토지가 양도일 현재 자경한 농지로서 농어촌특별세가 비과세되는 경우인지 여부(기각)

청구인이 토지를 양도할 당시 공부상 지목은 전·답이었으나 그 지상에 건물 등이 있던 것으로 확인되어 사실상의 현황이 농지였다고는 볼 수 없으므로 처분청이 농어촌특별세를 과세한 것은 잘못이 없음

1. 처분 개요

청구인은 서울특별시 양천구 OO동 OOOOO 전 588㎡ 외 3필지의 토지(이 중 지목이 전답인 3필지를 이하 “쟁점토지”라 한다)를 아래와 같이 ’57.1.25～’78.4.24 기간중 취득하여 ’95.5.25 서울특별시에 공공용지로 양도하고 ’95.7.27 자산양도차익 예정신고를 하면서 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면세액을 300,000,000원(양도소득세 감면의 종합한도액)으로 하고 785,178,430원을 납부하였다.

※ 쟁점토지의 취득·양도관계

쟁? 점? 토? 지

지목

면적

(㎡)

취득일

양???? 도

양도일

매수인

서울시 양천구 OO동

OOOOO

OOO

OOO

OOOOO

전

전

답

대

588

1,411

1,805

664

’65. 3. 2

’78. 4.24

’57. 1.25

’57. 1.25

’95. 5.25

’95. 5.25

’95. 5.25

’95. 5.25

서울시

서울시

서울시

서울시

〃

〃

〃

〃

〃

〃

4,468

처분청은조세감면규제법 제63조의 규정에 의거 양도소득세 산출세액중 300,000,000원을 감면하고 쟁점토지의 경우 양도일 현재 청구인이 감면받은 양도소득세 300,000,000원에 대해농어촌특별세법 제3조제1호의 규정을 적용하여 ’97.9.15 청구인에게 ’95년 귀속분 농어촌특별세 66,000,000원을 부과처분하였다.청구인은 이에 불복하여 ’97.11.14 심사청구를 거쳐 ’98.3.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장쟁점토지는 청구인이 8년이상 자경하다가 공공용지로 양도한 토지이므로 쟁점토지에 대하여는 농어촌특별세를 비과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견쟁점토지는 ’94.11.5 자연녹지지역에서 일반주거지역으로 편입되었고, 처분청의 조사내용에 의하면 양도일 현재 그 지상에 무허가건물이 있었던 것으로 확인되어 쟁점토지의 경우 양도일 현재 농지로 볼 수 없을 뿐만 아니라 8년이상 자경한 사실에 대한 입증이 없으므로 처분청이 이 건 농어촌특별세를 과세한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 양도일 현재 자경한 농지로서 농어촌특별세가 비과세되는 경우인지 여부

나. 관련법령

쟁점토지 양도 당시 시행되던조세감면규제법 제55조제1항에서 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고,같은법 시행령 제54조제1항 본문에서 「법 제55조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·직할시 또는 시에 있는 농지중 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 1년이 지난 농지

2. 환지처분 이전에 농지외의 토지로의 환지예정지의 지정이 있는 경우의 그 환지예정지 지정일부터 1년이 지난 농지」라고 규정하고 있으며, 같은조 제5항 본문에서 「제1항의 규정을 적용받는 농지는소득세법 시행령 제53조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.」고 규정하고 있다. 또한같은법 제63조제1항에서 「다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.」고 규정하고, 그 제1호에서 「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득」이라고 규정하고 있다.

한편,농어촌특별세법 제3조제1호에서 「제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 또는 등록세의 감면을 받는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.」고 규정하고 있고,같은법 제4조제2호에서 「농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.」고 규정하고 있으며,같은법 시행령 제4조제1항에서 「법 제4조 제2호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.」고 규정하고, 그 제1호에서 「조세감면규제법 제52조·제53조·제55조·제56조·제59조 제1항 제1호 및 제2호·제63조[조세감면규제법 제55조제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상이 되는 토지에 한한다]·제70조·제72조·제75조·제96조·제97조 및 제112조 제1항 제2호의 규정에 의한 감면」이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지는 청구인이 ’57.1.25～’78.4.24 기간중 취득하여 경작목적 등으로 보유하고 있던중 ’92.12.29 쟁점토지지역이 택지개발 예정지구로 지정고시(건설부 고시 제729호)됨에 따라 서울특별시가 쟁점토지를 공공사업용지로 사용하기 위해 ’94.6.29 수용협의 계약을 체결한 후 ’95.5.25 청구인으로부터 소유권을 이전받은 사실이 쟁점토지의 등기부등본 등 관련서류에 의해 알 수 있다.

(2) 처분청이 쟁점토지를 양도일(’95.5.25) 현재 농지로 보지 아니한 근거를 보면, 택지개발사업시행과 관련하여 쟁점토지중 OO동 OOOOO의 토지는 ’94.5월 현재 그 지상에 청구외 OOO 소유의 사무실, 작업장, 담장 등이 있어 서울특별시 도시개발공사에서 1,984,200원을 보상한 사실이 있고, OO동 OOO의 토지 경우도 그 지상에 사무실, 창고, 화장실, 담장 등이 있어 청구외 OOO에게 1,904,400원을 보상한 사실이 있으며, OO동 OOO의 토지는 서울특별시에서 지하철도 소유목적으로 ’97.10.7 동 토지에 지상권을 설정한 사실이 있어 쟁점토지를 농지로 인정하지 아니하였음이 처분청이 과세근거로 제시한 위 서울특별시 도시개발공사에서 ’94.5.19 작성한 손실보상액 명세서와 쟁점토지 등기부등본 등에 의해 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 8년이상 자경하였다는 주장만 할 뿐 ’95.5.25 양도일 현재 쟁점토지가 농지였다는 구체적인 입증을 하지 못하고 있으며, 쟁점토지지역이 ’92.12.29 택지개발 예정지구로 지정 고시되고 ’94.11.5 도시계획상 용도지역이 자연녹지지역에서 주거지역으로 변동(서울특별시 고시 제1994-365호)된 사실과 위에서 본 바와 같이 쟁점토지의 지상에 건물 등이 있었고 지하철도 소유와 관련된 지상권이 설정된 사실 등으로 미루어 보면 청구인이 쟁점토지를 서울특별시에 양도할 당시의 현황은 농지가 아니었다고 판단된다.위 사실을 종합하여 보면, 청구인이 쟁점토지를 양도할 당시 공부상 지목은 전·답이었으나 그 지상에 건물 등이 있던 것으로 확인되어 사실상의 현황이 농지였다고는 볼 수 없으므로 처분청이 이 건 농어촌특별세를 과세한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.