종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부

종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 양도소득세 감면소득에 해당하지 아니함

1. 처분개요

가. 청구인은 1991.10.29. OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 종전주택이 재개발됨에 따라 2005.2.25. 같은 동 396 OOOOOOOOO OOO-OOOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 2008.9.11. 양도한 후, 양도소득금액 OO,OOO,OOO원 전액을 감면 받는 것으로 하여 2008년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 2013년 3월 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 기획점검 계획에 의거 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3의 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 감면을 배제하여 2013.5.13. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.2. 이의신청을 거쳐 2013.11.7. 심판 청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조특법 제99조의3 제1항에 의하면 청구인과 같이 5년 이내 신축주택을 양도하는 경우 발생하는 소득에 대한 양도소득세는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 되어 있고, 이 경우 양도소득세란 전체 양도소득에 대한 양도소득세를 의미하는 것이지 처분청의 주장대로 신축주택 취득일 이후의 양도소득에 대한 양도소득세를 의미하는 것은 아니다. 따라서, 세법의 해석에 있어 확장해석과 유추해석은 금하고 법문에 표현되어 있는 그 문언에 충실하여야 할 것이므로 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 100%감면한다는 법조문을 그대로 해석하여 이 건 과세 처분을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

조특법 제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세로 한정하는 것이지 종전주택을 취득한 때부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 볼 수 없으므로 청구인의 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액에 대하여 감면 배제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종전주택을 멸실하고 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1991.10.29. 종전주택을 취득하고, 재개발사업에 따라 2005.2.25. 신축주택의 사용승인을 받아 소유권보존등기를 한 후 2008.9.26. 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 조특법 제99조의3 에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 양도일까지 의 양도소득금액 OOO원 전액이 감면 대상인 것으로 하여 양도소득세를 신고한 데 대하여, 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라 하여 감면 부인하여 이 건 양도소득세를 경정·고지하였다.

(3) 조특법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) ／ (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”(이하 “쟁점산식”이라 한다)으로 계산한 금액”이라고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 신축주택에 대한 감면소득금액은 주택의 전체 보유기간의 양도소득금액 중에서 종전주택에 대한 양도소득금액을 차감한 금액으로 하여야 할 것인바, 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “종전주택 취득당시의 기준시가”로 적용한 것이 부당하고, 5년 이내 신축주택을 양도하는 경우에는 쟁점산식을 적용할 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다(조심 2013서1028, 2013.6.7. 외 다수 같은 뜻). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.