㉮ 법인이 2년이상 계속하여 업무용으로 직접사용한 토지 등으로서 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도한 경우 특별부가세 면제신청을 아니하였더라도 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부㉯ 특별부가세 가산세 부가처분의 당부㉰ 방위세 부과처분의 당부(기각)

특별부가세 면제신청을 아니함으로써 특별부가세가 과세되었으므로 “특별부가세가 전액면제되는 양도만이 있는 경우”에 해당되지 아니하며, 방위세 결정고지도 방위세법의 규정에 비추어 볼 때 달리 잘못이 없으므로 청구주장 이유없음.

1. 처분개요

청구법인이 74.5.1 취득하여 직업훈련생 실습장으로 사용하던 경기도 과천시 OO동 OOOOO 전 653㎡(이하 “과천소재 부동산”이라 한다)는 공공용지취득 및 손실보상에 관한 특례법의 규정에 의거 90.8.2 과천시에 수용되었고, 그리고 78.8.23 취득하여 교직원 관사로 사용하던 대전직할시 OO동 OOOOO 대지 425㎡ 및 지상건물 162㎡(이하 “대전소재 부동산”이라 한다)를 90.10.8 양도하고 그 양도대금으로 교직원아파트를 취득하였으나, 특별부가세 과세표준 및 특별부가세 감면신청한 사실이 없다.처분청은 과천소재 부동산의 양도에 대한 특별부가세는 당연 면제대상으로 보아 면제하였으나 특별부가세 무신고가산세 및 방위세는 과세하였고, 대전소재 부동산의 양도에 대하여는 특별부가세, 특별부가세무신고 및 무납부가산세와 방위세를 과세하여, 93.2.1 청구인에게 90년도 과세기간분 특별부가세 30,872,870원 및 동 특별부가세 가산세 17,906,524원, 90년도 과세기간분 방위세 13,233,812원을 결정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 93.3.2 심사청구를 거쳐 93.5.12 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인의 주장

(1) 대전소재 부동산의 경우,조감법 제67조의13제1항에 의하여 특별부가세 면제대상인데도 면제신청을 아니하였다는 이유로 특별부가세를 부과한 것은 과천소재 부동산의 경우와 비교할 때 형평에 어긋나고,

(2) 국세청예규 법인22601-3427(86.11.22)에 의하면 신고하지 아니한 특별부가세가 비과세되거나 전액면제되는 양도소득만이 있는 경우에는 무신고가산세를 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 이 건 부동산양도의 경우 특별부가세 감면신청을 하였다면 전액면제되는 경우이므로 이 건 무신고·무납부가산세는 부당한 과세이며,

(3) 방위세도 특별부가세 면제신청을 아니하였다는 이유로 과세되었으나 이 또한 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

(1) 대전소재 부동산의 경우조감법 제67조의13제1항의 규정에 의하여 특별부가세 면제대상에 해당되나, 그 제4항에서 “제1항의 규정은 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하였으므로 감면신청을 아니한 이 건 부동산의 양도소득에 대하여 감면배제한 것은 잘못이 없고,

(2) 청구법인은 대전소재 부동산 양도에 대하여 특별부가세 면제신청을 아니함으로써 특별부가세가 과세되었으므로 “특별부가세가 전액면제되는 양도만이 있는 경우”에 해당되지 아니하며,

(3) 방위세 결정고지도 방위세법의 규정에 비추어 볼 때 달리 잘못이 없으므로 청구주장 이유없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 건의 다툼은㉮ 법인이 2년이상 계속하여 업무용으로 직접사용한 토지 등으로서 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도한 경우 특별부가세 면제신청을 아니하였더라도 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부㉯ 특별부가세 가산세 부가처분의 당부㉰ 방위세 부과처분의 당부를 가리는 데 있다.

가. 쟁점

㉮에 대하여 본다.

(1) 관련법령㉮조세감면규제법 제67조의13제1항(91.12.27 개정전)에서 「법인이 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용(목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지 등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다」고 규정하고 있고, 그 제4항에서는 「제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다」고 규정하고 있어㉯ 이는 면제신청을 특별부가세 면제요건에 해당되는지 여부를 확인하기 위한 협력의무로써 단순히 훈시적으로 규정하고 있는 것이 아니라 특별부가세 면제의 요건으로 정하고 있는 것이므로, 적법한 면제신청을 하지 않은 경우에는 법에서 정하고 있는 면제소득이라 하더라도 특별부가세를 면제받을 수 없다는 것이 당 심판소의 확립된 견해이다(국심 87전579, 87.6.13, 국심 90서761, 90.7.25외 다수; 같은 뜻임).

(2) 청구법인이 대전소재 부동산을 양도하고 위 법령규정에 의거 특별부가세 면제신청을 하지 아니하였으므로 면제규정의 적용을 배제한 처분청의 당초 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

나. 쟁점㉯에 대하여 본다.

(1) 관련법령㉮법인세법 제26조제1항, 제31조 제1항, 제41조 제1항, 제59조의5의 규정을 종합하여 보면, 특별부가세는 다른 법인세와 합산하여 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일이내에 과세표준과 세액을 신고납부하여야하고, 위 기일내에 신고납부하지 아니하면 무신고·무납부가산세를 부과하여야 한다고 규정하고 있고,㉯같은법 시행규칙 제58조제3항에서 이법 또는 다른 법률에 의하여 법인세(특별부가세를 포함한다)가 비과세되거나, 전액 면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여는 무신고가산세와 무납부가산세 규정을 적용하지 아니하는 것으로 한다고 규정하고 있다(같은 뜻: 국세청예규 법인 22601-3427, 86.11.22).

(2) 이 건의 경우 과천소재 부동산의 양도소득은 면제되는 소득이나 대전소재 부동산의 양도소득은 면제신청을 하지 않아 면제되는 소득이 아니어서 위 법령규정을 적용할 여지가 없으므로 이부분 청구주장 이유없다.

다. 쟁점㉰에 대하여 본다.방위세법 제2조·제3조 및 제4조의 규정에 의하면 법인세법의 규정에 의한 법인세 납세의무자는 방위세 납세의무가 있고 조세감면규제법에 의하여 법인세가 부과되지 아니하거나 그 감면을 받는자도 납세의무가 있으며, 청구법인의 경우에는 비과세대상에도 해당되지 아니하므로 이부분 청구주장 역시 이유없다.

따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 모두 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.