수입금액을 추계경정한 처분의 당부(경정)

수입금액을 추계결정할 수밖에 없다면 그 추계방법은 법인세법시행령및 부가가치세법시행령에 규정한 방법중에서 가장 합리적인 방법을 택하여 추계하여야 할 것이므로 운행대수에 일일사납금을 일률적으로 적용하여 수입금액을 산정한 것은 부당함.

1. 사 실 청구법인은 경상남도 진주시 OO동 OOOOO에서 택시 운송업을 영위하는 법인으로서, 1996년 1기～1999년 2기 과세기간의 부가가치세 과세표준 및 1996～1999사업연도 수입금액을 3,206,645,497원으로 하여 부가가치세 및 법인세를 법정신고기한내에 신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사시 청구법인이 보유한 차량(41대)의 운행일수(5부제 운휴일수 제외)에 노사간에 합의된 일일사납금을 곱하여 산출한 1996년 1기～1999년 2기 과세기간의 운송수입금액 3,949,714,487원을 부가가치세 과세표준으로 경정하여, 청구법인이 신고한 부가가치세 과세표준과의 차액 743,068,990원(이하 “쟁점매출누락액”이라 한다)을 신고누락한 것으로 보아, 2000.6.30 청구법인에게 1996년 1기～1999년 2기 부가가치세 41,963,240원과 1996～1999사업연도 법인세 139,443,480원 및 농어촌특별세 2,422,870원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.9.25 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 청구법인의 수입금액을 결정함에 있어 차량보유대수에 운행일수와 노사협정에 의한 일일사납금을 곱하여 산출한 수입금액은 최대의 수입금액은 될지언정 실제의 수입금액이 아니며, 또한 처분청이 결정한 각 사업연도의 수입금액 산정방식은 장부 및 기타증빙에 의한 것이라 할 수 없을 뿐만 아니라, 법령에서 정한 추계결정방법에 의한 것이라고도 할 수 없으므로 이 건 과세는 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 운송수입금액이 사업주와 노조간의 임금협정서와 단체협약서에 기초하여 운휴일을 제외한 일일사납금으로 이루어지고 있음에도, 수입금액의 감액요인이 되는 사유 및 증빙도 없이 규정된 일일사납금에 대하여 축소기장하였으므로, 축소기장된 쟁점매출누락액에 대하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단 가. 쟁점 이 건의 다툼은 운송회사인 청구법인의 보유차량대수에 운행일수와 일일사납금을 곱하여 수입금액을 추계경정한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령 부가가치세법 제21조 제1항에서「사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때」를 규정하고, 제2항에서는「사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서·장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

2. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모·종업원수와 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

3. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량·동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때」를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제69조 제1항에서는「법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계경정은 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다.

1. 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제21조 제1항의 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법

2. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산한 생산량에 그 과세기간 중에 공급한 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법

3. 국세청장이 사업의 종류, 지역 등을 감안하여 사업과 관련된 인적·물적 시설(종업원, 객실, 사업장, 차량，수도, 전기 등)의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산하는 방법

4. 국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법 가. 생산에 투입되는 원·부재료 중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량과의 관계를 정한 원단위 투입량 나. 인건비, 임차료, 재료비, 수도광열비, 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율 다. 일정기간동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가와의 관계를 정한 상품회전율 라. 일정기간동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률 마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

5. 추계경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법

6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 음식 및 숙박업과 서비스업에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사 기준에 의하여 계산하는 방법」을 규정하고 있다. 또한 국세기본법 제16조 제1항에서는「납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다」고 규정하고, 제2항에서는「제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 부가가치세 과세표준을 경정함에 있어서, 청구법인이 보유한 차량 (41대)에 운행일수(5부제에 의한 운휴차량 제외)와 차량년식별 일일사납금을 곱하여 운송수입금액을 산출하였는 바, 1996년 1기의 운송수입금액을 계산한 내역을 보면 다음과 같다. 1996년 1기 부가가치세 과세표준 산출방법

