간주임대료를 총수입금액으로 계산할 수 있다고 하더라도, 그에 관한 소득세법기본통칙이 시행된88.2.1 이후 발생분에 한하여 적용하여야 하는지 여부 및 임대보증금에서 인출금 입금액을 상계하여 간주임대료를 계산하는 것인지 여부(기각)

인출금의 원천을 구분할 수 없고 인출금이 입금되는 경우에도 마찬가지이므로 임대보증금에서 인출금 입금액을 직접 상계할 수는 없다 할 것임

1. 사실청구인은 서울시 동대문구 OO동 OOOO 소재 OO빌딩을 임대한 청구외 OOO의 상속인으로서 위 부동산의 임대보증금의 운용내역을 밝히지 못하고 있어 처분청이 86년부터 88년까지의 종합소득금액계산시 임대보증금등의 인출에 따른 간주임대료를 계산하여 90.10.16 청구인에게 86년 과세기간분 종합소득세 44,170원, 동 방위세 4,410원, 87년 과세기간분 종합소득세 66,690원, 동 방위세 6,660원 및 88년 과세기간분 종합소득세 10,982,220원 및 동 방위세 2,225,870원을 과세하였는 바, 청구인은 이 건 심판청구에서 그 취소를 구한다.

2. 청구인 주장처분청이 청구인의 86～88년귀속 종합소득금액(부동산임대소득)을 결정함에 있어서 청구인이 받은 보증금, 전세금 또는 그 대가의 운영사항과 내역이 장부와 증빙서류에 나타나 있음에도 인출금은 임대보증금에서 인출된 것으로 보고 소득세법 기본통칙 3-1-18...29의 규정을 적용하여 동 인출금의 사용처와 운용사항과 그 내역을 제시 못한다는 사유로 현실적으로 받지도 아니한 것을 간주임대료라 하여 총수입금액에 산입함은 실질과세와 근거과세의 원칙에 위배된 처분이라는 주장이며, 예비적청구로 설사 위 통칙에 의거 간주임대료를 계산한다 하더라도 위 통칙은 88.2.1 신설된 규정이기 때문에 88.2.1 이후의 인출금에 대하여 간주임대료를 계산하여야 하며, 86, 87년도의 인출금에 대하여도 간주임대료를 계산하였음은 국세기본법의 소급과세금지 규정에 어긋나며 청구인의 인출금중에는 임대보증금과 전세금의 수입, 임대수입, 관리비수입 및 기타수입등이 있는 바, 당해 인출금에서 임대수입, 관리비수입, 기타수입을 제외한 나머지 금액으로 간주임대료를 계산하는 것이 타당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견먼저 이 건 임대보증금의 운용내역을 청구인이 비치기장하고 있는 현금출납부, 임대보증금, 인출금계정원장 및 임대차계약서 사본에 의하여 보면, 86.8.1 OOOO공사 OO지점과 임대보증금을 60,000,000원, 계약기간은 2년으로하여 임대차계약을 체결하고 당일 20,000,000원을 계약금으로, 86.9.12. 40,000,000원을 잔금으로 입금하였으나, 86.8.1. 20,000,000원, 86.9.12. 30,000,000원을청구인이 인출하는등, 그후 계속하여 다른 임대보증금이 인출된 것으로 나타나나 청구인이 이 건 심리일 현재 출금된 보증금의 운용상황에 대한 증빙서류를 제시한 바 없고 청구인 제시 제장부에 의하여도 임대보증금의 운용상황이 불분명하다 하겠다.

따라서, 임대인이 임대보증금의 운용내역을 분명하게 밝힐 때에는 동 임대보증금은 다른 소득의 원천이 되고 관련소득 원천에서 해당소득세가 과세되는 것이므로 2중과세를 방지한다는 측면에서 임대보증금에 해당하는 임대료는 임대소득에 가산되지 않는 것이 타당할 것이나 이 건과 같이 임대보증금의 운용내역이 분명하게 밝혀지지 아니하는 경우에는 임대보증금에 해당하는 임대소득이 다른 소득원천에서 과세된 것으로 볼 수 없고 사회통념상 임대보증금에 해당하는 임대소득이 있는 것으로 보아 과세함이 타당한 것(동지 국심 86서 728, 86.7.26 국심 86서 941, 86.9.2 국심 86서 1240, 86.10.7 국심 86서 1373, 86.11.1)이며, 인출한 임대보증금의 운용내역이 불분명한 이 건의 경우 인출된 임대보증금에 대하여소득세법 시행령 제58조및부가가치세법 시행령 제49조의2규정에 의한 계산방법“당해기간의 전세금 또는 임대보증금 × 과세기간대상월수××에 의하여 간주임대료를 계산하여 총수입금액에 산입하는 것이 옳다고 하겠으므로 위 산식에 의하여 계산한 바, 86년도의 경우 총수입금액에 산입할 간주임대료는 14,441,917원, 87년의 경우 147,335,342원, 88년의 경우 168,402,052원이나, 처분청의 당초 결정은 86년 7,696,849원, 87년 18,147,423원, 88년 73,330,178원(이 건 처분금액 39,379,178원 포함)만을 간주임대료로하여 총수입금액에 산입하여 과세함으로써 오히려 과소계상된 것으로 보인다는 의견이다.

