납부할 세액을 초과하여 재고매입세액을 공제할수 있는지(기각)

간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우 신고한 재고매입세액중 과세유형전환후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하는 재고매입세액은 없는 것으로 보아 환급하지 않음은 정당함

1. 처분개요

청구인은 1999.4.1 간이과세자에서 일반과세자로 전환시 재고품 및 감가상각자산에 대한 재고매입세액을 50,149,009원으로 신고하였고, 처분청은 청구인의 위 재고매입세액 신고액 중 1999년 1기분 납부할 세액에서 1,545,365원, 1999년 2기분 납부할 세액에서 2,263,784원 합계 3,809,149원을 공제하고, 청구인의 재고매입세액을 초과하는 나머지 46,339,857원에 대하여는 공제를 배제하였다.청구인은 2001.1.4 위 재고매입세액 미공제분 46,339,857원을 전액 환급하여 줄 것을 요청하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2001.6.5 청구인의 환급청구를 거부하였다.청구인은 이에 불복하여 2001.9.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우 재고매입세액을 전액 공제하지 아니하고, 과세유형 전환일로부터 6월내 납부할 세액이 있는 경우에만 공제함은 지나치게 국고주의적인 것으로 이 건 청구인의 납부세액을 초과하는 재고매입세액 46,339,857원은 전액 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

부가가치세법시행령 제63조의 3의 규정에 의하면, 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날로부터 6월이 되는 날까지의 기간에 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제하는 것이며, 납부할 세액을 초과하는 매입세액은 없는 것으로 보도록 규정되어 있으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우 전환 후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구 부가가치세법(1999.12.28 법률 제6049호로 개정되기 이전의 것) 제17조의 3【재고매입세액공제】

① 제25조의 규정에 의한 간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 당해 변경 당시의 재고품 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.같은법 시행령 제63조의 3【일반과세자로 변경되는 때의 세액계산특례】

⑦ 제4항의 규정에 의하여 결정된 재고매입세액은 일반과세자로 변경된 날부터 6월이 되는 날까지의 기간이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간(6월이 되는 날이 예정신고기간에 속하는 경우에는 예정신고기간으로 한다)의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다. 이 경우 납부할 세액에서 공제되지 아니하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1997.3.26 부동산 임대업 일반과세자로 등록하고 1997년 1기~1997년 2기 기간중 78,356,000원을 환급받고, 최초 임대사업 개시일이 속하는 1998년 1기 부가가치세 과세표준을 29,922,374원으로 신고하였다.동 과세표준에 의하면 청구인은 1999.1.1기준으로 간이과세자로 전환되게 되므로 일반과세자로 계속 존속하려면 간이과세포기신고를 하였어야 하나 청구인은 이를 하지 않았고, 처분청은 1999.1.1기준으로 청구인을 간이과세자로 전환시키고 1999.6.31 납기로 청구인에게 재고납부세액 50,149,000원을 부과하였다.청구인은 1999.3.15 처분청에 간이과세 포기신고서를 제출하고 1999.4.1 다시 일반과세자로 전환되었으며, 일반과세자로 전환시 재고품 및 감가상각자산에 대한 재고매입세액을 50,149,009원으로 신고하였다.처분청은 청구인의 위 재고매입세액 신고액 50,149,009원중 1999년 1기분 납부할 세액에서 1,545,365원, 1999년 2기분 납부할 세액에서 2,263,784원 합계 3,809,149원을 공제하고, 청구인의 납부세액을 초과하는 나머지 46,339,857원에 대하여는 공제를 배제하였다.청구인은 2001.1.4 위 재고매입세액 미공제분 46,339,857원을 환급세액으로 경정청구를 하였고, 처분청은 2001.6.5 청구인의 환급청구를 거부하였다.

(2) 위 재고매입세액 공제 관련규정은 종전까지 부가가치세를 면세하여 왔던 농·임·수·축협 및 공무원연금관리공단의 소매사업에 대하여 사경제부문과의 경합등으로 1994.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하면서 당해 면세사업과 관련된 재고재화에 대하여서도 부가가치세를 기부담한 부분만큼 공제하여 주겠다는 정책목적에서 제정된 것이나 과세전환 후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제해 주고 이를 초과한 재고품 매입세액은 공제하여 주지 않겠다는 것이 위 법령의 취지로 해석된다(재정경제부 예규 소비 46015-35, 1995.2.7 같은 뜻).또한, 재고매입세액을 전부 환급하지 아니하고 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하도록 함으로써 부가가치세 중복부담의 문제가 전혀 없는 것은 아니나, 위 관련법령의 규정이 정책목적상 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하도록 그 공제범위를 한정한 것이므로 공제범위를 초과하는 재고매입세액을 과세관청이 납세자에게 환급하여야 하는 것은 아니라고 판단된다(대법96누4623, 1997.1.21 같은 뜻).

(3) 따라서, 이 건 처분청이 청구인의 과세유형 전환후 6월간의 납부할 세액을 초과하여 공제되지 아니한 재고매입세액을 환급하지 아니한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

그러므로 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.