환지토지 265.8평방미터 전체의 취득일을 간주취득일인 77.1.1로 하고 양도차익을 기준시가로 계산하여 과세한 처분의 당부 및 환지토지가 장기보유특별공제 대상토지인지 여부(경정)

환지토지의 보유기간은 10년 이상 청구인이 보유한 것임이 등기부등본에 의하여 확인되고 있고, 종전토지의 지목이 전과 도로이므로 장기보유 특별공제액 대상 자산임이 확인되고 있으므로 청구인이 양도한 환지토지중 대지 00평방미터에 대하여는 장기보유 특별공제액을 계산하여 양도가액에서 공제함이 정당함

1. 사실청구인은 서울시 서초구 OO동 OOOOO OOOOOO OO OOOOO에 주소를 둔 사람으로서 서울시 서초구 OO동 OOOOO 도로 407평방미터와 동소 OOOOO 전 598평방미터(이하 “종전토지”라 한다)가 토지구획정리사업시행으로 환지처분됨에 따라 서울시 강남구 OO동 OOOOOO 대지 265.8평방미터(이하 “환지토지”라 한다)를 89.4.13 교부받고, 종전토지에 대한 권리면적(233.3평방미터)를 초과하여 교부받은 면적(32.5평방미터)에 대한 환지청산금 14,430,000원을 89.3.11 서울시에 납부한 후 환지토지를 89.4.15 양도하고 자산양도차익 예정신고를 하지 아니한 바,처분청은 청구인이 환지토지를 양도하고 자산양도차익 예정신고를 하지 아니하였다 하여 환지토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 청구인에게 89년귀속 양도소득세 43,010,020원 및 동 방위세 8,602,000원을 90.2.17 결정고지하자 청구인은 이에 불복하여 90.4.11 심사청구를 거쳐 90.7.3 심판청구에 이른 것이다.

2. 청구인 주장청구인은 종전토지를 68.7.15 취득하여 보유하고 있던 중 토지구획정리사업지구로 지정되어 89.4.13 환지처분으로 교부받은 환지토지를 89.4.15 청구외 OOO에게 소유권 이전등기를 하여 준 데 대하여 처분청은 이 건 양도에 따른 양도소득세를 부과함에 있어서 환지청산금 14,430,000원을 자본적 지출금액으로 공제하여야 하고 또한 이 건 토지가 구획정리사업전에는 지목이 전이기 때문에 마땅히 장기보유 특별공제가 되어야 마땅하고 토지구획정리사업중에는 건물이 신축을 할 수 없는 것이 명백하므로 구소득세법 시행령 제46조의 3제1호 및 제2호(88.12.31 대통령령 제12564호)에 해당하는 토지로 보아지므로 장기보유 특별공제대상이 되는 것인 바,처분청이 위 자본적 지출금액(신규취득 자산으로 보던지)이나 장기보유특별공제를 하지 아니하고 이 건 처분을 한 것은 위법 부당하므로 당초처분을 경정하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견이 건 청구인의 경우와 같이 양도 및 취득가액을 기준시가에 의하여 결정하는 경우에는소득세법 시행령 제94조제5항에 의하여 취득당시의 등록세 과세표준의 7/100 또는 취득당시의 기준시가의 1/100 만을 공제하는 것으로서 청구인 주장의 환지청산금을 필요경비로 공제할 수 없는 것이고, 이 건 환지토지에 대한 장기보유 특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나 동 토지가 68.7.15 취득이후 건축물이 없었던 토지이고 68.7.15 취득당시부터 건축물의 신축이 제한되었거나 금지된 경우도 아니므로소득세법 시행령 제46조의 3규정에 의하여 장기보유 특별공제를 적용할 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점이 건 심판청구의 다툼은가. 환지토지 265.8평방미터 전체의 취득일을 간주취득일인 77.1.1로 하고 양도차익을 기준시가로 계산하여 과세한 처분의 당부와나. 환지토지가 장기보유특별공제 대상토지인지 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

가. 쟁점

“가”에 대하여 본다. 청구인은 이 건 환지토지의 양도차익을 기준시가로 하여 계산하더라도 실지 지출된 환지청산금은 필요경비로서 마땅히 양도가액에서 공제하여야 한다는 주장이나, 87.5.8 개정되어 이 건 양도당시 시행된소득세법 시행령 제94조제5항을 살펴보면, “법 제45조 제1항 제1호 본문의 규정에 의한 방법으로 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 제1항 내지 제4항의 규정에 불구하고 취득당시의 등록세 과세표준액에 7/100을 곱한 금액을 가산한 금액으로 한다”고 규정하고 있는 바,이 건 청구와 같이 취득 및 양도가액을 기준시가로 하여 양도차익을 계산하는 경우에 있어서는 양도가액에서 공제될 필요경비가 취득가액과 취득당시의 등록세 과세표준액에 7/100을 곱한 금액뿐이므로 이 건 환지청산금(14,430,000원)을 필요경비로 공제하여야 한다는 청구인의 주장은 이유없다.

