과세·면세 겸업자의 건물신축에 따른 공통매입세액 안분계산을 예정공급가액 비율로 계산한 것이 부당한지 여부(경정)

분청이 쟁점매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 전제하여 공제가능 매입세액을 총공급가액에 OO 과세사업의 공급가액 비율로 안분계산한 처분은 위 관련법령을 오해한 것으로 판단됨.

1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOO에 본점을 둔 법인으로, 보증보험업을 영위하는 법인이다. 청구법인은 청구법인의 소유토지인 수원시 OO구 OO동 OOOOOO(대지 1,378.2㎡) 지상에 업무용 건물(지하 4층, 지상 10층 총연면적 11,815.73㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 일부 면적은 임대사업용(이하 “과세사업용”이라고 한다)으로 사용하고 일부면적은 보증보험사업용(이하 “면세사업용”이라고 한다)으로 사용하기 위하여 91.4.29 OO건설(주)와 공사도급계약을 체결(당초 도급금액: 10,439,000,000원, 변경도급금액: 9,479,289,000원)하고 공사대금지급에 따른 매입세금계산서(이하 “건축물 신축관련 매입세액”이라 한다)를 수취하여 이를 과세사업과 면세사업용 면적비율(면세비율: 22.44%, 과세비율: 77.56%)로 부가가치세를 안분계산하여 환급신고를 하였다. 처분청은 청구법인의 부가가치세 신고내용을 부인하고 ’91～’92 과세기간은 사용면적을 기준으로 계산한 면세비율을 41.05%로 하고 ’93과세기간은 예정공급가액을 기준으로 계산한 면세비율을 93.42%로 하여 ’93.9.16자로 부가가치세 180,162,690원(92/1기: 23,102,130원, 92/2기: 43,323,700원, 93/1기: 113,736,860원)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.11.12 이의신청, 94.2.5 심사청구를 거쳐 94.5.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장

(1) 92/1기～92/2기(가산세 부분) 92.2기까지는 예정사용면적비율로 안분하여 과세한 것으로 청구법인이 과세표준과 매출 및 매입세액을 예정신고기한내에 모두 신고하였고 다만 공통매입세액 계산에 있어서 면세비율계산 잘못으로 환급세액이 과다 계상되었을 뿐이므로 또다시 확정신고를 하여야 할 이유가 없는데도 처분청이 20%의 가산세를 적용함은 부당하다.

(2) 93/1기(건축물 신축관련 매입세액 안분계산 부분) ㉮ 비록 부가가치세법 시행령 단서규정이 92.12.31 자로 개정되었다 하더라도 건축물 신축관련 매입세액 안분계산의 원칙은 실지귀속이며 그 실지귀속은 국세심판소의 결정례(89서2192, 90.4.11 합동회의)에서도 면적비율로 함이 가장 타당하다고 결정하였고 ㉯ 이는 납세자에게 일반적으로 받아들여진 정도를 훨씬 넘어선 법적 확신을 가질 정도이며 ㉰ 건축물신축의 “공사대금”을 기초로 하여 보험업의 예정공급가액과 예정임대수입금액을 계산한다는 것은 잘못이고 또한 계산할 수도 없으며 설사 계산한다 하더라도 당해 과세기간의 예정공급가액으로 계산하여야 되고 ㉱ 또한 부가가치세법 시행령 제61조의2 규정에서 공급가액이 확정되는 때 확정공급가액을 기준으로 정산토록 규정되어 있는 바 그 확정공급가액은 임대가 전부된 경우, 일부된 경우 또는 제3자에게 양도할 때 확정되는지 등을 알 수가 없는 것이며 ㉲ 예정공급가액 비율로 건축물 신축관련 매입세액을 안분하는 경우는 재화를 취득하여 판매하는 경우와 같이 쉽게 면세부분과 과세부분이 확인되는 경우 즉 아파트 신축사업과 같은 경우에만 적용되는 것이지, 건축물 신축에 따른 매입세액의 안분계산방법으로 적용할 수 없다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

(1) 가산세 부분(92/1～92/2기) 예정신고시 신고납부하여야 할 과세표준 및 납부세액을 신고 납부하지 아니한 경우에는 신고납부불성실가산세 10%가 적용되며, 동 과세표준 및 납부세액을 확정신고시에도 납부하지 아니한 경우에는 다시 10%의 가산세를 적용토록 규정하고 있는 바,(부가가치세 기본통칙 6-2-4...

