고유목적사업준비금으로 계상하지 않은 쟁점준비금을 당해 사업년도 소득금액계산상 손금에 산입할 수 있는지 여부(경정)고유목적사업준비금으로 계상하지 않은 쟁점준비금을 당해 사업년도 소득금액계산상 손금에 산입할 수 있는지 여부(경정)

비영리법인이 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정 않았어도 고유목적사업비로 직접 지출한 금액은 손금산입함

1. 원처분개요청구법인은사립학교법 제2조의 규정에 의하여 대구광역시 중구 OOO동 OOO에서 설립된 학교법인으로서 초등학교, 중등학교, 고등학교, 유치원을 설치운영하고 있고, 대구광역시 중구 OOO동 OOO에 소재하고 있는 OOO빌딩에서 수익사업으로 부동산임대업을 영위하고 있으며 95.3.1～96.2.28사업년도(이하 “95사업년도”라 한다)에 학교이전을 위한 용지구입 등 고유목적사업비로 1,530,888,510원을 지출하고 당기 결산시 고유목적사업준비금으로 1,184,487,808원만을 설정함으로써 당해 사업년도 중 고유목적사업비로 실제 지출한 금액보다 346,400,702원(이하 “쟁점준비금”이라 한다)을 적게 설정한 상태에서 96.5.2 95사업년도 법인세과세표준 및 세액신고와 자진납부를 하였다가, 96.9.12 쟁점준비금을 손금에 산입하여야 한다는 취지로국세기본법 제45조의 2제1항의 규정에 의한 법인세과세표준 및 세액에 관한 경정청구를 하였다.처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 그 경정청구일로부터 2개월이 되는 날인 96.11.11 검토중이라는 중간회신을 하였고, 96.12.26 위 경정청구에 대하여 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 청구법인에게 최종통지하였다.청구법인은 이에 불복하여 97.2.24 이의신청 및 97.5.15 심사청구를 거쳐 97.8.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구법인은 95사업년도에 대한 법인세과세표준 및 세액신고시 고유목적사업준비금 손금산입 범위액이 1,664,705,065원인데도 1,243,273,289원으로 착오계산하고 위 범위액 내의 금액인 1,184,487,808원만 고유목적사업준비금으로 설정하여 결산을 확정한 후 법인세과세표준 및 세액을 신고납부하였다가, 96.9.12쟁점준비금을 손금으로 계상하여 법인세과세표준 및 세액에 관한 경정청구를 하였으므로 당기 결산에는 반영되지 아니하였으나 청구법인이 실제로 고유목적사업에 직접 사용하였으므로 이를 실질과세원칙에 따라 손금에 산입하여야 한다.

나. 국세청장 의견세법상 고유목적사업준비금은 결산에 의하여 손금으로 계상하여야만 이를 손금으로 인정하는 것이나, 청구법인은 수익사업회계의 결산시 쟁점준비금을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않은 사실이 확인되고 있고,국세기본법 제45조의 2에서 규정하고 있는 경정청구권 또한 당초 결산에 반영되지 아니한 결산조정항목은 그 대상이 될 수 없으므로 쟁점준비금에 대하여 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은

(1) 이 건 심판청구가 본안심리 대상인지 여부와

(2) 청구법인이 95사업년도에 고유목적사업비로 직접 지출하였으나 당기 결산시 손익계산서에 고유목적사업준비금으로 계상하지 않은 쟁점준비금을 당해 사업년도 소득금액계산상 손금에 산입할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여 본다

(1) 관계법령국세기본법 제45조의 2(경정등의 청구) 제1항 제1호에서 과세표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 법정 신고기한경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 같은조 제3항에서는 제1항의 규정에 의하여 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 경정하거나 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 이 건 심판청구가 본안심리 대상인지에 대하여 살펴본다(가) 청구법인은 96.9.12 쟁점준비금에 관한 법인세과세표준 및 세액의 경정청구를 하였고, 그 경정청구에 대하여 처분청은 청구법인으로부터 경정청구를 받은 날부터 2월이 되는 날인 96.11.11 검토중이라는 중간회신을, 96.12.26에는 그 경정청구에 대하여 경정하여야 할 이유가 없다는 최종통지를 청구법인에게 각각 하였으며, 청구법인은 경정청구에 대한 최종통지를 받은 날부터 60일이내인 97.2.24 대구지방국세청장에게 이의신청을 하였고, 97.6.27자 이 건 국세심사결정에서는 불복청구기간의 도과로 인한 각하결정을 한 사실이 관련기록에 의하여 각각 확인된다.

