고정자산의 처분으로 인한 수입으로 보아 법인세 과세한 처분의 당부(기각)

청구법인의 금전출납부에 수익용 기본재산 과목으로 쟁점토지에 대한 보상금 관계를 기장하고 있음이 처분청의 관련기록에 의해 확인되므로 청구법인의 수익사업용 기본재산으로 판단된다는 의견임.

1. 원처분 개요 청구법인은 학교법인 OO학원으로 65.4.1 수익사업용자산으로 출연받은 서울 중랑구 OO동 OOOOO외 1필지 전 2,212㎡와 동 지상의 과수 114주가 91.12.31 서울시에 의해 수용되고 1,147,520,000원의 토지수용보상금을 받은데 대하여 처분청은 위 출연받은 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업인 교육사업에 2년이상 사용된 사실이 없고 수익사업용 기본재산에 해당하므로 법인세법시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 93.7.16 청구법인에게 91.3.1～92.2.29 사업년도 법인세 448,418,620원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.9.13 심사청구를 거쳐 94.1.8 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 쟁점토지는 형식상 학교법인의 수익용재산으로 등재되어 있으나 이는 사실상 교육용 기본재산으로서 수익이 발생한 사실이 없어 수익사업에 대한 법인세를 신고하지 아니하였고, 73.9.21부터 군사시설보호구역으로 지정되므로써 학교고유목적사업인 체육시설로 사용하고 싶어도 허가를 받을 수 없어 부득이 학생들의 원예시설로 사용하여 왔으므로 쟁점토지는 고유목적사업의 기본재산에 해당되므로 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견 이 건의 다툼은 자연녹지지역인 쟁점토지를 고정자산의 처분으로 인한 수입으로 볼 것인지의 여부를 가리는 것으로 쟁점토지는 자연녹지지역으로 고시되어 있어도 교육연구시설·운동시설은 설치가 가능한 것으로서 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한받는 토지로 볼 수 없다 할 것이고 65.4.1 청구외 OOO가 쟁점토지를 수익사업용 기본재산으로 출연한 사실이 청구법인이 처분청에 제출한 출연재산명세서에 근거하여 작성된 공익법인관리부와 청구법인의 금전출납부에 수익용 기본재산 과목으로 쟁점토지에 대한 보상금 관계를 기장하고 있음이 처분청의 관련기록에 의해 확인되므로 청구법인의 수익사업용 기본재산으로 판단된다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 쟁점토지가 2년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용되었는지를 가리는데 있다.

나. 관계법령 및 사실관계를 본다.

(1) 법인세법 제1조 (납세의무) 제1항 제6호에 “국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리 내국법인”이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다”라고 규정하고 있고, 대통령령이 정하는 것을 같은 법 시행령 제2조 제2항에 “부동산의 양도일 현재 2년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법 제1조 제1항 제1호, 제2호 및 제7호의 규정에 의한 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 부동산을 말한다”라고 규정하고 있으며, 사립학교법 제28조 제1항 및 제2항과 동 법 시행령 제12조 제1항을 모아보면, 매도, 증여, 교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받도록 되어 있고, 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산중 교지, 교사, 체육장, 실습 또는 연구시설, 기타교육에 직접 사용되는 시설 등은 처분할 수 없도록 규정되어 있다.

(2) 청구법인의 사실관계를 살펴보면 쟁점토지는 65.4.1 청구외 OOO가 쟁점토지를 수익사업용 기본재산으로 출연한 사실이 확인되고, 청구법인이 91.5.14 처분청에 제출한 출연재산명세서에 근거하여 작성된 공익법인 관리부와 쟁점토지에 대한 보상금 관계를 기장하고 있는 금전출납부에 쟁점토지가 수익사업용 기본재산으로 기록되어 있다. 청구법인은 쟁점토지가 교육사업용 기본재산으로 사용되었다고 주장하므로 사립학교법에 의하여 관할교육청에 보고·관리되어온 관련 공문서를 항변자료로 제시토록 당심이 요구하였으나 구체적인 자료의 제시가 없으며, 위 사립학교법 관련규정을 보더라도 교육사업용 기본재산은 학교이전 등의 경우를 제외하고는 원칙적으로 처분이 제한되어 있고 또한 청구법인은 85년부터 쟁점토지를 학생들의 원예시설 실습장으로 사용하였다고 주장하면서 학생들의 국화재배 및 전시회 사진, 학습일지 등을 제시하고 있으나, 이와같은 증빙만으로는 쟁점토지가 직접 학생들의 원예실습장으로 사용되었다고 보기에는 미흡하다 할 것이므로 청구법인의 쟁점토지는 법인세법 제1조 제1항 제6호에서 규정하고 있는 법인세 과세대상인 수익사업용 기본재산에 해당되는 것으로 판단된다.

(3) 따라서 쟁점토지의 토지수용보상금을 고정자산의 처분으로 인한 수입으로 보아 이 건 법인세를 과세한 당초처분은 정당한 것이므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.