청구법인이 면세포기후 감가상각 자산(선박)에 대한 매입세액을 공제받았으나 그 후 과세사업(수출)의 실적이 없는 경우 당초 매입세액의 공제를 배제한 처분의 당부(경정)

과세처분은 매입세액을 공제받은 과세기간으로 소급하여 그 매입세액의 공제를 배제한 것으로서 과세기간을 그르친 위법이므로 취소되어야 할 것으로 판단됨.

1. 원 처분 개요청구법인은 원양에 출어하여 수산물(새우통발)을 어획 판매하는 자로 어획한 수산물을 수출(과세사업, 영세율 적용)하기 위하여부가가치세법 제12조제4항의 규정에 의하여 92.4.24 면세포기신고를 한 후 어선(중고선)을 매입하여 수리등을 하고 이에 따른 92년 제1기 부가가치세 확정신고시 공급가액을 334,228,067원, 공제세액을 13,843,100원으로 신고하여 처분청으로 부터 매입세액 9,843,100원을 공제·환급 경정받은 사실이 있다.처분청은 청구법인이 92년 1기 중에는 수입금액이 발생하지 아니하여 영세율적용 대상 수입금액이 없으므로부가가치세법 시행령 제47조의 면세포기 신고대상 사업자에 해당하지 아니하는 것으로 보아 면세사업에 관련된 매입세액의 공제를 배제하고 93.7.1 청구법인에게 92년도 1기 부가가치세 10,827,410원을 경정·고지하였다.청구인은 이에 불복하여 93.8.26 심사청구를 거쳐 93.12.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견청구법인은 면세포기신고와 동시에 과세사업자로 사업자등록을 하였으므로 면세포기의 효력은 면세포기 후 3년간 유효하며 92년 1기 매입세액은 사업개시후 중고선박 수리등에 관련된 매입세액이고 면세사업에 사용된 바도 없으므로 처분청이 매입세액의 공제를 배제하고 청구법인에게 92년도 1기 부가가치세를 경정 고지한 처분은 취소되어야 한다고 주장하고,국세청장은 처분청이 면세포기신고의 효력자체를 부인하여 당초 매입세액을 공제받은 각 과세기간으로 소급하여 그 매입세액의 공제를 배제한 것은 관련법리를 오해한 잘못이 있으나 청구법인은 면세포기 후 첫 과세기간에는 수입금액이 없으므로 수입금액이 없는 첫 과세기간에 매입세액을 공제받은 재화가 그 다음 과세기간에 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 사용 또는 소비되고 있으므로부가가치세법 제15조제1항의 규정에 의하여 자가공급에 해당하여 이건 부가가치세를 과세한 처분에는 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 쟁점은 청구법인이 면세포기후 감가상각 자산(선박)에 대한 매입세액을 공제받았으나 그 후 과세사업(수출)의 실적이 없는 경우 당초 매입세액의 공제를 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관계법령이 건 시행 당시의 관계법령을 보면,부가가치세법 제11조제1항 제1호에는 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다고 규정하고 있으며,부가가치세법 제12조제1항 제1호에는 가공되지 아니하는 식품(식용에 공하는 농산물·축산물·수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니한 농산물·축산물·수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것의 재화와 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은조 제4항에는 사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 것과 제1항 제11호·제13호 및 제16호의 재화 또는 용역에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다고 규정하고 있으며,부가가치세법 시행령 제47조제1항에는 법 제12조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급이 법 제11조의 규정에 의하여 영세율의 대상이 되는 경우와 제37조 제1호에 규정하는 학예연구단체 또는 기술연구단체가 이를 공급하는 경우에 법 제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 다음 각호의 면세포기신고서에 의하여 소관세무서장에게 신고하고, 법 제5조의 규정에 의하여 지체없이 등록하여야 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 면세를 포기하고자 하는 재화 또는 용역

3. 기타 참고사항으로 규정하고 있고, 같은조 제2항에는 제1항의 규정에 의한 신고를 한 사업자는 신고한 날로 부터 3년간은 부가가치세의 면제를 받지 못한다고 규정하고 있으며,부가가치세법 제17조제1항에는 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하“매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액으로 규정하고 있고, 같은조 제4항에는 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산할 수 있다고 규정하고 있다.

다. 사실관계

에 대하여 살펴본다.청구법인은 면세포기신고와 동시에 과세사업자로 사업자등록을 하였으므로 면세포기의 효력은 면세포기 후 3년간 유효하며 92년 1기 매입세액은 사업개시후 중고선박 수리등 자본적 지출에 관련된 매입세액이며 면세사업에 사용된 바도 없으므로 처분청이 매입세액의 공제를 배제하고 청구법인에게 92년도 1기 부가가치세를 경정 고지한 처분은 취소되어야 한다고 주장하는 바 이를 살펴보면,첫째, 청구법인은 92.4.24 처분청에 면세포기신고를 한 사실이 면세포기신고서에 의하여 확인되고 있으며,둘째, 청구법인은 92.4 부터 92.6까지는 선박매입(중고선)후 선박 수리등을 하여 매입세액만 발생한 사실이 처분청이 확인한 청구법인의 매입세액명세서 관련 사실증명원 및 부산지방국세청 감사관실의 부가가치세 부족징수결정 질문서에 의하여 확인되고 있고,라. 이상의 사실과 관계법령을 종합하여 보면, 청구법인은 면세포기신고를 한 사실이 있고 그 효력은 유효한 것이므로 이 건 선박수리등과 관련하여 92년 제1기 매입세액 9,843,100원을 공제·환급 받은 것은 적법하며 그후 과세기간에 면세전용으로 인한 과세는 별론으로 하더라도 처분청의 이 건 과세처분은 매입세액을 공제받은 과세기간으로 소급하여 그 매입세액의 공제를 배제한 것으로서 과세기간을 그르친 위법이므로 취소되어야 할 것으로 판단된다.(국심 90부1728, 91.1.25 같은 뜻임)따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.