(나)국세기본법 제45조의 2제1항 및 제3항에서 규정하고 있는 경정청구에 대한 불복청구는 납세자가 법정기한내(세무서장이 경정청구를 받은 날부터 2개월이내)에 경정청구에 대한 결과통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날부터 60일이내에 할 수 있고, 법정기한내에 그 경정청구에 대한 결과통지를 받지 못한 경우에는 부작위로 보아 법정기한이 경과한 날 이후에는 언제든지 또는 구체적으로 행정처분을 받은 날부터 60일이내에 선택적으로 불복청구를 할 수 있도록 해석하는 것이 납세자의 불복청구권을 보장하고 권리구제에 보다 맞는 것이라 할 것이고(국심97중0597, 98.3.24, 합동회의, 같은뜻),(다) 96.9.12자 청구법인의 경정청구에 대하여 처분청이 청구법인의 경정청구일부터 2개월이 되는 날인 96.11.11 “검토중”이라는 중간회신을 청구법인에게 함에 따라 청구법인은 최종통지를 기다리다가 그 경정청구가 이유없다는 통지를 받고 이의신청을 하였으나, 그 경정청구일부터 2개월이 되는 날에 거부처분이 있었던 것으로 보아 이 건 심판청구에 대하여 본안심리를 하지 않는다면국세기본법 제15조에서 규정하고 있는 신의성실의 원칙에도 위배되는 면이 있다 할 것이므로, 따라서 청구법인은 처분청으로부터 경정청구에 대한 최종통지를 받은 날부터 60일이내인 97.2.24 이의신청을 하였으므로 이 건 심판청구는 적법한 전심절차를 거친 것으로 본안심리의 대상이 되는 것으로 판단된다.

다. 쟁점(2)에 대하여 본다

(1) 관계법령(가)법인세법 제12조의 2(고유목적사업준비금의 손금산입) 제1항에서 “비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.1.소득세법 제16조제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액2.～3.(생략)

4. 제1호 내지 3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 대한 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액” 을 규정하고 있고,조세감면규제법 제61조제3항 제1호에서 사립학교법에 의한 학교법인에 대하여는법인세법 제12조의 2의 규정을 적용함에 있어서 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다고 규정하고 있으며,(나)법인세법시행령 제17조제1항에서 “법 제12조 제1항 제4호에서 「수익사업에서 발생한 소득」이라 함은 당해 사업년도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제18조 제3항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제12조의 2 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제18조 제3항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다”고 규정하고 있으며, 같은조 제5항에서 “법 제12조의 2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 비영리 내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금으로 그 후의 사업년도에 당해 법인의 고유목적사업에 사용한 금액은 먼저 계상한 고유목적사업준비금부터 사용한 것으로 본다.

이 경우 직전사업년도종료일 현재의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 당해 사업년도의 고유목적사업 등에 지출한 금액은 이를 당해 사업년도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 지출한 것으로 본다”고 규정하고 있으며,(다)법인세법시행규칙 제1조제3항에서 “비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출 또는 전입한 때에는 그 자산가액 중 수익 사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)에 속하는 부분의 금액은 고유목적사업준비금으로 전출한 것으로 하고 그 소득금액을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다”고 규정하고 있다.

(2) 사실관계(가) 95사업년도 결산서에 의하면, 청구법인은 95사업년도 결산시 손익계산서에 고유목적사업준비금으로 1,184,487,808원을 계상하고 각 사업년도의 소득금액을 483,217,257원으로 산정하여 법인세를 신고납부하였으나, 청구법인이 동 기간 중 고유목적사업비로 직접 지출한 금액은 다음과 같다.