22) 이 건의 경우, 92.1기 예정신고 및 92.2기 예정신고시 과다환급된 매입세액 19,251,782원 및 8,677,284원에 대하여 신고납부 불성실가산세 20%를 적용하여 과세한 처분에 달리 잘못이 없다.

(2) 안분계산부분(93/1기) 이 건 건축물신축관련 매입세액은 건축물신축관련 공사대금으로 그것이 임대용 건물 부분에 얼마만큼이 또는 자가사용부분에 얼마가 지출되었는지가 불분명함에도 청구법인이 건축물신축관련 매입세액은 면적비율에 의하여 안분계산함이 실지 귀속이 분명한 경우에 해당된다는 청구주장은 법리를 잘못 이해한 것으로 보여진다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 환급세액을 예정신고기한내에 모두 신고하고 다만 면세비율계산 착오로 환급세액이 과다 신고된 경우 청구법인이 확정신고 사유가 없음에도 20%의 가산세를 적용할 수 있는지의 여부

② 건축물신축에 따른 매입세액을 안분계산함에 있어서 93 제1기부터는 예정공급가액 비율로 안분계산함이 우선순위인지의 여부 나. 쟁점①에 대하여 본다.

(1) 관련법령 부가가치세법 제22조 제3항 및 제4항과 동법 기본통칙 6-2-4...22를 종합하여 보면 예정신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 등은 미달한 납부세액 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의10의 가산세를 적용토록 규정하고 있고 예정신고납부 불성실가산세가 적용되는 과세표준 및 납부세액을 확정신고시에도 신고납부하지 아니한 경우에는 당해 확정신고에 OO 신고납부 불성실가산세를 다시 적용한다고 규정하고 있다.

(2) 가산세 부과내용 (단위: 원)

구 분

92 / 1기 (예정)

92 / 2기

예 정

확 정

과세

매입세액

19,251,782

8,677,284

29,919,063

가산세

3,850,356(과세매입세액의 20%)

1,735,456

(20%)

2,991,906

(10%)

고지세액

23,102,138

10,412,740

32,910,969

(3) 가산세 적용관계

① 청구법인은 환급세액을 예정신고기한 내에 모두 신고하였고 다만 면세비율계산착오로 환급세액이 과다 신고된 경우로서 확정신고 사유가 없으므로 가산세율 20%를 적용함은 부당하다고 주장하고 있으나,

② 92/1기(예정)의 경우 확정신고기간에 건축물 신축관련 매입세액이 발생하지 아니하였을 뿐이고

③ 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 제1항 단서의 규정에 의하면, 예정신고를 하는 때에는 “예정신고기간”에 OO 총공급가액과 면세공급가액에 의하여 안분계산하여 신고하고 확정신고를 하는 때에 정산하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 면세비율 오류 계산(면세비율: 22.44%⇒41.05%)에 따른 확정신고를 하지 아니하여 20%의 가산세 적용은 잘못이 없고

④ 92/2기(예정)의 경우 건축물신축관련 매입세액이 확정신고 기간중에 발생하였으므로 확정신고시 예정신고때 과다환급신고세액 해당분 8,677,284원[18.61%(41.05-22.44)의 해당세액]을 신고하지 아니하였으므로 20%의 가산세율 적용은 타당하다.

다. 쟁점②에 대하여 본다.

