록 규정되어 있는 것으로 보아서도 자명하다 할 것임

1. 원처분 개요청구법인은 울산광역시 울주군 온산읍 OO리 O OOOOOO에서 일반폐기물처리업을 영위할 목적으로 91.7.1 면세사업자로 사업자등록하였으나부가가치세법시행규칙 제11조의 2제4호의 규정이 개정(97.5.31 총리령 제641호)됨에 따라 종전에 부가가치세 면세사업으로 분류되던 일반폐기물처리업이 부가가치세 과세사업으로 변경되어 97.5.31 청구법인은 부가가치세 과세사업자로 전환되었으며, 96.4.18 착공한 매립장(이하 “쟁점매립장”이라 한다)을 97.7.12 준공하였다.청구법인은 과세사업으로 전환되기 이전 97.8.22 면세사업자의 지위에서 교부받은 쟁점매립장 시설투자관련 세금계산서상의 매입세액 96.1기～97.1기(97.5.31까지분) 과세기간분 합계 111,718,030원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.이에 대하여 처분청은 97.11.12 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없다는 거부통지를 하였다.청구인은 이에 불복하여 98.1.12 심사청구를 거쳐 98.5.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구법인은 97.7.12 쟁점매립장의 준공인가를 받아 사업장폐기물처리용역의 공급을 개시하여 사업개시일 현재 과세사업을 영위하였으므로 비록 법률의 개정으로 인하여 사업의 종류에 변동없이 과세사업으로 전환되었다 하더라도 97.5.31 법률개정전 매입세액은 과세사업이 된 용역의 공급을 위한 매입세액이므로 매출세액에서 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견쟁점매입세액은 청구법인이 부가가치세 과세사업자로 전환되기 이전에 면세사업자의 지위에서 교부받은 일반폐기물처리용 매립장 시설투자관련 세금계산서상의 매입세액이므로부가가치세법시행규칙 제11조의 2제4호의 규정이 개정(97.5.31 총리령 제641호)됨으로 인하여 일반폐기물처리 용역이 부가가치세 면세사업에서 과세사업으로 전환되었다 하더라도 동 규칙 개정전에 공급시기가 도래하는 폐기물처리시설 설치 등과 관련되는 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없는 것이므로 청구주장은 받아들일 수 없다.(같은 뜻 : 국세청예규 부가 46015-2131, 97.9.12)

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점면세사업자가 교부받은 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제12조제1항에서, 「다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.1.～3.(생략)

4. 의료보건용역(생략)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액5.～18.(생략)」이라고 규정하고,같은 법 시행령 제29조에서는, 「법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.1.～

6. (생략)

7. 기타 총리령이 정하는 의료보건위생용역」이라고 규정하였으며,같은 법 시행규칙 제11조의 2에서는, 「영 제29조 제7호의 규정에 의하여 부가가치세가 면세되는 의료보건위생용역은 다음의 용역으로 한다.1.～

3. (생략)

4. 폐기물관리법에 의하여 생활폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 처리용역(97.5.31 개정)5.(생략)」이라 규정하였고,같은 법 제17조 제2항에서는 「다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.1.～3의

2. (생략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

5. (생략)」이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인이 영위하는 일반폐기물처리업은부가가치세법 제12조제1항 제4호, 같은 법 시행령 제29조 제7호 및 97.5.31 개정전 같은 법 시행규칙 제11조의 2 제4호에 의하여 의료보건위생용역으로 규정되어 면세사업으로 분류되어 있었으나, 97.5.31 같은 법 시행규칙 제11조의 2 제4호의 개정으로 동 조항에서 정한 부가가치세가 면제되는 의료보건위생용역의 내용이 「폐기물처리법에 의하여 일반폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 일반폐기물처리용역」에서 「폐기물처리법에 의하여 생활폐기물처리업의 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물처리용역」으로 개정되었고, 같은 법 시행규칙 부칙 제1항 및 제2항에 의하면 이 개정조항은 공포한 날로부터 시행하도록 규정하고 있으므로 91.7.1 면세사업자로 사업자등록한 청구법인은 97.5.31 부가가치세 과세사업자로 전환되었다. 청구법인은 청구법인이 부가가치세 면세사업자이던 96.4.18 착공한 쟁점매립장이 과세사업자로 전환된 후 97.7.12 준공되어 현재는 쟁점매립장이 과세사업을 영위하는데 사용되고 있으므로 과세사업으로 전환되기 이전에 면세사업자의 지위에서 교부받은 쟁점매립장 시설투자관련 쟁점매입세액(111,718,030원)을 매출세액에서 공제하여 환급해 주어야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

쟁점매립장의 시설투자관련 쟁점매입세액의 공제여부는 쟁점매립장이 면세사업자의 지위에서 사용되었느냐 또는 과세사업자의 지위에서 사용되었느냐에 따라 결정되는 것이 아니라 쟁점매립장 시설투자용역의 공급시기가 면세사업자의 지위에서 도래하였느냐 또는 과세사업자의 지위에서 도래하였느냐에 따라 결정되는 것이며,쟁점매립장은 청구법인이 부가가치세 과세사업자로 전환(97.5.31)되기전인 96.4.18 착공되어 과세사업자로 전환된 후 42일만인 97.7.12 준공되었으므로 쟁점매립장의 시설공사와 관련하여 97.5.31 이전에 공급시기가 도래한 세금계산서는 청구법인이 면세사업자로 있을 때 받은 세금계산서로서 동 매입세액은부가가치세법 제17조제2항 제4호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액이므로 매출세액에서 공제할 수 없으며, 이는 부가가치세법 시행규칙 부칙 제2항에서, 개정조항은 시행 후 최초로 공급하거나 공급받는 분부터 적용하도록 규정되어 있는 것으로 보아서도 자명하다 할 것이다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.