그러나 청구인이 68.7.15 취득한 종전토지에 대한 환지처분으로 89.4.13 환지토지 265.8평방미터(종전토지에 대한 권리면적 233.3평방미터, 과도면적 32.5평방미터)를 교부받고 동 과도면적에 대한 환지청산금 14,430,000원을 89.3.11 서울시장에게 납부한 사실과 89.4.15자로 환지토지를 청구외 OOO에게 양도한 사실등에 대하여는 처분청도 다툼이 없는 바,먼저, 위 사실관계에 따라 이 건 환지토지의 거래형태와 거래시기에 대하여 살펴보면, 이 건 환지토지 265.8평방미터 중에서 종전토지의 권리면적인 233.3평방미터는 68.7.15 개인으로부터 취득하였다가 89.4.15 개인에게 양도한 것으로 양도차익울 계산함에 있어서 그 취득시기는 의제취득일인 77.1.1로, 양도일은 89.4.15로 하고 그 거래형태는 개인과의 거래로 보아야 하고 과도면적 32.5평방미터는 청구인이 서울시장에게 환지청산금을 지급하고 교부받은 것을 개인에게 양도한 것으로 그 취득시기는 환지청산금을 납부한 89.3.11로, 양도시기는 권리면적의 양도시기와 동일한 89.4.15로 하며, 그 거래형태는 지방자치단체(서울시장)로부터 취득하여 개인에게 양도한 것으로 봄이 합당하다 할 것이다.

다음으로 거주자에 대한 양도차익계산방법을 규정하고 있는소득세법 제23조제4항, 제45조 제1항 제1호, 동 법 시행령 제170조 제1항, 제4항 제1호 및 제115조 제1항 제1호(다)목의 규정을 종합하여 보면, 개인과의 거래분에 대한 양도차익계산은 기준시가에 의하고 취득 및 양도 중 하나가 국가·지방자치단체 또는 법인과의 거래이고, 또 다른 하나가 개인과의 거래로 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 지방자치단체 등과의 실지거래가액과 이를 환산하여 계산한 기준시가(이하 “환산가액”이라 한다)를 취득 및 양도가액으로 하여 양도차익을 계산하도록 되어 있는 바,전시 거래사실과 관련규정에 의한 양도차익 계산방법을 모아 보면, 이 건 환지토지 265.8평방미터에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 종전토지에 대한 권리면적 233.3평방미터에 대하여는 취득 및 양도가액을 기준시가로하여 계산하여야 할 것이나, 과도면적 32.5평방미터에 대하여는 서울시장에게 89.3.11 납부한 환지청산금 14,430,000원을 취득가액으로 하고, 양도가액은 환산가액으로 하여 양도차익을 계산함이 타당하다고 판단된다(88중1479, 89.2.22 동지).

나. 쟁점 “나”에 대하여 본다. 청구인은 환지토지의 보유기간이 10년 이상이므로 장기보유 특별공제액을 양도가액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다.

먼저, 이 건 관련법령을 보면,소득세법 제23조(양도소득) 제1항에서 “양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다”고 규정하면서 그 제1호에서 “토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득”을 규정하고 있고 동법 동조 제2항에서 “양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다”고 하면서 그 제2호에서 “제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년 이상인 것에 대하여는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 금액(이하 “장기보유특별공제액”이라 한다)”이라고 하면서 그 (나)목에서 “당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것은 양도차익의 100분의 30”을 공제하도록 정하고 있고,동법 시행령 제46조의 3(나대지의 범위)에서 “법 제23조 제2호에서 [대통령령이 정하는 토지]라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다”고 규정하고 있으며,동법 시행령 제53조(양도 또는 취득의 시기) 제3항에서 “토지구획정리사업법 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지전의 토지의 취득일로 한다”고 규정하고 있는 바,청구인이 양도한 환지토지의 취득일은 전시한소득세법시행령 제53조제3항의 규정에 의하여 종전토지 취득일인 68.7.15이므로 이 건 환지토지의 보유기간은 68.7.15부터 89.4.15까지로 10년 이상 청구인이 보유한 것임이 등기부등본에 의하여 확인되고 있고,

종전토지의 지목이 전과 도로이므로 전시 법령에서 정한 장기보유 특별공제액 대상 자산임이 확인되고 있다.

따라서 이 건 청구인이 양도한 환지토지중 대지 233.3평방미터에 대하여는 전시 법령 규정에 의하여 장기보유 특별공제액을 계산하여 양도가액에서 공제함이 정당하다고 판단되므로 주문과 같이 결정한다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.