(1) 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고 동법시행령 제61조 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다(단서 생략). “면세사업에 관련된 매입세액” = 공통매입세액×

(3) 가산세 적용관계

① 청구법인은 환급세액을 예정신고기한 내에 모두 신고하였고 다만 면세비율계산착오로 환급세액이 과다 신고된 경우로서 확정신고 사유가 없으므로 가산세율 20%를 적용함은 부당하다고 주장하고 있으나,

② 92/1기(예정)의 경우 확정신고기간에 건축물 신축관련 매입세액이 발생하지 아니하였을 뿐이고

③ 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 제1항 단서의 규정에 의하면, 예정신고를 하는 때에는 “예정신고기간”에 OO 총공급가액과 면세공급가액에 의하여 안분계산하여 신고하고 확정신고를 하는 때에 정산하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 면세비율 오류 계산(면세비율: 22.44%⇒41.05%)에 따른 확정신고를 하지 아니하여 20%의 가산세 적용은 잘못이 없고

④ 92/2기(예정)의 경우 건축물신축관련 매입세액이 확정신고 기간중에 발생하였으므로 확정신고시 예정신고때 과다환급신고세액 해당분 8,677,284원[18.61%(41.05-22.44)의 해당세액]을 신고하지 아니하였으므로 20%의 가산세율 적용은 타당하다.

다. 쟁점②에 대하여 본다.

(1) 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고 동법시행령 제61조 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다(단서 생략). “면세사업에 관련된 매입세액” = 공통매입세액×이라고 규정하 고 제4항에 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 OO 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(92.12.31 개정)

2. 총예정공급가액에 OO 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(92.12.31 개정)

3. 총예정사용면적에 OO 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(92.12.31 개정)”이라고 규정하고 있으며 동법 제61조의2 제1항에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 OO 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 OO 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다”(92.12.31 신설) “가산 또는 공제되는 세액” = (총 공통매입세액 ×

(3) 가산세 적용관계

① 청구법인은 환급세액을 예정신고기한 내에 모두 신고하였고 다만 면세비율계산착오로 환급세액이 과다 신고된 경우로서 확정신고 사유가 없으므로 가산세율 20%를 적용함은 부당하다고 주장하고 있으나,

② 92/1기(예정)의 경우 확정신고기간에 건축물 신축관련 매입세액이 발생하지 아니하였을 뿐이고

③ 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 제1항 단서의 규정에 의하면, 예정신고를 하는 때에는 “예정신고기간”에 OO 총공급가액과 면세공급가액에 의하여 안분계산하여 신고하고 확정신고를 하는 때에 정산하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 면세비율 오류 계산(면세비율: 22.44%⇒41.05%)에 따른 확정신고를 하지 아니하여 20%의 가산세 적용은 잘못이 없고

④ 92/2기(예정)의 경우 건축물신축관련 매입세액이 확정신고 기간중에 발생하였으므로 확정신고시 예정신고때 과다환급신고세액 해당분 8,677,284원[18.61%(41.05-22.44)의 해당세액]을 신고하지 아니하였으므로 20%의 가산세율 적용은 타당하다.

다. 쟁점②에 대하여 본다.

(1) 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고 동법시행령 제61조 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다(단서 생략). “면세사업에 관련된 매입세액” = 공통매입세액×이라고 규정하 고 제4항에 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 OO 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(92.12.31 개정)

2. 총예정공급가액에 OO 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(92.12.31 개정)

3. 총예정사용면적에 OO 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(92.12.31 개정)”이라고 규정하고 있으며 동법 제61조의2 제1항에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 OO 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 OO 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다”(92.12.31 신설) “가산 또는 공제되는 세액” = (총 공통매입세액 ×-기공제세액) 또는 (총 공통매입세액 ×

(3) 가산세 적용관계

① 청구법인은 환급세액을 예정신고기한 내에 모두 신고하였고 다만 면세비율계산착오로 환급세액이 과다 신고된 경우로서 확정신고 사유가 없으므로 가산세율 20%를 적용함은 부당하다고 주장하고 있으나,

