자산양도차익 계산시 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 초과하는지 여부를 가리는 경우, 토지와 건물의 양도차익을 합하고 토지와 건물의 실지양도가액을 합하여 서로 비교함으로써 일괄로 가리는 것인지, 자산별로 각각 비교하여(토지는 토지의 기준시가에 의한 양도차익과 실지양도가액끼리 비교하고, 건물은 건물의 기준시가에 의한 양도차익과 실지양도가액끼리 비교하여) 각각 가리는 것인지 여부(경정)

기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우 실지양도가액을 양도차익으로 하는 바, 토지와 건물로 나누어 각각 그 양도차익을 구분하여 계산함

1. 원처분 개요청구인은 ’66.12.30 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 대지 210.9㎡와 같은 동 OOOOOO 대지 421.9㎡ 합계 632.8㎡(이하 “전체토지”라 한다)를 취득하여 전체토지 중 같은 동 OOOOOO대지 421.9㎡는 ’76.12.11 청구외 OOO 외 4인에게 증여한 한편, ’86.3.24 전체토지(632.8㎡) 지상에 청구인 소유의 건물 2,067.76㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하였다. 청구인과 청구외 OOO 외4인은 전체토지와 쟁점건물을 ’94.12.16 청구외 주식회사OO에 2,500,000,000원에 양도하였고, 한편 청구인은 ’95.2.2 자산양도차익예정신고납부를 함에 있어 위 전체토지 중 청구인 소유분 토지(OO동 OOOOO 대지 210.9㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)와 쟁점건물의 양도에 대하여 실지거래가액(양도가액 1,166,561,315원, 취득가액 259,803,921원)으로 자산양도차익을 계산하고 양도소득세 299,757,950원을 자진신고납부하였다.

처분청은 전체토지와 쟁점건물(이하 “전체부동산”이라 한다)의 총 양도가액 2,500,000,000원을 실지거래가액으로 인정하였으나, 신고한 양도가액이 토지와 건물로 구분되지 아니하는 것으로 보아 토지와 건물의 기준시가 비율에 따라 안분한 가액(토지 2,219,413,517원, 건물 280,586,483원)을 각각 전체토지 및 쟁점건물의 실지양도가액으로 한 후, 이를 다시 각 소유자별 토지 및 건물의 기준시가 비율로 안분하여 청구인의 양도분인 쟁점토지와 쟁점건물의 실지양도가액(쟁점토지 739,697,595원, 건물 280,586,483원)을 계산하였으며, 한편 쟁점토지 및 쟁점건물의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도 및 취득가액을 기준시가로 하여 양도차익을 계산한 후, 기준시가에 의한 양도차익합계액(1,409,115,248원, 토지 1,186,210,720원, 건물 222,904,528원)이 실지양도가액합계액(1,020,274,078원)을 초과한다 하여, 위 기준시가에 의한 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도차익(1,020,274,078원)을 실지양도가액 합계액(1,020,274,078원)에 상당하는 금액만을 양도차익으로 결정하고 ’95.12.16청구인에게 ’94년도 귀속분 양도소득세 55,394,348원을 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’96.2.13 심사청구를 하고 ’96.3.24 심사결정서를 받은 후 ’96.5.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장청구인은 ’94.12.16 청구외 OOO 외4인과 공동으로 청구외 (주)OO에 전체부동산을 양도한 후 ’95.2.2 자산양도차익예정신고납부를 함에 있어 쟁점토지에 대하여는 그 양도 및 취득가액을 실지거래가액으로 하였고, 쟁점건물에 대하여는 양도가액의 경우 실지거래가액으로 하고, 그 취득가액의 경우는 실지양도가액을 과세시가표준액으로 환산한 가액으로 하여 자산양도차익 예정신고를 하였다. 처분청은 전체부동산의 실지양도가액을 2,500,000,000원으로 인정하면서도 토지 및 건물의 양도가액이 구분되지 아니하는 경우로 보아 각 자산별 기준시가비율에 의하여 안분한 가액을 쟁점토지 및 쟁점건물의 실지양도가액으로 하였고, 한편 취득가액이 확인되지 아니한다는 이유로 양도 및 취득가액을 모두 기준시가로 하여 양도차익을 계산, 과세함에 있어 기준시가에 의한 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도차익 합계액이 실지양도가액합계액을 초과한다는 이유로 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도차익을 실지양도가액합계액에 상당하는 금액으로 하여 양도소득세를 부과하였다. 그러나 소득세법 규정에 의하면 토지 건물의 양도차익은 각각 구분하여 계산하게 되어 있는 바, 쟁점토지와 쟁점건물로 구분하여 각각 기준시가에 의한 양도차익이 실지거래가액을 초과하는지 여부를 가리어 초과하는 경우만 실지거래가액에 상당하는 금액으로 하고 그렇지 아니한 경우는 기준시가에 의하여 계산한 금액을 양도차익으로 하여야 할 것으로서, 쟁점토지의 경우는 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액보다 크므로 기준시가에 의한 양도차익을 실지양도가액에 상당하는 금액으로 결정한데 대하여 다툼이 없다.

