비영리법인으로 등록된 법인이 과세사업자(부동산임대)로 사업자등록을 변경하기 이전에 동 과세재화를 공급받은 경우 이에 대한 매입세액을 사업자등록전 매입세액으로 볼 수 있는지 여부(기각)

비영리법인 수익사업의 사업자 미등록시 매입세액은 불공제함.

1. 원처분 개요 청구법인은 79.2.5 설립된 비영리법인으로서 경기도 평택시 OO동 OOOOOO에 동 법인소유의 건물을 신축하기 위하여 청구외 OOO종합건설 주식회사와 공사도급계약(공사금액 : 2,260,000,000원)을 체결, 92.12.31 업무시설용 건물 3,422.66㎡(지하1층, 지상3층 건물로서 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 준공하고 93.1.25 처분청에 부가가치세 신고를 하면서 쟁점건물신축에 따른 총매입세액 208,818,180원 중 청구법인이 임대사업에 공하고 있는 부분(1,727.7㎡)에 대한 매입세액 105,421,600원을 환급하여 줄 것을 요구하였다. 처분청은 청구법인이 환급요구한 위 매입세액의 경우 과세사업인 부동산임대업으로 사업자등록(93.2.1)을 하기 이전의 거래분(92.6.30～92.12.29)으로서 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의한 사업자등록전의 매입세액에 해당된다 하여 환급거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.3.19 심사청구를 거쳐 93.6.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 80.12.15 법인사업자등록(업태:비영리, 등록번호: OOOOOOO OOOOO)을 하고 쟁점건물준공 후에 93.2.1 과세사업인 부동산임대업을 위 사업자등록에 종목추가 하였는 바, 이 건과 같이 사업자등록의 정정사유가 발생하였으나 이를 정정하지 아니하고 세금계산서를 교부받은 경우 부가가치세법 기본통칙 5-3-5---17에 의하여 그 거래사실이 확인되는 때에는 매입세액환급이 가능하므로 당초처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견 이 건 경우 청구법인이 93.2.1 과세사업인 부동산임대업을 등록하기 이전의 거래에 해당하는 매입세액이므로 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하여 환급거부한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

이 건은 비영리법인으로 등록된 법인이 과세사업자(부동산임대)로 사업자등록을 변경하기 이전에 동 과세재화를 공급받은 경우 이에 대한 매입세액을 사업자등록전 매입세액으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 다툼이 있다. 관련 법규정을 보면 부가가치세법 제5조 제1항에서 신규로 사업을 개시하는 자는 정부에 등록하도록 규정하고 있고, 동법 제17조 제2항 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 부가가치세법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록의무자는 부가가치세 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세 면세사업자 등은 그 등록의무가 없다고 할 것이므로 동법 제17조 제2항 제5호의 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록”이란 부가가치세 납세의무있는 사업자등록을 의미한다고 할 것이다. (동지 : 대법원 84누163, 84.7.10, 국심 88서147, 88.4.19) 살피건대, 청구법인은 93.2.1 부동산임대사업자로 종목을 추가하기 이전인 80.12.15부터 이미 법인사업자로서 등록(업태 : 비영리, 등록번호:OOOOOOOOOOOO)을 하고 쟁점건물 신축에 따른 건설용역을 공급받은 것이므로(92.6.30～92.12.29 기간중 2,088,181,830원), 이 건의 경우 사업자등록전 매입세액으로 볼 수 없다는 주장이나, 청구법인의 80.12.15 당초등록은 처분청에서 비영리법인인 청구법인에 대한 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 부가가치세법 제20조 제3항 및 동법시행령 제8조 제2항의 규정에 의한 고유번호를 부여한 것에 불과한 것이어서 이를 곧 부가가치세법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록이라고 볼 수는 없다.

그러하다면 93.2.1 청구법인이 한 부동산임대업등록은 부가가치세법 시행령 제11조 제1항 규정의 과세사업자로서의 등록정정의 경우에 해당하지 아니하고 신규사업자등록으로 보아야 할 것이므로 이 건의 경우 사업자등록전 매입세액으로 보아 환급거부한 당초처분은 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.