(단위 : 원)

연식별

구? 분

차량 운행 일수

일? 일

사납금

사납금

총? 액

공? 급

가? 액

1월

2월

3월

4월

5월

6월

계

1년이내

385

432

471

473

466

472

2,699

92,000

248,308,000

225,734,545

2년이내

81

70

56

48

47

24

326

91,000

29,666,000

26,969,091

3년이내

299

274

311

303

289

242

1,718

90,000

154,000,000

140,563,636

3년초과

225

169

178

151

187

231

1,141

89,000

101,549,000

92,317,273

합계

990

945

1,016

975

989

969

5,884

534,143,000

485,584,545

(2) 청구법인의 운송수입금액을 파악할 수 있는 증빙으로 수입금액 관리대장, 현금출납부 및 총계정원장 등이 있으며, 수입금액관리대장은 일일수입금액을 기장한 장부로서 청구법인이 신고한 1996년 1기～1999년 2기 부가가치세 과세표준 3,206,645,497원으로 기장되어 있음이 확인된다.

(3) 청구법인의 사용자측과 노동조합측이 1994.12.20 체결한 임금협정서(유효기간 1995.1.1～1999.7.31) 제9조에서 일일사납금을 92,000원으로 하되, 차량등록일을 기준으로 연식에 따라 1,000원씩 감액하는 것으로 약정하고, 1999.7.29 체결한 임금협정서(유효기간 1999.8.1～현재) 제9조에서는 중형 102,000원, 소형 99,000원으로 하되, 차량등록일을 기준으로 연식에 따라 1,000원씩 감액하는 것으로 약정하였으며, 동 임금협정서 제11조에서 운행중 고장, 수리 및 회사의 귀책사유 등으로 일어나는 시간공제는 회사의 관리자의 판단에 따라 시간당 7,000원씩 공제한다고 약정하였음이 확인된다.

(4) 살피건대, 청구법인의 운송수입금액은 차량이 5부제에 의하여 의무적으로 운휴되는 경우이외 고장, 수리, 배차지연, 노동조합 파업 등의 사유들로 인하여 부득이 차량운행이 중단될 수도 있기 때문에, 청구법인의 보유차량이 전부 가동된다고 볼 수는 없는 것이므로 약정된 사납금이 매일같이 전액 입금된다고는 보기 어려운 바, 처분청에서 운송수입금액으로 산정한 방법[일일사납금×차량대수×운행일수(5부제에 의한 운휴차량 제외)=부가가치세 과세표준]은 청구법인이 보유한 차량이 5부제 제한차량 이외에는 1대도 쉬지 아니하고 운전기사가 전원 근무하여 완전 가동하였을 경우를 전제로 하고 있으므로, 처분청이 경정한 부가가치세 과세표준은 현실적인 수입금액으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 법인세법 제32조 제1항 및 같은법시행령 제93조의 2 등의 규정에 의하면, 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하며, 부득이한 경우에 추계결정 또는 경정하는 경우에도 내국법인의 각사업연도의 사업수입금액은 법인세법시행령 제93조의 2 각호에 규정하고 있는 방법에 의하여야 함을 알 수 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 비치 기장하고 있는 증빙서류에 의하여 실지조사를 하는 것이 불가능하여 수입금액을 추계결정할 수밖에 없다면, 그 추계방법은 법인세법시행령 제93조의 2 각호 및 부가가치세법시행령 제69조 제1항에 규정한 방법(동업자 권형, 업종별 영업효율, 생산수율, 원단위 투입량, 비용의 관계비율, 상품회전율, 매매총이익율)중에서 가장 합리적인 방법을 택하여 추계하여야 할 것이므로 처분청 과세방법과 같이 운행대수에 일일사납금을 일률적으로 적용하여 수입금액을 산정한 것은 부당하다고 판단된다(국심90부874, 1990.8.9 같은 뜻).

라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있는 것으로 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.