청구법인이 1996사업연도에 기업합리화적립금 27,140,129원을 과소적립하였다고 보아 동 과소적립금액에 상당하는 공제세액을 배제한 처분의 당부(취소)

청구법인이 1996사업연도에 기업합리화적립금을 부족하게 적립하였다 하여 과소적립금액에 상당하는 공제세액을 배제한 처분은 부당함

1. 원처분 개요 청구법인은 합성수지 제조업을 영위하는 상장법인으로서, 1996.1.1～12.31사업연도에 세액공제액 172,120,763원(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 124,784,343원+연구시험용시설투자에 대한 투자세액공제 9,478,743원+중소기업투자세액공제 11,607,677원+생산성향상시설에 대한 투자세액공제 26,250,000원)을 공제받고, 1996사업연도 이익잉여금처분시(1997.2.27 주주총회) 기업합리화적립금으로 138,132,231원을 적립하였으며, 1997.3.29 법인세신고를 하였다. 그 후 세무조정에 의하여 위 세액공제액을 185,666,551원으로 재계산하고, 이 중 134,263,086원(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 124,784,343원+연구시험용시설투자에 대한 투자세액공제 9,478,743원)이 농어촌특별세 비과세대상임에도 과세대상으로 잘못 알아 착오를 일으킨 사실을 발견하여 이를 바로잡아 기업합리화적립금으로 적립할 금액을 178,818,148원으로 조정하였으며, 1997사업연도 이익금처분시(1998.3.6 주주총회) 1996사업연도에 부족하게 적립한 기업합리화적립금 40,685,917원(178,818,148원-138,132,231원)을 1997사업연도 기업합리화적립금에 가산하여 추가적립하고, 1998.3.28 법인세신고와 동시에 1995～1996사업연도 법인세수정신고 및 경정청구를 하였다.

처분청은 청구법인이 1996사업연도에 기업합리화적립금으로 세액공제액 172,120,763원에서 농어촌특별세 6,848,403원을 차감한 165,272,360원을 적립하여야 함에도 138,132,231원만을 적립함으로써 27,140,129원을 과소적립하였다고 보아 동 과소적립금액에 상당하는 공제세액을 배제하여 1998.5.19 청구법인에게 1996사업연도 법인세 31,591,100원을 경정결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.6.2 심사청구를 거쳐 1998.8.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 1996사업연도에 세액공제액 172,120,763원을 공제받고, 기업합리화적립금 138,132,231원을 적립하였으나, 세무조정에 의하여 일부 세액공제액이 농어촌특별세 비과세대상임에도 이를 과세대상으로 잘못알아 기업합리화적립금 40,685,917원을 과소적립한 사실을 발견하고, 다음 사업연도인 1997사업연도 이익금처분시 위 과소적립액을 추가적립하였고, 1998.3.28에 1995～1996사업연도 법인세수정신고시 1996사업연도의 세액공제액을 139,681,018원으로, 기업합리화적립금을 132,832,615원으로 감액하여신고하였고, 이에 대하여 처분청은 1998.5.19 청구법인의 1996사업연도 법인세를 경정결정하면서, 「법인세 과세표준 및 세액 경정계산서(1)」 상에 공제감면세액(코드번호 18)을 139,681,018원으로 경정결정함으로써, 1996사업연도에 기업합리화적립금으로 적립할 금액이 132,832,615원임이 확인되는 바, 청구법인은 오히려 1996사업연도의 기업합리화적립금으로 5,299,616원(138,132,231원-132,832,615원)을 과다적립하였으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견 결산확정시 기업합리화적립금을 과소적립하고 내국법인이 수정신고 없이 세무조정계산서 작성시 세액공제를 한 경우에는 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증가된 경우로 볼 수 없어 공제세액을 배제하는 것이고, 청구법인은 기업합리화적립금 165,272,360원을 적립하여야 함에도 138,132,231원만을 적립하여 27,140,129원을 과소적립하였으며, 세무조정에 의하여 기업합리화적립금이 증가된 사실이 없고, 1996사업연도에 대한 처분청의 서면분석에 대한 통지가 있기전까지 수정신고에 의한 추가 적립이 없었으므로 이 건 공제세액을 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 1996사업연도에 기업합리화적립금 27,140,129원을 과소적립하였다고 보아 동 과소적립금액에 상당하는 공제세액을 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 조세감면규제법 제123조 (1993.12.31, 법률 제4666호로 전면개정된 것) 제1항(1995.12.29, 법률 제5038호로 개정된 것)에 의하면, 「제5조 내지 제7조·제9조 내지 제11조···의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다」고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 「제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다」고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제108조(1993.12.31, 대통령령 제14084호로 전면개정된 것) 제1항 제2호에 의하면, 「법 제123조 제2항 단서에서 대통령령이 정하는 경우 라 함은 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일( 법인세법 제26조 제1항의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우를 말한다」 고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 「제1항의 규정에 의한 사유로 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다」고 규정하고 있다.

