토지의 양도가 장기보유특별공제의 대상이 되는지 여부(기각)

나대지에 대하여는 장기보유특별공제 배제됨

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 종로구 OO동 OOOOO 소재 대지 201㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 93.2.23자 서울민사지방법원의 확정판결(소유권이전등기: 93가단 3804)에 의해 93.5.11 청구인 앞으로 취득등기하고 95.7.11 쟁점토지를 청구외 OOO에게 양도한 후 쟁점토지의 취득일을 등기접수일인 93.5.11로 하여 과세미달로 자산양도차익예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점토지 취득일을 등기원인일인 82.12.25로 보고 기준시가를 적용하여 96.11.16 청구인에게 양도소득세 76,088,650원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.1.10 심사청구를 거쳐 97.3.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 처분청은 서울민사지방법원의 확정판결문에 기재되어 있는 대금지급일(82.12.25)을 쟁점토지의 취득일로 보아 양도차익을 계산하였으나 이는 소송의 편의를 위하여 청구인(원고)이 임의로 기재한 것일 뿐 실제의 대금지급일이 아니므로 이 건은 대금지급일이 확인되지 않는 것으로 보아 등기접수일인 93.5.11을 취득일로 보아야 한다. 만약 쟁점토지의 취득시기를 82.12.25로 볼 경우, 쟁점토지의 보유 기간이 10년을 초과하므로 95.12.30자 개정세법에 따라 장기보유특별공제를 해 주어야 한다.

나. 국세청장 의견 첫째, 청구인은 쟁점토지 취득시의 대금지급일이 확인되지 아니하므로 등기접수일을 취득시기로 보아야 한다는 주장이나, 청구인이 93.1.13 청구외 OOO을 피고로 하여 서울민사지방법원에 제기한 소유권이전등기절차이행청구소송(사건번호: OO OO OOOO)의 소장내용에 의하면 청구인은 82.12.25 쟁점토지를 15백만원에 매수키로 OOO과 매매계약을 체결하고 당일에 매매대금 전액을 지불한 것으로 되어 있고, 서울민사지방법원에서도 동 청구인의 주장을 그대로 인정하여 93.2.23 원고승소 판결을 하였으므로 82.12.25을 쟁점토지의 취득일로 보아 과세한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다. 둘째, 청구인은 예비적 청구로서 쟁점토지의 취득시기를 82.12.25로 본다면 쟁점토지의 보유기간이 10년이 넘게되고, 이 경우 95.12.30자 개정세법에 따라 나대지인 쟁점토지도 장기보유특별공제를 해 주어야 한다는 주장이나, 소득세법시행령 개정(95.12.30)시 삭제된 제161조(장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지)는 그 부칙 제8조 제1항의 규정에 의하여 96.1.1이후 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있는 바, 그 이전인 95.7.11 양도한 쟁점토지에 대해서는 구소득세법시행령 제46조의 3 을 적용함이 타당하므로 나대지인 쟁점토지에 대해서는 장기보유특별공제가 불가능하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지의 취득시기를 대금지급일로 볼 것인지 또는 등기접수일로 볼 것인지의 여부

② 쟁점토지의 양도가 장기보유특별공제의 대상이 되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구소득세법 시행령(94.12.31 대통령령 제14467호로 개정 되기전의 것) 제53조 제1항에서는 「자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로한다」라고 규정하면서, 그 제1호에서 「대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일」로 한다고 규정하고 있다. 한편, 쟁점토지 양도일 현재 시행되던 구소득세법(95.12.29 법률 제5031호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항 및 같은법 시행령 제161조 의 규정에서는 나대지의 경우에는 장기보유특별공제를 적용하지 못하도록 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 쟁점토지의 취득일을 등기부상 매매원인일인 82.12.25로 본 이유가 청구인이 93.1.13 청구외 OOO을 피고로 한 서울민사지방법원의 확정판결(소유권이전등기: 93가단3804)에 쟁점토지의 대금지급일이 82.12.25로 되어 있기 때문이라는 주장이고, 이에 대하여 청구인은 동 대금지급일은 소송의 편의를 위하여 청구인이 임의로 기재한 것일 뿐 실제의 대금지급일은 아니므로 이 건은 대금지급일이 불분명한 것으로 보아 등기접수일인 93.5.11을 쟁점토지의 취득일로 보아야 한다는 주장으로서 다툼이 있는 바 이를 살펴보면, 만약 청구인의 주장대로 82.12.25은 대금청산일이 아니고 소송의 편의를 위하여 임의로 기재한 것에 불과하다면 청구인은 당연히 실지대금지급일을 관련증빙과 함께 적시하여야 할 것이며, 막연히 대금지급일이 불분명하므로 등기접수일(93.5.11)을 취득일로 보아야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 또한 동 소송은 궐석재판으로 피고(OOO)와 다툼없이 청구인이 주장한 바대로 승소하여 그 내용대로 소유권이전등기가 이루어졌으므로 이에 대한 구체적이고도 객관적인 반증의 제시가 없는 한 위의 확정판결문을 근거로 한 등기원인일(82.12.25)을 쟁점토지의 취득시기로 보아야 할 것이고, 당심판소에서 쟁점토지의 전소유자인 청구외 OOO의 주소지 관할 성북세무서장에게 확인한 바에 따르면 OOO의 청구인에 대한 쟁점토지 양도시기를 소장(訴狀) 및 판결문의 내용에 따라 82.12.25로 인정하여 OOO에게는 쟁점토지의 양도소득세를 시효소멸에 따라 비과세한 것으로 나타나고 있다. 이와같은 사실내용에 비추어 처분청에서 청구인의 쟁점토지 취득시기를 82.12.25로 보아 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구인은 예비적 청구로서 쟁점토지의 취득시기를 처분청의 주장대로 82.12.25로 볼 경우 쟁점토지의 보유기간이 10년을 초과하게 되어 95.12.30 개정된 소득세법령의 규정에 따라 나대지도 장기보유특별공제가 가능하므로 쟁점토지에 대해서도 장기보유특별공제를 해 주어야 한다는 주장인 바 이에 대해 살펴보면, 쟁점토지 양도당시의 관련법령(95.12.29 법률 제5031호로 개정되기 전의 소득세법 및 95.12.30 대통령령 제14860호로 개정되기전의 소득세법 시행령)의 규정(동 소득세법 제95조 및 동법 시행령 제161조 )에 의하면 나대지에 대해서는 장기보유특별공제를 배제하도록 규정하고 있고, 95.12.29 개정된 소득세법(법률 제5031호)및 동법시행령(대통령령 제14860호)에서는 나대지에 대한 장기보유특별공제의 배제규정이 삭제되어 나대지도 보유기간에 따라 장기보유특별공제가 가능하도록 하고 있으나, 개정 소득세법 및 동법 시행령 부칙에서는 관련조항의 적용을 개정법령의 시행일(96.1.1)이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 되어있으므로 95.7.11 양도한 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 처분청의 처분은 정당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.