예정신고납부세액공제를 배제한 처분의 당부(경정)

등기접수일 이후에 부동산 양도신고서가 접수되었으나, 양도일로부터 2월 이내에 부동산 거래내용을 관할세무서에 신고하였고, 예정신고기간 내에 세액을 자진납부하였음에도 10%의 자산양도차익예정신고 납부세액 공제를배제한 것은 잘못임

1. 사실 및 처분개요청구인은 1994.6.24 청구외 OOO(이하 “피상속인”이라 한다)로부터 상속받은 인천광역시 중구 OO동 OOOO 전 4,298㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1998.8.26 청구외 OOO외 2인에게 양도한 후 1998.8.26 납세지 관할세무서장에게 부동산양도신고서를 제출하고 처분청의 납부세액에 관한 안내서에 따라 자진납부세액 34,540,740원을 납부기한내에 납부하였다.처분청은 청구인이 부동산소유권이전에 관한 등기를 신청하는 날까지 부동산양도신고를 하지 아니하였다는 이유로 자산양도차익예정신고납부세액공제(15%)를 배제하고 1999.5.19 청구인에게 1998년 귀속 양도소득세 6,095,420원을 결정고지 하였다.청구인은 이에 불복하여 1999.7.28 심사청구를 거쳐 1999.12.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견가. 청구인 주장청구인은 1998.8.22 쟁점토지에 대한 매매잔금을 받고 1998.8.26 부동산양도신고를 하였으나, 매수인이 1998.8.25 부동산양도신고확인서를 첨부하지 아니한 채 부동산소유권 이전에 관한 등기를 신청함으로써 등기접수일 이후에 부동산양도신고를 한 결과가 되었는 바, 이는 청구인의 책임이 아니므로 자산양도차익예정신고납부세액공제를 배제한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견청구인은 쟁점토지를 양도하고 부동산소유권이전에 관한 등기를 신청하는 날까지 부동산양도신고서를 제출하지 아니하였으므로 처분청이 자산양도차익예정신고납부세액공제를 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 자산양도차익예정신고납부세액공제를 배제한 처분의 당부에 있다.

나. 관련법령

이 건 양도당시의소득세법 제105조제1항에서는 「제94조 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자(제165조의 규정에 의한 부동산양도신고를 한 거주자를 제외한다)는 제95조 제1항의 규정에 의하여 계산한 양도차익을 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다」고 규정하고 있고,같은 법 제108조 제1항에서는 「자산양도차익예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다. 다만, 제165조 제1항 본문의 규정에 의하여 부동산양도신고를 하여야 할 자의 경우에는 이를 적용하지 아니한다」고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제165조 제1항에서는 「거주자가 부동산을 매매하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 부동산의 거래내용을 납세지 관할세무서장에게 신고(이하 이 조에서 “부동산양도신고”라 한다)하여야 한다. 다만, 주택·농지등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다」고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서는 「거주자가 제3항에서 규정하는 안내서에 따라 세액을 자진납부하는 때에는 제106조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고자진납부를 한 것으로 본다. 이 경우 자산양도차익예정신고납부세액공제는 제108조의 규정에 불구하고 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 15에 상당하는 금액으로 한다」고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항에서는 「소유권 매매를 등기원인으로 하여 부동산소유권이전에 관한 등기를 신청할 때에는 부동산양도신고확인서를 첨부하여야 한다. 다만, 제1항 단서에 해당하는 경우 기타 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다」고 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제224조 제1항에서는 「부동산을 매매한 자(부동산 양도신고에 관한 위임을 받은 자를 포함한다)는 부동산소유권이전에 관한 등기를 신청하는 날까지 재정경제부령이 정하는 부동산양도신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 부동산 양도신고를 하여야 한다」고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 「법 제165조 제1항 단서에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 등기부등본, 등기필증, 기타 재정경제부령이 정하는 서류(이하 이 조에서 “등기부등본등”이라 한다)에 의하여 3년이상 보유한 사실이 확인된 주택

