중소기업투자준비금(경정)

법인세확정신고시 세무조정으로 손금산입한 중소기업투자준비금을 당초 이익잉여금처분시 적립하지 않고, 과세처분전 경정청구기한내에 임시주주총회를 개최하여 적립한 경우, 손금산입대상임

1. 처분개요

청구법인은 제조업(유리제품)을 영위하는 중소기업으로서 2000.1.1～2000.12.31. 사업연도(이하 “2000사업연도”라 한다)에 대한 당초 결산시 중소기업투자준비금 2,520,722,364원(이하 “쟁점준비금”이라 한다)을 이익처분에 의한 준비금으로 적립하지 아니하고 2001.3.27. 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점준비금 상당액을 세무조정으로 손금산입하여 해당세액을 납부하였는데, 처분청의 수정신고 안내를 받고 임시주주총회를 개최하여 쟁점준비금상당액을 이익잉여금처분에 의한 준비금으로 적립한 후 2001.6.19. 처분청에 세무조정계산서(재무제표 포함)를 수정하여 신고하였다.처분청은 청구법인이 처분가능이익에 있었음에도 당초 이익처분에 의한 쟁점준비금 상당액을 적립하지 않았다 하여 쟁점준비금을 손금불산입하여 2001.6.29. 청구법인에게 2000사업연도분 법인세 852,725,940원을 부과처분하였다.청구법인은 이에 불복하여 2001.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조세특례제한법상 중소기업투자준비금에 대한 손금인정제도의 취지는 제조업 등을 하는 중소기업을 지원하기 위하여 조세를 이연시켜주는 제도로서, 감면이나 세액공제를 해주는 제도가 아니므로 잉여금을 처분하지 않음으로 인하여 국가의 입장에서는 세수의 감소는 없는 것이며, 또한 그 준비금이 사외유출된 것이 아니고 준비금계정에 있어야 할 금액이 차기이월이익잉여금 계정에 남아 있는 것이므로 이익잉여금의 합계금액도 변동이 없는 것인 바, 청구법인은 2000사업연도의 세무조정시 쟁점준비금을 설정하였으나 단지 회계미숙으로 인하여 2000사업연도 잉여금처분계산서에 이를 반영하지 못하고 신고하였다가, 그 후 동 사실을 인지하고 2001.6월 임시주주총회를 개최하여 잉여금처분(쟁점준비금상당액을 적립)을 하고 처분청에 국세기본법상의 수정신고(경정청구)기한내에 신고한 것인데도 처분청이 이를 인정하지 아니하고 쟁점준비금을 손금불산입하여 과세한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

법인세법 제61조의 규정에 의해 중소기업투자준비금을 손금산입하기 위해서는 당해 사업연도의 이익처분시 당해 준비금을 적립하여야 하는 바, 청구법인은 처분가능이익이 있었음에도 당초 결산시에는 적립하지 않았다가 법인세과세표준신고후 임시주주총회를 개최하여 쟁점준비금을 추가 적립하고 잉여금처분계산서와 대차대조표를 정정하여 수정신고(경정청구)한 것은 적법하다고 볼 수 없으므로 쟁점준비금 상당액을 손금부인하여 과세한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세특례제한법상 손금산입대상인 중소기업투자준비금을 당초 결산시에는 적립하지 아니하고 세무조정으로 설정하여 법인세과세표준신고시 손금산입한 후 과세처분전 경정청구 기한내에 임시주주총회의 결의를 거쳐 유보이익의 일부를 준비금으로 적립한 경우 적법한 준비금으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법 제4조［중소기업투자준비금의 손금산입］①대통령령이 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월31일 이전에 종료하는 과세연도까지 대통령령이 정하는 사업용자산(이하“사업용자산”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위 안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

②제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 투자준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 투자준비금을 손금에 산입한 과세연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 당해 사업에 사용되는 사업용자산의 개체 또는 신규취득등 자본적지출에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 투자준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

(2)법인세법 제61조［준비금의 손금계상특례］①내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.

②제1항의 규정에 의한 준비금의 손금계상 및 그 금액에 처리에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.법인세법시행령 제98조［준비금등에 대한 손금계상의 특례］①법 제61조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 준비금은 당해 준비금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하여야 한다. 이 경우 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에는 동항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 것으로 보지 아니한다.

(3)국세기본법 제45조의2［경정 등의 청구］①과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건의 처분경위등을 보면, 청구법인은 2000사업연도의 법인세과세표준을 2001.3.27. 신고하면서 쟁점준비금을 세무조정에 의해 손금에 산입하였으나 이익잉여금처분에 의한 준비금 적립은 2001.3.16. 당초 결산확정시에는 적립하지 아니하고 2001.6.13. 처분청의 수정신고안내를 받은 후 2001.6.15. 임시주주총회결의에 의해 청구법인의 유보이익중 쟁점준비금상당액을 중소기업투자준비금으로 적립하였는데, 처분청은 당초 이익잉여금처분시 쟁점준비금을 적립하지 아니하였다는 이유로 쟁점준비금 상당액을 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 사실이 법인세 경정결의서 등에 의해 확인된다.

(2) 쟁점준비금 상당액을 당초 이익잉여금 처분시 적립하지 아니하고 세무조정에 의하여 손금산입하여 법인세를 신고하였다가 경정청구 기한내에 쟁점준비금 상당액을 적립하여 신고한 경우 쟁점준비금을 손금산입할 수 있는지에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점준비금은 중소기업의 사업용자산의 개체 또는 신규취득등에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 일정금액을 손금으로 계상하고 그에 따른 적립금을 적립하였다가 일정기간(3년)이 지난후 3년간에 걸쳐 균등하게 익금에 산입하도록 한 것으로서,법인세법 제61조제1항 및같은법시행령 제98조제1항 규정의 취지에 의하면, 당해연도의 이익잉여금 처분시 준비금 상당액을 적립하는 경우에 이를 손금으로 인정할 수 있다고 보아야 할 것이다.

(나) 다만, 이 건의 경우는 쟁점준비금 상당액을 사전에 이익처분에 의하여 적립하지는 아니하였다 하더라도 쟁점준비금 상당액 이상의 이익잉여금이 사외유출되거나 타용도로 전환된 사실이 없이 단지 회계처리미숙으로 인하여 2000년도 잉여금처분계산서에 쟁점준비금을 반영하지 못하고 신고하였다가, 그 후 동 사실을 인지하여 2001.6.15 임시주주총회를 개최하여 잉여금처분을 결의하고 쟁점준비금 상당액을 적립하여 처분한 후에 결산서를 정정하여 경정청구기한내인 2001.6.19. 처분청에 신고한 것으로 확인되는 바, 쟁점준비금을 설정하지 아니한 것이 법인의 자금을 외부로 유출시키거나 타용도로 사용하기 위한 고의성이 있다고 보기 어렵고, 쟁점준비금 제도의 취지가 중소기업을 지원하기 위하여 조세를 이연시켜주는 것으로서 조세의 일실우려가 있다고 보기도 어려우므로, 다음연도 이익잉여금처분전에 주주총회를 개최하여 쟁점준비금 상당액을 적립하는 것으로 하여 잉여금을 처분한 후 경정청구기한내에 당초신고내용을 수정하여 신고하였다면 적법하게 준비금을 적립한 것으로 보아 쟁점준비금을 당해연도의 소득금액계산상 손금으로 인정함이 타당한 것으로 판단된다. (국심 99서 1890, 2000.2.22. 같은 뜻임)라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.