법인세조사시 적출된 매출누락금액을 과세처분전에 회수하여 법인명의 보통예금에 입금하고 수입금액으로 계상한후 과세처분후에 익금에 산입하여 수정신고한 경우 그 익금에 산입한 금액을 사내유보로 처분 할 수 있는지(경정)

조사에 착수하여 조사진행중에 적출된 쟁점매출누락금액을 갑법인이 인지하여 과세 및 소득금액변동통지전에 회수하여 법인자산으로 운용하고 있는 사실이 금융증빙 및 장부에 의해 확인되고 있어 수정신고는 소득금액변동통지후에 이루어졌다 하더라도 사외 유출된 것으로 볼 수 없으므로 소득처분은 사내유보로 처분하는 것이 타당

1. 사실처분청은 청구법인에 대한 1997.1.1～12.31 사업연도 (이하“1997 사업연도”라 한다)의 법인세조사결과 청구외 OO통신 남궁OO으로부터 도급받은 통신공사 수입누락금액 415,450,985원(이하 “쟁점매출누락금액”이라 한다)을 적출하여 익금에 산입하고 대표이사에게 상여처분 하여 1999.7.9 소득금액변동통지를 하였다가 2000.4.10. 갑종근로소득세 223,210,670원을 결정고지하였다.청구법인은 쟁점매출누락금액 415,450,985원과 이자 72,618,382원 합계 488,069,367원을 1999.6.21 대표자로부터 회수하여 장부에 기장하고 1999.7.14 법인세과세표준 및 세액에 대한 수정신고를 한 후, 1999.7.27 이의신청과 1999.11.12 심사청구를 거쳐 2000.4.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 도급업체인 청구외 OO통신(남궁OO)이 부도발생으로 폐업하여 부가가치세 상당액을 지급 받지 못하였고, 또한 공사내용상으로 많은 손실이 발생하는 등 자금사정 악화로 쟁점매출누락금액을 1997 사업연도 장부상 수입금액으로 기장하지 못하였으나 1999.6.21 대표자로부터 인정이자를 포함한 488,068,382원을 회수하여 법인명의의 보통예금에 입금하고 수입금액으로 계상한 후 1999.7.14 1997 사업연도와 1998 사업연도의 법인세과세표준 및 세액을 수정신고 납부하였고,또한, 동 공사수입금에 해당하는 원가는 처음부터 장부에 기장 하였는바 이는 공사수입금을 처음부터 누락할 의사가 없었음을 반증하는 것 (공사수입금액을 누락할 의사가 있었으면 관련원가를 처음부터 반영하지 않았을 것임)이며, 현재 쟁점매출누락액과 약정이자 상당액을 법인 스스로 회수하여 자산 등으로 운용하고 있어 쟁점매출누락금액이 사내에 유보되어 있음이 명백하므로 그 실질내용과 법인의 의사를 존중하여 상여가 아닌 유보로 소득처분 하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 법인세과세표준 및 세액이 1999.7.9 청구법인에게 고지된 후인 1999.7.14 법인세과세표준 및 세액의 수정신고서를 제출하여 수정신고 할 수 있는 기한이 경과된 경우로서 수정신고의 효력이 없다 할 것이므로 수정신고한 내용에 따라 유보로 소득처분 하여야 한다는 청구주장은 인정할 수 없고설사 수정신고를 정당한 것으로 인정한다 하더라도 납세지 관할 세무서장등이 내국법인의 각 사업년도 소득에 대한 법인세과세표준 및 세액을 실지조사 하는 과정에서 적출한 매출누락 금액·가공경비등 부당하게 사외로 유출된 금액은 세무서장의 경정통지가 있기 전에 당해 법인이 동금액을 회수하고 세무조정으로 익금산입하여 수정신고서를 제출한 경우에도 귀속자에게 소득처분하는 것으로 해석되므로 쟁점매출누락액을 상여로 처분하여 소득금액 변동통지한 당초처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단가. 쟁점법인세조사시 적출된 매출누락금액을 과세처분전에 회수하여 법인명의 보통예금에 입금하고 수입금액으로 계상한후 과세처분후에 익금에 산입하여 수정신고한 경우 그 익금에 산입한 금액을 사내유보로 처분 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 법인세법(1997.12.13 법률 제5418호로 개정되기 전의 것)제32조【결정과 경정】

② 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

⑤ 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다

(2) 법인세법시행령(1997.12.31 대통령령 제15564호로개정되기 전의 것)제94조의 2【소득처분】

① 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다(94.12.31. 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타 사외유출로 한다. 다만 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다

(3) 국세기본법 (1997.12.13 법률 제5454호로 개정되기 전의 것)제45조【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때다. 사실관계 및 판단청구법인은 쟁점매출누락금액을 과세처분전에 스스로 회수하여 법인명의 예금통장에 입금하고 수입금액으로 계상한후 익금에 산입하여 수정신고 하였으므로 상여처분이 아닌 사내유보로 처분하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 처분청은 1999.5.17～1999.5.28 기간중 청구법인에 대한 법인세조사를 실시하여 청구외 OO통신 남궁OO에게 도급받은 공사수입금액 415,450,985원을 매출누락한 사실등을 적출하여 익금산입하여 1999.7.9 법인세 175,555,190원과 부가가치세 64,417,160원을 고지하고 쟁점매출누락금액은 대표자상여로 소득금액변동통지하고 2000.4.10 갑종근로소득세 223,210,670원을 고지한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점매출누락금액 415,450,000원과 동금액에 대한 인정이자상당액 72,550,000원 합계 488,000,000원을 처분청이 1999.7.9 과세 및 소득금액변동통지 하기전인 1999.6.21 회수하여 법인명의의 보통예금계좌(OOOOO OOO지점 OOOOOOOOOOOOO)에 입금하고 동일자로 공사수입금에 377,681,818원 부가가치세 예수금에 37,768,182원과 이자수익에 72,618,382원을 계상하여 1999.7.14 공사수입금은 1997사업연도 익금에 산입하고 이자수익은 1998 사업년도 익금에 산입하여 수정신고 및 납부를 하였음이 청구법인이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 전시법인세법시행령 제94조의2“소득처분” 규정에서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출한 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여등으로 소득처분을 하도록 규정하고 있고국세기본법 제45조“수정신고” 규정에서 과세표준을 법정신고 기한내에 신고한 자는 각 세법규정에 의한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있으며, 또한 법인세법 기본통칙4-4-17의2....32 에서는 사외유출된 금액이 신고기한(수정신고포함) 이내에 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고한 경우에는 소득처분을 사내유보로 처분한다고 규정하고 있다.

(4) 이 건의 경우 청구법인이 쟁점매출누락금액을 처분청이 과세처분(소득금액변동통지 포함)한 1999.7.9 이전인 1999.6.21 회수하고 과세처분일 이후인 1999.7.14 수정신고를 하였는바 소득의 처분은 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되었는지 여부에 따라 판단하여야 할 것으로 처분청이 조사에 착수하여 조사진행중에 적출된 쟁점매출누락금액을 청구법인이 인지하여 과세 및 소득금액변동통지전에 회수하여 법인자산으로 운용하고 있는 사실이 금융증빙 및 청구법인의 장부에 의해 확인되고 있어 비록 수정신고는 소득금액변동통지후에 이루어졌다 하더라도 사외 유출된 것으로 볼 수 없으므로 그 소득처분은 사내유보로 처분하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.