청구인이 자산양도차익예정신고시 제출한 서류에 의하여 실지거래가액이 확인되는 경우인지 여부(취소)

청구인이 과세표준확정신고시 실지거래가액이라고 신고한 양도가액과 취득가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 부과함이 타당함.

1. 원처분 개요 청구인은 83.1.26 서울특별시 강남구 OO동 OOO OO 649.3㎡ 중 81㎡, 건물 827.96㎡ 중 50.9㎡(이하 “쟁점점포”라 한다)를 취득하여 89.8.5 양도하고 89.9.30 양도가액을 99,000,000원, 취득가액을 72,000,000원으로 하여 실지거래가액에 의하여 자산양도차익예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점점포를 양도하고 위와 같이 신고한 데 대하여 취득가액은 신빙성이 인정되나, 신고된 양도가액이 기준시가대비 72%이고, 신고서에 금액이 상이한 양도계약서 2매가 첨부되어 있는 등의 사실로 보아 신고된 양도가액이 신빙성이 없다는 이유로 신고된 실지거래가액을 부인하고 기준시가로 양도차익을 계산하여 95.5.6 청구인에게 89년 귀속 양도소득세 39,637,810원 및 방위세 7,945,090원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.7.6 심사청구를 거쳐 95.10.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 이 건과 같이 자산양도차익예정신고 및 납부를 한 경우 처분청은 신고·납부를 한 날이 속하는 달로부터 1개월이내에 양도차익과 세액을 결정하고 양도자에게 그 사실을 통지하도록 규정하고 있으나 신고일로부터 5년 7개월이라는 긴 기간동안 결정하지 아니하고 방치하다가 결정하면서 청구인이 신고한 자료에 의하여 양도양수자에게 거래사실을 직접확인할 수 있음에도 신고서류만을 서면 검토하여 신고된 양도가액이 기준시가의 72.5%에 불과하며, 양도가액이 99,000,000원과 75,000,000원으로 기재된 서로 다른 매매계약서를 제출하여 그 진위를 판명할 수 없다는 이유로 기준시가로 양도차익을 계산하여 과세하였으나, 쟁점점포는 1층은 점포 4개와 2,3층은 사무실로 사용하는 건물이며, 주위의 대형상가건물과 비교하여 초라한 건물의 1층내의 점포로 현 시세는 2억원 정도로 95년 개별공시지가 대비 50%에 불과한 여건이 열악한 점포인 점으로 보아 그 당시 신고된 양도가액 99,000,000원은 정상거래가액이며, 양도가액이 99,000,000원임은 매수인 및 중개인의 확인서에 의하여도 확인되고 중개수수료 300,000원을 수수료율 0.4%로 역산하여도 계산되며, 신고한 양도시 실지거래가액보다 낮은 금액인 75,000,000원으로 작성된 매매계약서는 등기를 하기 위하여 임의로 중개인도 없이 사실과 다르게 작성한 검인계약서로 이 건 양도소득세 신고와는 관계없는 서류이므로 청구인이 신고한 양도가액과 취득가액을 인정하여 양도차익을 계산하여야 한다.

나. 국세청장 의견 첫째, 쟁점점포의 양도당시의 실지거래가액이 시가보다 현저히 저락한 가액으로 거래될 만한 특단의 사정이 없어 보임에도 신고한 양도가액은 기준시가의 72.5%에 불과하고, 둘째, 청구인이 양도가액의 증빙서류로 신고시 제출한 부동산매매계약서는 그 양도가액이 99,000,000원과 75,000,000원으로 기재된 서로 다른 2건의 서류를 제출하여 그 진위를 판명할 수 없으며, 셋째, 청구인이 신고한 양도가액이 사실임을 뒷받침할 수 있는 기타 신빙성 있는 증빙자료가 제시되지 아니하고 있어 이 건은 청구인이 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 쟁점점포의 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다 하겠으므로 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하여 과세한 처분청의 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 자산양도차익예정신고시 제출한 서류에 의하여 실지거래가액이 확인되는 경우인지 여부에 있다.

