취득 또는 양도가액중 어느 일방가액만이 불분명한 경우에도 그 취득 및 양도가액을 모두 기준시가로 계산함이 적법한지 여부(취소)

취득가액과 양도가액이 불분명한 경우라 함은 두 가액 중 어느 한쪽만이 불분명한 경우를 포함함

1. 사실청구법인은 서울시 중구 OO동 OOO에 소재한 사회복지법인인 바, 83.1.2. 청구외 OOO로부터 증여받은 남제주군 성산읍 OO리 OO의 6필지 소재 토지 계 16,205평방미터(이하 “이 건 토지”라고 한다)를 87.4.10. 남제주군에 수용당하고서 88.5월 처분청에 87사업년도분 법인세(특별부가세)를 신고납부함에 있어 이 건 토지의 양도가액은 실지거래가액(수용가액: 123,166,700원)으로, 취득가액은 불분명하다하여 기준시가(환산가액)로 계산하여 방위세 2,995,370원을 신고납부한 후 88.8.8. (국세기본법 제45조의 규정에 의한 수정신고기한내임) 처분청에 이 건 토지의 취득 및 양도가액을 모두 기준시가로 계산하여 법인세(특별부가세) 과세표준과 세액을 감액수정신고한데 대하여 처분청은 청구법인의 위 수정신고에 따른 방위세 환급을 거부하고 이를 88.9.9.자로 청구법인에게 통지하였다.

2. 청구법인 주장청구법인은 이 건 토지를 남제주군에 수용당한 후 87사업년도분 법인세(특별부가세)를 신고납부함에 있어서 양도가액은 실지거래가액으로 계산하고, 취득가액은 불분명하여 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 특별부가세분 방위세 2,995,370원을 신고납부하였으나 그후 수정신고기한내에 위 부동산의 양도 및 취득가액을 모두 기준시가에 의하여 계산하여 법인세(특별부가세) 과세표준과 세액을 감액수정신고하였는 바,위 수정신고내용은 대법원의 판례(88누1073호, 88.5.2) 및 국세심판소 결정례(88서1359, 89.2.3.)취지에 따른 것인데도 처분청이 청구법인의 위 신고내용대로 그 과세표준과 세액을 결정하지 아니하였음은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견법인세법 제59조의 2제3항에 의하면, 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 하도록 규정되어 있고, 이에 근거한같은법 시행령 제124조의 2제6항은 “법 59조의 2 제3항에 규정하는 기준시가는소득세법 시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정되어 있고, 위 시행령 제115조 제1항 제1호 (다)목은소득세법 시행령 제170조제1항 단서의 경우에는 양도 또는 취득당시의 실지거래가액에 인근지역의 지가상승율을 감안하여 재무부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액으로 하도록 규정하고 있고, 재무부령인소득세법 시행규칙 제56조의 5제5항 제1호에서 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액 계산방법을 규정하고 있는 바,이 건의 경우 청구법인이 87사업년도분 법인세(특별부가세) 과세표준과 세액을 신고한바와 같이 토지등의 양도차익계산에 있어 실지거래가액이 확인되지 아니한 취득가액을 위 재무부령이 정하는 환산방법에 의하여 계산하였음은 전시 법조 규정에 비추어 정당하다고 판단된다.그런데 청구법인이 88.8.8. 법인세 과세표준과 세액의 수정신고를 함에 있어 토지등의 취득 및 양도가액을 모든 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하였음은 전시 법조 규정에 어긋나는 계산이라 아니할 수 없으므로 청구법인의 주장은 이유없다는 의견이다.

4. 쟁점이 건 심판청구의 쟁점은 특별부가세 과세표준을 산정함에 있어 양도자산의 취득 또는 양도가액중 어느 일방가액만이 불분명한 경우에도 그 취득 및 양도가액을 모두 기준시가로 계산함이 적법한지를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

법인세법 제59조의 2제3항에 의하면, 특별부가세의 과세표준인 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득 가액으로 하도록 규정되어 있고, 이에 근거한같은법 시행령 제124조의 2제6항은 “법 제59조의 2 제3항에 규정하는 기준시가에 의한다”고 규정하고 있는 바,위법인세법 제59조의 2제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라 함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두 가액중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다고 함이 당 심판소 (국심 88서1359, 89.2.3, 88서1401 89.2.14, 88전1653, 89.3.22.외 다수)의 견해이다.그렇다면 이 건 청구의 경우에는 양도가액은 123,166,700원이 분명하나 그 취득가액이 불분명함에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으므로 이 건 토지의 양도차익은 앞서 본바와 같이 그 취득 및 양도가액을 모두 기준시가로 계산하여 산정함이 타당하므로 이를 다투는 청구법인의 주장은 이유가 있다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.