그러나 쟁점건물의 경우는 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액보다 적으므로 기준시가에 의하여 계산한 금액을 양도차익으로 하여야 함에도, 이와 달리 토지와 건물의 합계액으로 비교한 결과 기준시가에 의한 양도차익합계액이 실지양도가액합계액을 초과한다는 이유로 실지양도가액합계액에 상당하는 금액을 양도차익으로 함으로써, 쟁점건물의 경우 기준시가에 의한 양도차익보다도 큰 금액인 실지양도가액 상당액을 양도차익으로 결정하였음은 부당하므로, 쟁점건물의 경우는 그 양도 및 취득가액을 모두 기준시가(과세시가표준액)로 하여 계산한 금액을 양도차익으로 결정하고 본 건 과세처분을 경정하여야 한다.

나. 국세청장 의견처분청은 쟁점건물이 ’86년에 신축된 건물로서 양도계약서상에 구분 표시된 건물가액이 공신력 있는 감정기관에 의하여 평가된 금액도 아니고 청구인이 기장하던 장부에 의하여 확인된 금액도 아니므로 전체부동산의 토지 및 건물의 양도가액이 구분되지 아니하는 것으로 보아, 먼저 전체부동산의 실지양도가액을 각 자산별 기준시가비율에 의하여 안분한 가액을 토지 및 건물의 실지양도가액으로 한 후, 이를 다시 쟁점토지 및 쟁점건물분으로 안분한 가액을 쟁점토지 및 쟁점건물의 실지양도가액으로 하였고, 기준시가에 의한 쟁점토지 및 쟁점건물분 양도차익(합계액)이 실지양도가액(합계액)을 초과하므로, 처분청이 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도차익을 실지거래가액에 상당하는 금액으로 결정하여 본 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

자산양도차익 계산시 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 초과하는지 여부를 가리는 경우, 토지와 건물의 양도차익을 합하고 토지와 건물의 실지양도가액을 합하여 서로 비교함으로써 일괄로 가리는 것인지, 자산별로 각각 비교하여(토지는 토지의 기준시가에 의한 양도차익과 실지양도가액끼리 비교하고, 건물은 건물의 기준시가에 의한 양도차익과 실지양도가액끼리 비교하여) 각각 가리는 것인지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

나. 관련법령

① 소득세법(’94.12.22 전면 개정전의 것) 제23조에 의하면 제1항에서 「양도소득은 당해 년도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지 및 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득(제3, 4, 5호 생략)」이라고 규정하고 있고, 제2항에서 「양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다.(이하 생략)」라고 규정하고 있으며, 제4항에서 양도가액은 그 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다고 규정하면서 단서에서 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 제45조 제1항 제1호에서 거주자의 양도차익 계산시 양도가액에서 공제할 필요경비는 당해 자산의 취득당시의 기준시가에 의한 금액으로 한다고 규정하면서 단서에서 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있다.

② 같은 법 시행령(’94.12.31 전면 개정전의 것) 제170조 제1항은 법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 한다고 규정하고 있으며, 그 제2항에서 「토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우에 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.」고 규정하고 있다.

다. 사실관계

① 청구인은 ’66.12.30 전체토지(2필지 632.8㎡)를 취득하여 그중 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 대지 421.9㎡를 청구외 OOO 외4인에게 증여한 한편, ’86.3.24 전체토지(632.8㎡) 지상에 청구인 소유의 쟁점건물을 신축하였으며, 청구인과 청구외 OOO 외4인은 전체토지와 쟁점건물을 ’94.12.16 청구외 (주)OO에 2,500,000,000원(매매계약서에 의하면 전체부동산중 청구인 소유분 쟁점토지와 쟁점건물에 대하여는 그 매매대금을 1,166,561,315원으로 하고, 전체부동산중 청구외 OOO 외4인 소유분 토지에 대하여는 그 매매대금을 1,333,438,685원으로 하여 각각 별개로 매매계약서가 작성된 것으로 되어 있음)에 양도하였음이 부동산등기부등본과 건축물관리대장 및 부동산매매계약서 의하여 확인된다.

② 청구외 (주)OO은 의류제조업을 영위하는 상장법인이며, 동 법인의 기장에 의하면 전체토지와 쟁점건물의 매입가액이 2,500,000,000원으로 기장되어 있음이 확인된다.

③ 청구인은 ’95.2.2 자산양도차익예정신고납부를 함에 있어 전체토지 중 청구인 소유분 쟁점토지와 쟁점건물의 양도에 대하여 실지거래가액(양도가액 1,166,561,315원, 취득가액 259,803,921원)으로 자산양도차익을 계산하고 양도소득세 299,757,950원을 자진신고납부한 사실이 신고관계기록에 의하여 확인된다.