(2) 한편, 국세기본법(1994.12.22 법률 제4810호로 개정된 것) 제45조 제1항 제1호 및 제2호에 의하면, 「과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때”(제1호)와 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때”(제2호)에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기전까지 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다」고 개정하여 규정하고 있고, 같은 법 제45조의 2 제1항 제1호 및 제2호에서는 「과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때”(제1호)와 “과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때”(제2호)에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말함)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다」고 신설하여 규정하고 있으며, 같은 부칙 제4조에서는 「제45조의 개정규정은 이법 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다」고 규정하고 있고, 같은 부칙 제5조에서는 「제45조의 2의 개정규정은

이법 시행후 최초로 개시되는 과세기간부터 적용한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계

(1) 청구법인은 1997.2.27 주주총회의 승인의결을 거쳐 1996사업연도의결산을 확정하면서, 세액공제액 172,120,763원(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 124,784,343원+연구시험용시설투자에 대한 투자세액공제 9,478,743원+중소기업투자세액공제 11,607,677원+생산성향상시설에 대한 투자세액공제 26,250,000원)을 공제받고, 세액공제액 172,120,763원에서 이에 대하여 부과되는 농어촌특별세 34,424,150원을 차감하여 기업합리화적립금으로 138,132,231원(172,120,763원-34,424,150원+임의적립 435,618원)을 적립하고 1997.3.29 법인세를 신고한 사실이 법인세신고서·대차대조표·손익계산서·이익잉여금처분계산서 등에 의하여 확인된다. 그 후 외부회계감사대상법인인 청구법인은 세무조정에 의하여 세액공제액을 185,666,551원으로 재계산하고, 이 중 134,263,086원(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 124,784,343원+연구시험용시설투자에 대한 세액공제 9,478,743원)이 농어촌특별세 비과세대상임에도 과세대상으로 잘못 알아 착오를 일으킨 사실을 발견하여 위 세액공제액 185,666,551원에서 농어촌특별세 6,848,403원을 차감하여 기업합리화적립금을 178,818,148원으로 조정하였음이 법인세과세표준 및 세액조정 계산서에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 1998.3.6 주주총회의 승인의결을 거쳐 1997사업연도 이익잉여금처분시 기업합리화적립금으로 1996사업연도 미적립액 40,685,917원을 1997사업연도 적립액 70,781,566원에 가산하여 합계 111,467,483원을 적립하고, 1998.3.28 법인세를 신고한 사실이 법인세신고서·이익잉여금처분계산서등에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 1998.3.28자 1995～1996사업연도 법인세 수정신고시, 1995사업연도 법인세과세표준을 증액수정함으로써 당초 최저한세 적용으로 차기이월된 공제세액 45,985,533원(기술 및 인력개발비에 대한 세액공제 44,020,433원+연구시험용시설투자에 대한 세액공제 1,965,100원)이 1995사업연도에 전액 추가공제되어 차기이월액이 소멸되었고, 1996사업연도 법인세신고시 당초 공제세액 185,666,551원에서 1995사업연도의 이월세액 45,985,533원은 이미 1995사업연도 수정신고에 의하여 공제되었으므로, 1996사업연도 법인세수정신고에 의한 공제세액은 139,681,018원이 되어 1996사업연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금으로 132,832,615원(세액공제액 139,681,018원-농어촌특별세 6,848,403원)을 적립할 금액으로 감액하여 신고한 사실이 법인세수정신고서에 의하여 확인된다.

(4) 처분청은 청구법인이 1996사업연도에 기업합리화적립금으로 세액공제액 172,120,763원에서 농어촌특별세 6,848,403원을 차감한 165,272,360원을 적립하여야 하나, 138,132,231원만을 적립함으로써 27,140,129원을 과소적립하였다는 내용의 서면분석 검토결과를 청구법인에게 통지하였고, 1998.5.19 이 건 경정결정을 하면서 「법인세 과세표준 및 세액 경정계산서(1)」 상에 공제감면세액(코드번호 18)을 139,681,018원으로 경정결정하였음이 확인되며, 「추가납부세액계서」상의 공제감면세액에 대한 법인세 추가납부액에는 기업합리화적립금 과소적립액을 27,140,129원으로 기재하고 이에 대한 가산세를 포함한 법인세 추가납부세액을 31,591,109원으로 계산하여 이 건 과세한 사실이 위 과세자료에 의하여 확인되고 있다.

