공공법인인 청구법인이 취득세 및 등록세 5,995,202,280원을 고정자산의 취득원가에 포함시키지 아니하고 비용으로 처리한 것이 타당한지 여부(기각)

기업회계기준에 따르지 아니한 내부회계처리기준에 의하여 비용으로 회계처리하였으므로 처분청이 손금으로 인정하지 아니하고 과세한 처분은 정당함.

1. 처분개요

처분청은 청구법인이 서울시 강남구 OO동 OOOOOO 토지 및 건물을 취득하고 납부한 취득세 및 등록세 5,995,202,280원과 당해 사업년도에 납부한 법인세등 2,358,050,600원 합계 8,353,252,880원을 장부상 손비처리한 데 대하여 이를 손금으로 인정하지 아니하고 당기순이익에 가산하여, 95.4.20. 청구법인에게 93.1.1.～93.12.31. 사업연도분 법인세 1,045,827,250원을 결정고지하였다가, 그 후 직권시정 또는 국세청장의 재조사 경정결정에 따라 합계 5,074,018,498원이 경감된 3,279,234,382원을 당기순이익에 가산하여 법인세 410,560,144원으로 감액 경정하였다.청구법인은 이에 불복하여 95.6.14. 심사청구, 95.9.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장의견가. 청구법인 주장청구법인은 조세감면규제법에 의하여 당해법인의 결산재무제표상 당기순이익을 과세표준으로 하여 10%의 법인세율을 적용받는 공공법인으로서 세무조정이 필요하지 아니한 당기순이익 과세 공공법인이다.청구법인은 농수산부 예산편성지침과 농지계량조합 연합회가 규정한 농조법규에 따라 취득세·등록세 등을 세금공과로 매년 계속하여 일관되게 회계처리하여 기장을 하고 그 기장내용에 따라 결산 재무제표를 작성하고 있는 바, 청구법인의 당초 결산과 같이 취득세·등록세 합계 5,995,202,280원을 손비로 처리하여야 한다.

나. 국세청장의견기업회계기준에서 유형고정자산의 취득원가는 당해자산의 제작원가 또는 매입가액에 취득부대비용을 가산한 가액으로 하도록 하고 있고, 토지 및 건물 취득시 등록세 및 취득세는 필수적으로 부담하여야 하므로 이를 고정자산의 취득원가에 포함하여야 하는 것이나, 청구법인은 기업회계기준에 따르지 아니한 내부회계처리기준에 의하여 비용으로 회계처리하였으므로 처분청이 이 건 등록세 및 취득세 5,995,202,280원을 손금으로 인정하지 아니하고 이 건 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 쟁점은 공공법인인 청구법인이 취득세 및 등록세 5,995,202,280원을 고정자산의 취득원가에 포함시키지 아니하고 비용으로 처리한 것이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관계법령기업회계기준 제96조 제1항에서는 유형고정자산의 취득원가는 당해 자산의 제작원가 또는 매입가액에 취득부대비용을 가산한 가액으로 한다고 규정하고,법인세법시행령 제48조제2항에서는 매입한 고정자산의 취득가액에는 등록세·취득세·기타 부대비용을 포함하는 것으로 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인은 구조세감면규제법(93.12.31. 법률 제4666호로 전면개정전) 제9조 제2항 제9호에 해당하는 공공법인으로, 농수산부예산편성지침 등의 규정에 따라 취득세·등록세 등을 매년 계속하여 일관되게 비용으로 회계처리하였다고 주장하나, 위 농수산부예산편성지침등은 예산편성이나 집행에 있어서 그 예산과목에 대하여 상세하게 풀이한 것에 불과하므로 이 건 법인세법상 회계처리의 기준이 된다고 인정하기 어렵다.위의 사실관계로 보아, 청구법인이 위 관계법령의 규정 또는 일정한 회계처리 기준이 아닌 다른 용도의 기준에 따라 회계처리 하였다고 인정되므로, 처분청이 이 건 취득세 및 등록세 5,995,202,280원을 위 관계법령의 규정에 따라 고정자산의 취득원가에 포함되는 것으로 보아, 손금으로 인정하지 아니하고 이 건 과세한 처분은 정당하다고 인정된다.

따라서 이건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.