② 92/1기(예정)의 경우 확정신고기간에 건축물 신축관련 매입세액이 발생하지 아니하였을 뿐이고

③ 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 제1항 단서의 규정에 의하면, 예정신고를 하는 때에는 “예정신고기간”에 OO 총공급가액과 면세공급가액에 의하여 안분계산하여 신고하고 확정신고를 하는 때에 정산하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 면세비율 오류 계산(면세비율: 22.44%⇒41.05%)에 따른 확정신고를 하지 아니하여 20%의 가산세 적용은 잘못이 없고

④ 92/2기(예정)의 경우 건축물신축관련 매입세액이 확정신고 기간중에 발생하였으므로 확정신고시 예정신고때 과다환급신고세액 해당분 8,677,284원[18.61%(41.05-22.44)의 해당세액]을 신고하지 아니하였으므로 20%의 가산세율 적용은 타당하다.

다. 쟁점②에 대하여 본다.

(1) 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고 동법시행령 제61조 제1항에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다(단서 생략). “면세사업에 관련된 매입세액” = 공통매입세액×이라고 규정하 고 제4항에 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 OO 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(92.12.31 개정)

2. 총예정공급가액에 OO 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(92.12.31 개정)

3. 총예정사용면적에 OO 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(92.12.31 개정)”이라고 규정하고 있으며 동법 제61조의2 제1항에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 OO 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 OO 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다”(92.12.31 신설) “가산 또는 공제되는 세액” = (총 공통매입세액 ×-기공제세액) 또는 (총 공통매입세액 ×- 기공제세액)으로 규정하고 있고 제2항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액에 OO 면세공급가액의 비율에 의하여 정산하고, 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적에 OO 면세사용면적의 비율에 의하여 정산한다. (92.12.31 신설)고 규정하고 있다.

(2) 건축물신축에 따른 매입세액의 실지귀속 구분방법 ㉮ 위 관련법령에서와 같이 92.12.31자로 개정된 부가가치세법시행령 제61조 제4항은 “과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 하도록 규정”하고 있으나 ㉯ 위 제4항 조문규정은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액으로 구분 계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우로 해석하여야 할 것이며, 위 관련법·조 제1항 본문 규정에서 “과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 함”을 원칙적으로 규정하고 있으므로, ㉰ 건축물신축관련 매입세액에 있어서 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세에 사용하는 임대면적이 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실지부분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있어 건축물신축에 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것(국심 89서2192 ’90.4.12, 94구934 ’94.5.16, 94서374 ’94.9.16 동지임)이며 ㉱ 건축물신축관련 매입세액의 안분계산을 위 제4항 제2호의 규정에 의하여 안분할 경우 매입세액과 예정공급가액간에는 비례적인 상관관계가 없을 뿐만 아니라 단순히 예정공급가액비율로 매입세액을 안분계산한다는 것은 합리적인 계산방법으로 보기에 어렵다고 할 것인 바 ㉲ 이건의 경우, 청구법인은 쟁점신축건물 착공일인 91.5.6자로(준공일은 93.6.28임) 신축건물중 지하5층과 지하4층일부 및 7-9층은 자가사용으로 하고 지하1층과 3-6층은 임대사용(나머지는 기계실 주차 등으로 사용)하기로 사장결재를 받아 확정하고 현재까지 그

“품의” 내용대로 사용하고 있으므로 청구법인이 신고한 ’93.1기 부가가치세 매입세액 중 건축물신축에 관련된 쟁점매입세액 145,670,818원은 실지귀속에 따라 면세사업에 사용하는 건물면적과 과세사업에 사용하는 임대면적에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 처분청이 쟁점매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 전제하여 공제가능 매입세액을 총공급가액에 OO 과세사업의 공급가액 비율로 안분계산한 처분은 위 관련법령을 오해한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 94.12.16 국세심판관 합동회의 의결을 거쳐, 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.