(5) 위 사실관계에서 확인된 내용에 의하여 청구법인의 1996사업연도 세액공제액 및 기업합리화적립금 내역을 정리하면 다음과 같다. 【1996사업연도 세액공제액 및 기업합리화적립금 내역】 (단위 : 원)

세액공제

내역

구분

공 제 세 액

농어촌

특별세

기업합리화적립금

전기이월분

당기분

계

기술 및 인력개발비

당초신고

44,020,433

80,763,910

124,784,343

24,956,869

세무조정

44,020,433

96,437,360

140,457,793

비과세

경정결정

0

96,437,360

96,437,360

비과세

연구시험용시설투자

당초신고

1,965,100

7,513,643

9,478,743

1,895,748

세무조정

1,965,100

9,001,643

10,966,743

비과세

경정결정

0

9,001,643

9,001,643

비과세

중소기업

투자

당초신고

11,607,677

11,607,677

2,321,533

세무조정

7,992,015

7,992,015

1,598,403

경정결정

7,992,015

7,992,015

1,598,403

생산성향상시설투자

당초신고

26,250,000

26,250,000

5,250,000

세무조정

26,250,000

26,250,000

5,250,000

경정결정

26,250,000

26,250,000

5,250,000

합 계

당초신고

45,985,533

126,135,230

172,120,763

34,424,150

138,132,231

세무조정

45,985,533

139,681,018

185,666,551

6,848,403

178,818,148

경정결정

0

139,681,018

139,681,018

6,848,403

132,832,615

라. 판단

조세감면규제법에서 규정하는 기업합리화적립금의 적립취지가 공제감면세액에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해기업의 재무구조의 개선과 건실화를 도모하기 위한 것이므로(국심 96부 1249, 1997.4.14외 다수, 같은 뜻), 내국법인이 공제감면을 받은 세액에 상당하는 금액을 당해 사업연도에 기업합리화적립금으로 부족하게 적립하였으나 그 공제감면세액에 상당하는 금액을 사외로 유출하지 않은 상태에서 그 다음 사업연도에 기업합리화적립금을 추가적립한 경우에는 당해 사업연도에 적립하지 아니하였다 하여 공제감면세액을 추징할 수는 없다고 할 것이다(국심 95서 1324, 1995.9.26외 다수, 같은 뜻). 이 건의 경우, 청구법인은 1996사업연도의 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금으로 138,132,231원, 이익준비금등 준비금으로 3,232,132,231원을 적립한 외에는 달리 이익금을 처분하지 않았고 사외유출한 금액이 없었으며, 단지 농어촌특별세 비과세대상을 과세대상으로 잘못알아 청구법인이 1997.3.29 법인세신고시 기업합리화적립금으로 과소적립한 사실을 알고 이를 바로잡기 위하여 1998.3.6 주주총회의 승인의결을 거쳐 1997사업연도 이익금처분시 기업합리화적립금으로 1996사업연도 미적립액 40,685,917원을 1997사업연도 적립액에 가산하여 추가적립한 것이 확인되고 있고, 이와 같이 이 건 기업합리화적립금을 그 다음 사업연도 이익잉여금 처분시 적립한 데에 기타 부당한 목적이 있었던 사실도 발견되지 아니한다.

더구나, 청구법인은 처분청이 1996사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정하여 통지한 1998.5.19 이전인 1998.3.28 과세표준 수정신고한 사실이 확인될 뿐만 아니라, 위 「1996사업연도 세액공제액 및 기업합리화적립금 내역」에서 본 바와 같이 청구법인의 수정신고에 의한 1996사업연도의 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 금액은 공제세액 139,681,018원에서 농어촌특별세 6,848,403원을 차감한 132,832,615원임이 확인되고, 처분청도 청구법인의 1996사업연도 기업합리화적립금으로 적립하여야 할 금액을 132,832,615원으로 경정결정한 사실이 「법인세 과세표준 및 세액 경정결의서」에 의하여 확인되므로, 청구법인은 1996사업연도의 기업합리화적립금으로 오히려 5,299,616원(138,132,231원-132,832,615원)을 과다적립한 사실이 인정된다 할 것이다. 위의 사실과 관련법령을 종합해 볼 때, 청구법인이 1996사업연도에 기업합리화적립금을 부족하게 적립하였다 하여 과소적립금액에 상당하는 공제세액을 배제한 처분은 부당하다고 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.