매입세액이 매출세액에서 공제되지 않는 등록전 매입세액에 해당되는지의 여부(기각)

청구인이 부가가치세의 면세사업자 등록신청을 하여 면세사업자용이라고 기재된 사업자등록증을 교부 받았다고 하더라도 이는 소득세법상의 사업자등록을 한 것으로 볼 수 있을 뿐 부가가치세법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없다 할 것이므로 매입세액을 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의한 사업자등록전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 이를 매출세액에서 공제하지 않은 처분청의 당초 처분은 정당함

1. 원처분 개요청구인은 96.7.24 면세사업자(업태 : 부동산, 주택임대)로 사업자등록을 하고, 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO 대지 708.6㎡에 연립주택 13세대 연면적 2,032.57㎡(국민주택 8세대 823.37㎡, 국민주택규모 이상주택 5세대 1,209.2㎡)를 신축하던 중, 시공업자인 서울특별시 OO구 OO동 OOOOO OO개발주식회사 대표이사 OOO으로부터 면세사업자 등록번호로 아래와 같이 세금계산서를 교부 받았다.

거래일자

공급가액(원)

매입세액(원)

97.4.16

299,970,909

29,997,090

97.5.2

136,343,637

13,634,363

97.6.2

309,139,999

30,914,000

계

745,454,545

74,545,453

청구인은 위 매입세액을 면세사업(국민주택규모 임대예상 면적)과 과세사업(국민주택규모 이상 분양예상 면적)으로 안분계산하여 97.7.25 과세사업에 해당되는 매입세액 44,347,975원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)에 대하여 부가가치세 환급신고를 하였다.처분청은 위 매입세액에 대하여 매출세액에서 공제할 수 없는 과세사업 등록전 매입세액으로 보아 97.9.8 청구인에게 97.1기 부가가치세 48,782,742원을 경정고지 하였다.청구인은 이에 불복하여 97.10.22 심사청구를 거쳐 98.2.9 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장당초 연립주택을 신축하여 주택임대사업을 영위할 목적으로 면세사업자로 사업자등록을 하였으나 자금사정이 어려워 신축연립주택중 국민주택규모 이상 연립주택을 분양하기로 사업계획을 변경하고, 이에 따라 건물신축중 발생한 매입세액을 과세사업과 면세사업으로 안분하여 계산한 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 환급신고한 것이므로 쟁점매입세액은 실질과세원칙에 따라 매출세액에서 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견면세사업자로 등록한 사업자가 과세사업을 영위하고자 하는 경우에는 과세사업자 등록을 하여야 하므로 청구인이 과세사업자로 등록하기 전에 교부 받은 세금계산서상의 쟁점매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세액이 매출세액에서 공제되지 않는 등록전 매입세액에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제5조제1항에서 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다고 규정하고 있고,같은법 제17조제2항 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인은 주택임대업을 영위하고자 면세사업자로 사업자등록증을 교부 받고 연립주택 13세대를 신축중 공사시공자로부터 면세사업자 등록번호로 세금계산서를 교부 받았으며 이와 같은 사실에는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.청구인은 97.1기 부가가치세 확정신고시 거래상대방으로부터 교부 받은 세금계산서의 총매입세액을 공통매입세액으로 하여 신축 연립주택중 국민주택규모 이상의 주택 5세대를 분양하고 나머지 주택 8세대는 임대하는 것으로 안분계산하여 산정한 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.처분청은 쟁점매입세액에 대하여 과세사업자로 등록하기전 매입세액이라 하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액으로 보아 부가가치세를 경정결정하였고, 청구인은 이에 대하여 실질과세원칙에 의거 과세사업과 관련하여 발생된 매입세액이므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다는 주장인 바,위 법령에서 본 바와 같이 부가가치세의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 청구인이 부가가치세의 면세사업자 등록신청을 하여 면세사업자용이라고 기재된 사업자등록증을 교부 받았다고 하더라도 이는 소득세법상의 사업자등록을 한 것으로 볼 수 있을 뿐부가가치세법 제5조제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없다 할 것이므로 쟁점매입세액을부가가치세법 제17조제2항의 규정에 의한 사업자등록전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 이를 매출세액에서 공제하지 않은 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.