2. 등기부등본등에 의하여 8년이상 보유한 사실이 확인된 농지(지적법에 의한 지목이 전·답·과수원인 경우에 한한다)

3. 생략」이라고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서는 「거주자가 법 제165조 제1항의 규정에 따라 부동산양도신고를 하는 때에는 법 제105조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고를 한 것으로 본다. 이 경우 부동산양도신고를 받은 납세지 관할세무서장은 법 제105조의 규정에 의한 자산양도차익예정신고기한내에 재정경제부령이 정하는 안내서를 납세자에게 교부하여야 한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

쟁점토지는 피상속인이 1988.3.2 취득하여 1994.6.24 청구인에게 상속되었다가 1998.8.25 청구외 OOO외 2인에게 소유권 이전 등기되었으며, 지적법에 의한 지목은 전으로 되어 있음이 등기부등본에 의하여 확인된다.청구인은 1998.8.22 쟁점토지를 양도한 후 1998.8.26 납세지 관할세무서장에게 부동산양도신고서를 제출하고 처분청의 납부세액에 관한 안내서에 따라 자진납부세액 34,540,740원을 납부기한내인 1998.10.31 납부하였음이 부동산양도신고서 등에 의하여 확인된다.처분청은 등기접수일 이후에 부동산양도신고서가 접수되어 쟁점토지의 양도는 자산양도차익예정신고납부세액공제 대상이 아니라는 이유로 기 공제받은 세액을 불공제하여 이 건 양도소득세를 과세하였음이 양도소득세 결정결의서에 의하여 확인된다.

(1) 15%의 자산양도차익예정신고납부세액공제 적용대상인지 여부에 대하여 본다.소득세법 제165조제1항 및 같은 법 시행령 제224조 제1항의 규정에 의하면, 15%의 자산양도차익예정신고납부세액공제는 부동산을 매매한 자가 부동산소유권 이전에 관한 등기를 신청하는 날까지 부동산양도신고서에 토지대장 및 건축물관리대장등본 등을 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 부동산양도신고를 한 경우에 한하여 적용하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 부동산양도신고가 등기접수일을 1일 경과하여 이루어졌으므로 15%의 자산양도차익예정신고납부세액공제 적용대상은 아니라고 판단된다.

(2) 10%의 자산양도차익예정신고납부세액공제 적용대상인지 여부에 대하여 본다.쟁점토지의 양도가 부동산양도신고 대상인지의 여부에 대하여 보면,소득세법 제165조제1항 및 같은 법 시행령 제224조 제2항의 규정에서 8년이상 보유한 농지와 3년이상 보유한 주택의 경우 부동산양도신고대상에서 제외하고 있는 것은 비과세될 소지가 많은 8년이상 보유농지 또는 3년이상 보유주택을 신고대상에서 제외함으로써 신고에 따른 납세자의 불편을 최소화하는 동시에 행정편의도 도모하는 데 그 취지가 있는 점과 8년이상 자경농지에 대한 양도소득세 비과세 관련규정인조세감면규제법 제54조제1항에 “상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다”는 규정과 불일치를 조정하기 위하여 1999.12.31 소득세법 시행령 개정(대통령령 제16682호)시 동 시행령 제224조 제2항 제2호 후단에 “상속받은 농지의 보유기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 보유한 기간을 합산한다”는 규정을 신설한 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건과 같이 피상속인의 보유기간과 청구인의 보유기간을 합산하여 그 보유기간이 8년이상인 농지는 부동산양도신고 대상이 아니라 하겠다.그렇다면, 청구인은 쟁점토지를 양도하고 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 당해 부동산의 거래내용을 납세지 관할세무서장에게 신고한 바 있고, 처분청이 양도차익을 계산하여 산출한 납부세액에 관한 안내서에 따라 예정신고기한내에 납부세액을 자진납부하였음에도 불구하고 처분청이 10%의 자산양도차익예정신고납부세액공제를 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분에 잘못이 있다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.