4. 쟁점가). 부동산임대소득금액을 실지조사 결정하면서 간주임대료를 총수입금액으로 계산할 수 있는지 여부,나). 예비적 청구로서 간주임대료를 총수입금액으로 계산할 수 있다고 하더라도, 그에 관한 소득세법기본통칙이 시행된 88.2.1 이후 발생분에 한하여 적용하여야 하는지 여부 및 임대보증금에서 인출금 입금액을 상계하여 간주임대료를 계산하는 것인지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단

가). 청구인의 부 OOO은 부동산임대사업자로서 그 수익이 임대료와 임대보증금등의 운영수익이고 임대료와 임대보증금을 장부상 수입으로 계상 하였으나 임대보증금은 그 대부분을 인출하였으며, 인출한 임대보증금에서 어떠한 수입이 발생하였는지를 알 수 있는 장부와 증빙서류를 비치하지 아니한 사실에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 그러하다면 청구인이 OO빌딩을 타인에게 임대하면서 그 임대소득에 관하여 장부등을 기장·비치하여 놓고 관할세무서장에게 실지조사를 받아 왔다고 하더라도, 임차인들로부터 임대차보증금을 수령하여 다른곳에 사용하고도 그 사용처나 이로 인하여 어떠한 수입이 있었는지를 계산함에 필요한 장부와 증빙서류를 구비하고 있지 않다면, 이는소득세법 제120조,동법시행령 제169조제1항에 규정된 “과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없는 때”에 해당하므로 그 임대보증금과 관련한 수입에 대하여는 추계조사결정할 수 밖에 없는 것이고, 이 경우에소득세법 제29조제1항,동법시행령 제58조제1항에 따라 임대보증금에 계약기간 1년의 정기예금 이자율을 곱한 방법(간주임대료)에 의하여 계산하여야 할 것이다.

(86누 363 제3부판결 88.8.23 참조)그리고소득세법 제118조제3항에서 “사업장의 수입금액이 추계조사결정된 경우에도 비치·기장된 장부와 증빙서류를 근거로하여 그 소득금액을 계산할 수 있을 때에는 그 비치·기장된 장부에 의하여 당해년도의 과세표준과 세액을 조사결정하여야 한다”라고 규정하고 있는 바, 수입금액을 추계조사결정하였다고 하여 반드시 소득금액도 추계조사결정방법으로 결정하여야 하는 것은 아니고, 더욱이 이 건의 경우 86년부터 88년까지의 3개 과세기간분 소득금액을 추계조사결정방법으로 결정하는 경우, 실지조사결정 방법으로 소득금액을 결정하는 것보다 그 소득금액이 많게 되어 청구인에게 오히려 불이익 하게된다. 그러므로 처분청이 청구인의 부의 임대소득금액을 결정함에 있어소득세법시행령 제58조의 규정에 의하여 계산한 간주임대료를 총수입금액에 산입하고 그에 대응하는 필요경비를 실지조사결정방법으로 계산하여, 이 건 종합소득세등을 부과한 처분청의 당초처분은 정당하고 청구인의 주장은 이유없다고 판단된다. 나). 다음으로 예비적청구에 대하여 본다.

청구인은 이 건 과세근거가 되었다고 본 소득세법 기본통칙 3-1-18...29(임대보증금에 대한 부동산소득 총수입금액계산)는 88.2.1 신설되었으므로, 그 이전에 발생한 임대소득에 대하여는 이통칙에 의하여 과세하는 것이국세기본법 제18조에서 규정하고 있는 소급과세의 금지규정에 어긋난다는 주장이나, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석에 따라 적용하여야 한다고 하겠으나, 이 건과 같은 경우, 즉 임대보증금등의 운영내역이 불분명하여 실지조사결정방법으로 총수입금액을 결정할 수 없는 경우에는, 위 기본통칙 규정이 신설된 88.2.1 이전에도 처분청의 총수입금액 결정방법과 같은 방법[국세청예규 소득 22601-1986.11.5 가 있으며, 당심에서도 계속해서 같은 취지로 심판결정(국심 86서 728, 86.7.26)하여왔고 앞에서 인용한 대법원 판례(86누363, 88.8.23)도 당심의 결정내용과 같은 취지로 보임]으로 총수입금액을 결정하여 왔으므로 위 통칙 규정은 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후의 새로운 해석이거나 종전의 해석과 상이한 새로운 해석이 아니라 할 것이며, 위 통칙 규정은 세무공무원의 업무집행상의 기준등 그 편의를 위하여 개별적인 예규·통첩등을 법령체계에 맞추어 제정한 것으로서 납세의무자의 과세소득 범위를 확장하여 새로이 규정한 것이 아니라 할 것이다.

따라서, 위 통칙 규정을 들어 88.2.1 이전의 간주임대료를 계산할 수 없다는 청구인의 주장은 이유없다.끝으로, 청구인은 임대보증금에 대하여 간주임대료를 계산하는 경우 임대보증금의 인출액에서 인출금 입금액을 상계하여 계산하여야 한다고 주장하나, 당초의 인출금이 임대보증금만의 인출이 아니고 자본의 인출 또는 임대료등 다른 것이 포함되어 인출되는등 그 인출금의 원천을 구분할 수 없고 인출금이 입금되는 경우에도 마찬가지이므로 임대보증금에서 인출금 입금액을 직접 상계할 수는 없다 할 것이며, 이와같이 하는 경우 국세청장의 의견에서 보는 바와같이 오히려 청구인에게 불이익하게 되므로 이 부분도 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.