신축주택의 양도소득세 특례규정을 적용하여 감면하여야 한다는 주장의 당부(취소)

실지양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택이라도 종전규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용됨

1. 처분개요

청구인은 1997.7.2 취득한 OOOOO OOO OOO OOOO OOOOO OO OOOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 같은 동 1682 OO OOOOOO OOOO OOOOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)로 재건축되자, 쟁점주택에 대한 사용승인일(2003.5.10) 이후인 2003.9.29 쟁점주택을 양도하고 2003.12.1 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점주택의 양도는 조세특례제한법 제99조의 3제1항 제2호에 의한 신축주택의 취득자에 대한 과세특례 에 해당한다 하여, 2003년 귀속분 양도소득세13,429,420원에 대한 감면신청을 하였다(양도소득세 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세 2,685,880원은 납부함).처분청은 쟁점주택이소득세법 제89조제3호 규정에 의한 양도소득세 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당한다 하여, 조세 특례제한법상 신축주택의 취득자에 대한 과세특례 의 적용을 배제하고, 2004.9.5 청구인에게 2003년 귀속분 양도소득세 10,743,540원을 경정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 2004.12.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택은조세특례제한법 제99조의 3제1항 제2호에 의한 신축주택으로서, 2002.12.31 이전에 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인을 받았으므로경과규정인 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항에 따라 종전의 규정에 의한 고급주택에는 해당 하지 않으므로, 신축주택의 취득자에 대한 과세특례(양도소득세 감면)를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점주택은조세특례제한법 제99조의 3제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2002.12.31 이전에 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인을 받은 경우에 해당하지만, 실지양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하므로 종전의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택이소득세법 제89조제3호 규정에 의한 고가주택에 해당한다 하여,조세특례제한법 제99조의 3본문 단서규정에 따른 양도소득세 감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.11 개정전)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세 대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 : 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축 주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매 계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택 건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당 하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 : 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택(2)조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도 소득세의 과세특례】(2002.12.11 개정후)①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득 금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 : 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축 주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매 계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택 법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비 사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)(단서규정 생략).

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 : 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함 한다)를 받은 신축주택(3)조세특례제한법 부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도 소득세의 과세특례에 관한 경과조치】(2002.12.11 개정분)

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약 금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은날 당시의 고급 주택기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본 및 토지대장 등에 의하면, 청구인이 보유 하던 종전주택이 재건축됨에 따라 2003.5.10 쟁점주택에대한 사용 승인을 받고 2003.9.29 실지양도가액 1,045,000,000원에 양도하였음이 확인되고, 쟁점주택은 2003.1.1. 이후 양도한 것이므로 2002.12.30 소득세법시행령제156조의 개정규정에 의한 고가주택에는 해당하지만 종전 규정에 의한 고급주택에는 해당하지 아니한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점주택이 2002.12.11 개정된 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에 의한 신축주택으로서 2002.12.31 이전에 공사에 착수하여 2003.5.10 사용승인을 받았고, 고가주택이라는 점만을 제외하고는 2002.12.11 개정된 같은 법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의한 양도소득세 감면요건을 구비하고 있으며, 그 부칙 제29조 제2항 제2호에서 “제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있는 바, 여기서 “종전의 규정”이라 함은 2002.12.11 개정 이전의조세특례제한법 제99조의 3을 의미하고 단서의 양도소득세의 감면대상에서 제외되는 주택은 2002.12.18 개정전의소득세법 제89조제3호의 규정에 의한 “고급주택”이지 단순히 실지양도가액 6억원을 초과하는 “고가주택”이라 하여 감면대상에서 제외되는 것은 아니라는 주장이다.

(3) 이 건의 경우, 2002.12.11 법률 제6762호로 개정된조세특례제한법 제99조의 3제1항 제2호 및 같은 법 부칙 제29조 제2항의 규정을 모아보면, 쟁점주택과 같이 자기가 건설한 신축주택으로서 2002.12.31 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 개정이전의 같은 법 규정이 적용되는 것으로 해석되고, 그 단서규정에 따른 양도소득세의 감면적용대상에서 제외되는 주택은 2002.12.18 개정전의소득세법 제89조제3호에서 정한「고급주택」에 한하는 것으로 보아야 할 것이다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO, OO O).

(4) 따라서 처분청이 2002.12.11 개정되기 전의 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 의하여 고급주택에 해당되지 아니하는 쟁점주택의 양도에 대하여 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론