④ 처분청은 전체토지와 쟁점건물의 총 양도가액 2,500,000,000원을 실지거래가액으로 인정하였으나, 신고한 양도가액이 토지와 건물로 구분되지 아니하는 것으로 보아 토지와 건물의 기준시가에 의하여 안분한 가액(토지 2,219,413,517원, 건물 280,586,483원)을 각각 전체토지 및 쟁점건물의 실지양도가액으로 한 후, 이를 다시 각 소유자별 토지 및 건물의 기준시가로 안분하여 청구인의 양도분인 쟁점토지와 쟁점건물의 실지양도가액(쟁점토지 739,697,595원, 건물 280,586,483원)을 계산하였으나, 한편 쟁점토지 및 쟁점건물의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도 및 취득가액을 기준시가로 하여 양도차익을 계산한 후, 기준시가에 의한 양도차익합계액(1,409,115,248원, 토지 1,186,210,720원, 건물 222,904,528원)이 실지양도가액 합계액(1,020,274,078원)을 초과한다 하여, 위 기준시가에 의한 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도차익(1,020,274,078원)을 실지양도가액합계액(1,020,274,078원)에 상당하는 금액으로 결정하고 ’95.12.16청구인에게 ’94년도 귀속분 양도소득세 55,394,348원을 부과처분하였음이 과세기록에 의하여 확인된다.

⑤ 청구인은 위와 같이 자산양도차익예정신고시 실지취득가액을 259,803,921원으로 신고하였으나 전체부동산중 토지는 ’66.12.30에 취득한 것으로서 계약서 등 실지취득가액에 대한 증빙이 없고, 건물은 ’86.3.24 신축한 것으로서 신축공사비에 대한 증빙이 없어, 쟁점토지와 쟁점건물의 실지취득가액은 확인되지 아니하는 것으로 인정된다.

라. 판단

및 결론앞의 관련법령에서 본소득세법 제23조제1항 제1호 및 제2항, 제4항과, 동 법 시행령 제170조 제2항의 규정에 의하면 자산의 양도차익은 토지 또는 건물 등의 각 자산별로 계산하게 되어 있으므로(국심90서1443호, ’90.11.13참조) 토지와 그 지상건물을 함께 동시에 양도하였다 하더라도 토지와 건물을 각각 서로 다른 가액기준에 의하여 실지거래가액이나 기준시가로 양도차익을 계산 할 수 있다 하겠으며, 한편 양도가액과 취득가액이 모두 불분명하거나 또는 어느 한쪽이 불분명하므로 동 법 시행령 제170조 제1항의 규정에 따라 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가로 하여 양도차익을 결정하는 경우 이 기준시가에 의한 양도차익이 실지양도가액을 초과하는지 여부는 각 자산별로 구분해서, 즉 토지는 토지의 기준시가에 의한 양도차익과 실지양도가액을 서로 비교하고, 건물은 건물의 기준시가에 의한 양도차익과 실지양도가액을 서로 비교하여 가리는 것이 적법한 것으로 인정된다. 그렇다면, 이 건의 경우 쟁점토지와 쟁점건물의 실지양도가액은 각각 739,797,595원과 280,586,483원으로 확인되고, 실지취득가액은 불분명한 것으로 인정되므로 처분청이 쟁점토지와 쟁점건물의 양도차익을 기준시가에 의하여 계산하면서, 기준시가에 의한 양도차익계산액이 실지양도가액을 초과하는지 여부를 가림에 있어 당해 자산별로 가리지 아니하고 쟁점토지와 쟁점건물의 양도차익을 합하고 쟁점토지와 쟁점건물의 실지양도가액을 합하여 서로 비교함으로써 일괄로 비교하였음은 부당하다 하겠다.

그러나 쟁점토지의 경우에 있어서는 청구인으로부터 다툼이 없을 뿐만 아니라 기준시가에 의한 양도차익이 그 실지양도가액보다 크므로 실지양도가액에 상당하는 금액(739,697,595원)만을 양도차익으로 결정하여야 하므로, 처분청이 위에서 본 바와 같이 자산별로 구분하여 가리지 아니하고 일괄로 비교하여 가리었다 하더라도, 양도차익을 실지양도가액에 상당하는 금액인 739,697,595원으로 결정하였음은 결과 면에서 타당하다 하겠으나, 반면 쟁점건물의 경우에 있어서는 기준시가에 의한 양도차익 계산액(222,904,528원)이 실지양도가액(280,586,483원)보다 적으므로 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가로 하여 계산한 양도차익을 그대로 양도차익으로 결정하여야 할 것인 바, 이와 달리 위에서 본 바와 같이 일괄적으로 비교하여 가린 결과, 양도차익을 실지양도가액에 상당하는 금액인 280,586,483원으로 결정하였음은 부당한 것으로 인정된다.

따라서 이 건 부과처분은 양도자산 중 쟁점건물의 경우 양도가액 및 취득가액을 모두 기준시가로 하고 양도차익을 계산하여 과세표준과 세액을 경정함이 적법한 것으로 판단된다.이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.