나. 관련법령

소득세법 제23조 제4항 제1호, 제45조 제1항 제1호 가목 단서, 같은법시행령 제170조 제4항 제3호의 규정에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어 기준시가에 의하여 양도가액과 취득가액을 계산하는 것이 원칙이나, 자산양도차익예정신고 및 과세표준확정신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우는 실지거래가액으로 양도차익을 계산할 수 있다고 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단 이 건 관련 결정결의서 및 조사서등에 의하면, 처분청은 청구인이 신고한 취득가액 72,000,000원은 실지거래가액으로 인정하고 있다. 청구인이 이 건 과세표준확정신고시 쟁점점포의 양도시 실지거래가액이라고 신고한 99,000,000원을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지에 대하여 본다.

1) 이 건 쟁점점포는 3층건물(1층은 점포, 2·3층은 사무실)내의 1층에 위치한 약 15평(1층 전체면적은 89.5평)의 점포로 이렇게 건물의 일부만을 소유한 점포의 경우는 거래시 일반OO등 토지를 이용하기 위하여 취득하는 것과는 달리 주로 건물만을 사용·수익하기 위하여 취득하는 것이므로 그 부속토지의 가격보다는 건물의 구조나 용도 및 주변의 여건에 따라 그 가격이 달라지는 것이 일반적이라 하겠으나, 처분청이 청구인의 신고를 인정할 수 없는 기준으로 삼은 쟁점점포의 기준시가 136,365,850원은 토지가격이 130,308,750원으로 95.5%를 점하고 있는 점으로 볼 때 이를 청구인의 신고가액과 비교하였음은 적절하였다고 볼 수 없으며, 또한 청구인은 신고시 제출한 매매계약서 2매(매매금액 99,000,000원과 75,000,000원) 중 높은 금액인 99,000,000원을 양도가액으로 신고하였고, 또다른 매매계약서는 위 신고한 양도가액보다 낮은 금액으로 작성된 등기이전시에 사용된 「검인계약서」인 점으로 보아 이렇게 각각 다른금액의 매매계약서 2매를 제출한 것이 청구인이 신고한 쟁점점포의 양도가액을 부인할 수 있는 근거로 볼 수는 없다 하겠다.

2) 청구인이 이 건 양도소득세신고시 처분청에 제출한 매매계약서의 내용을 보면, 소개인(OOO)이 있고, 특약사항으로 86.9.13 OO은행의 대출금 30,000,000원을 매수인이 승계하기로 되어 있으나 동 내용은 등기부등본상의 내용(86.9.13 채권최고금액 39,000,000원, 채무자 : 청구인, 채권자 : OOOO은행)과 일치하며, 쟁점점포의 임차인인 OO부동산의 월세보증금 및 89.8월 월세금을 잔금에서 공제 및 매수인이 수령하며, 검인계약서 신고시 국세청고시가격등으로 쌍방합의하여 신고한다는 등 그 계약내용이 구체적이고, 쟁점점포의 매수자인 청구외 OOO 및 중개인 OOO이 인감도장을 날인하여 양도가액이 99,000,000원으로 작성된 위 매매계약서가 당초거래시 작성된 매매계약서임을 확인하고 있는 사실등으로 볼 때 청구인이 처분청에 신고시 제출한 매매계약서는 사실에 부합되는 진실된 매매계약서로 판단된다. 이상에서 본 바와같이 처분청이 청구인이 매매계약서등 증빙서류와 함께 신고한 양도가액을 부인하고 기준시가로 양도소득세를 결정하기 위하여는 청구인의 신고내용이 사실과 다름을 구체적으로 입증하여야 하나 그 근거가 확실하지 아니한 반면, 청구인이 제출한 매매계약서등 증빙서류는 믿을 수 있다 하겠으므로 청구인이 신고한 양도가액 99,000,000원은 실지거래가액으로 인정된다 하겠다. 따라서 이 건은 청구인이 과세표준확정신고시 실지거래가액이라고 신고한 양도가액과 취득가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 부과함이 타당하다고 판단된다.