구 분

명 세

금 액(원)

재산매입비

토지매입비

버스계약

DID 통신시설

소 계

905,712,440

1,000,000

2,500,000

909,912,440

시설비

담장보수 공사 등

79,961,070

설치학교전출금

유치원

초등학교

중학교

고등학교

소계

6,643,000

84,826,000

137,884,000

312,362,000

541,715,000

합 계

1,530,888,510

(나) 다음으로 95사업년도 중 청구법인의 고유목적사업준비금의 손금산입 범위액을 보면,

① 95사업년도 법인세신고서상 청구법인의 각 사업년도 소득금액 (ⓐ)은 480,217,257원이고, 당기 계상한 고유목적사업준비금(ⓑ)은 1,184,487,808원(손익계산서와는 달리 청구법인의 법인세신고서상 고유목적사업준비금 조정명세서에는 1,200,000,006원으로 기재되어 있으나 이는 착오기재로 보인다)이므로 당해 사업년도 소득금액(ⓒ)은 1,664,705,065원(ⓐ+ⓑ)이며,②법인세법 제12조의 2제1항 제1호 내지 제3호의 수입이자와 할인료(ⓓ)는 806,329,316원(요약손익계산서)이므로 수익사업에서 발생한 소득금액(ⓔ)은 858,375,749원(ⓒ-ⓓ)이며,

③ 청구법인과 같이 학교법인의 경우에는조세감면규제법 제61조제3항 제1호의 규정에 의하여 손금산입율이 100분의 100이므로 따라서 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액은 1,664,705,065원〔(ⓓ+ⓔ)×100/100〕이다.

(3) 청구법인의 95사업년도 소득금액계산시 쟁점준비금을 손금에 산입할 수 있는지에 대하여 살펴본다.(가) 세법상 비영리법인에 대하여 고유목적사업준비금을 손금으로 인정하는 기본적인 취지는 국가세수확보에 희생이 된다 할지라도 사회적·문화적 및 교육적으로 보아 비영리법인으로 하여금 고유목적사업을 추진하도록 하는 것이 오히려 국가발전에 도움이 된다는 뜻에서 마련된 제도라 할 것인바, 이와 같은 취지를 감안하여 비영리법인이 고유목적사업에 지출한 금액을 각 사업년도 소득금액계산에 있어서 손금에 산입할 수 있는 경우를 보면,

① 수익사업을 영위하는 비영리법인이법인세법 제12조의 2제1항의 규정에 의한 손금산입 범위액 내의 고유목적사업준비금을 수익사업회계에서 확정결산기준에 의하여 손금으로 계상한 때에는 각 사업년도 소득금액계산시 이를 손금에 산입할 수 있을 뿐만 아니라,

② 비영리법인이 확정결산기준에 의하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하지 않은 상태에서 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업의 비용으로 지출한 경우 또는 직전 사업연도 종료일 현재 계상된 고유목적사업준비금 잔액이 없거나 당해 사업년도에 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하여 동 준비금에서 차감하지 아니하고 직접 고유목적사업비를 지출한 경우에는 당해 사업년도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 즉시 사용한 것으로 보아법인세법 제12조의 2제1항과조세감면규제법 제61조제3항에서 규정한 손금산입 범위액 내에서 각 사업년도 소득금액계산시 고유목적사업비로 직접 지출한 금액을 손금에 산입할 수 있다 할 것이고(국세청 법인 46012-217, 96.1.22·46012-552, 96.2.16같은뜻), 이 경우 비영리법인이 손금으로 계산할 수 있는 세법상의 고유목적사업준비금은법인세법시행령 제17조제5항의 규정에 따라 당해 사업년도에 고유목적사업준비금으로 설정한 금액과 당해 사업년도 중에 고유목적사업비로 직접 지출한 금액의 합계액이 된다 할 것이다.

(나) 위 사실들과 관련법령을 종합하여 보면, 청구법인이 95사업년도에 학교이전을 위한 용지구입 및 설치학교전출금 등 고유목적사업비로 직접 지출한 금 1,530,888,510원(이 금액은법인세법 제12조의 2제1항 및조세감면규제법 제61조제3항 제1호의 규정에 의하여 계산한 고유목적사업준비금의 손금산입 범위액내의 금액이다)에서 당해 사업년도 수익사업회계에서 확정결산기준에 의하여 고유목적사업준비금으로 손금계상한 금 1,184,487,808원을 차감한 나머지 금 346,400,702원(쟁점준비금)은 청구법인이 당해 사업년도의 고유목적사업비로 계상하여 즉시 지출한 금액에 해당된다 할 것이므로 95사업년도 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하여야 할 것이고 따라서 이에 관한 청구법인의 96.9.12자 법인세과세표준 및 세액에 관한 경정청구는 그 이유가 있는 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.