중소기업특별세액공제의 적정여부(취소)

세액감면 중복지원 배제규정은 동일한 사업장에 대하여 적용되는 것으로서 사업장 이전 후 소득에 대하여 동 규정을 동시에 적용하여 중복지원하지 못한다는 취지임.

처분개요청구인은 1980.3.25.부터 OOO OOO OOO OOOOO번지에서 ‘OOOOOOO’라는 상호로 전자부품 제조업을 영위하다가 2002.10.2. 위 번지 소재 사업장을 ‘OOO OOO OO동 소재 OOOO’으로 이전한 하였고, 2002년 귀속 종합소득세를 확정신고하면서 사업장이전전(2002.1.1～2002.9.30) 소득에 대하여는조세특례제한법 제7조의 ‘중소기업에 대한 특별세액감면 규정’을 적용하여 종합소득세 36,527천원을 감면신청하고, 사업장이전후(2002.10.1～2002.12.31) 소득에 대하여는조세특례제한법 제63조의 ‘수도권외의 지역 이전중소기업에 대한 세액감면 규정’을 적용하여 종합소득세 120,746천원을 감면신청하였다.처분청은 청구인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 위 두 규정을 동시에 적용하여 중복지원할 수 없다 하여 ‘중소기업에 대한 특별세액감면 규정’의 적용을 배제하여 2005.11.1. 청구인에게 2002년 귀속 종합소득세 46,204,080원을 경정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 2006.1.23. 이의신청을 거쳐 2006.5.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 청구인의 사업장이전일 2002.10.2.을 기준으로 사업장 이전전과 이전후의 소득을 구분기장한 경우로서 이전전의 사업장과 이전후의 사업장이 엄연히 다른 사업장이며, 2002년 1월부터 동년 9월까지의 소득은 ‘중소기업에 대한 특별세액감면 규정’을 적용하고,2002년 10월부터 동년 12월까지의 소득은 ‘수도권 과밀억제권역외의 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 규정’을 적용하여 종합소득세를 납부한 것은 정당하므로 처분청의 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법 제127조제5항에서 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에조세특례제한법 제7조및 제63조의 규정에 의한 소득세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 중소기업특별세액감면을 배제하고 이전 후 소득에 대하여 수도권과밀억제권역외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 고지한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

중소기업이 과세연도중에 수도권과밀억제권역외 지역으로 공장을 이전한 경우 이전 전 소득에 대하여는 중소기업특별세액감면 규정을 적용하고, 이전 후 소득에 대하여는 수도권 과밀억제권역외 중소기업세액감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조,제7조, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항,제63조，제63조의 2 제2항, 제64조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항과 제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.

(2)같은법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업，도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업，엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “의료업”이라 한다)，대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “자동차정비업”이라 한다), 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

1. 대통령령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 "수도권" 이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 중소기업 : 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 소기업은 100분의

10)

2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인 : 100분의 30(도매업，소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의 10)(3)같은법 제63조【수도권외 지역이전중소기업에 대한 세액감면】

① 수도권안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2003년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 전자부품 제조업을 영위하던 OOO OOO OOO OOOOO번지 소재 ‘OOOOOOO’가 중소기업특별세액 감면대상이라는 사실 및 청구인이 2002.10.2. 위 번지 소재 사업장을 수도권외 지역인 ‘OOO OOO OOO OO OOOO’으로 이전하였다는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인은 2002과세연도 중 수도권외의 지역으로 사업장을 이전한 중소기업의 경우 이전 전 소득에 대하여는 ‘중소기업에 대한 특별세액감면 규정’을 적용하고, 이전 후 소득에 대하여는 ‘수도권외의 지역이전 중소기업에 대한 세액감면 규정’을 적용하여야 한다는 주장이나, 처분청은 위 두 감면규정 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다.(가)조세특례제한법 제127조제5항에서 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면), 제63조(수도권외 지역이전중소기업에 대한 세액감면) 등의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다고 규정하고 있다.(나) 살피건대,조세특례제한법 제127조제5항의 세액감면 중복지원 배제규정은 동일한 사업장에 대하여 적용되는 것으로서 사업장 이전후 소득에 대하여조세특례제한법 제7조와 제63조의 규정을 동시에 적용하여 중복지원하지 못한다는 취지이며, 이 건의 경우와 같이 사업장 이전전 소득과 이전후 소득은 각각 이전 전 사업장과 이전 후 사업장에서 발생한 것으로서 동일한 사업장에서 발생한 것이 아니므로 각각의 사업장에 대하여 위 두 감면규정을 각각 적용하는 것을 중복지원이라고 본 처분청의 해석은 잘못된 것이라 할 것이다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.