실제공급일자가 다르게 기재된 경우 "사실과 다른 세금계산서"인지 여부(취소)

중간지급조건부 건물신축공사의 계약금 지급일을 사업자등록 신청일 이전으로 보았으나 실제 지급일은 그 이후로서 매입세액 공제대상임

1. 사실 청구인은 강원도 강릉시 OO동 OOOOO OO에 여관 건물을 신축하기 위해 1997.4.30 (주)OO종합건설과 건축공사계약을 체결하면서 총 공사대금 2,570,000,000원으로 하여 계약금 270,000,000원, 1차 기성금은 1997.5.30에 150,000,000원, 2차 기성금은 3층 골조 완성시에 100,000,000원을 지급하기로 하고, 3차 기성금은 5층 골조 완성시에 대출금으로 충당하기로 하고, 잔금은 공사완료(사용검사 필)한 후 1개월 내에 잔액을 지급하기로 약정하였으나, 계약금은 실질적으로 1997.5.10 지급하였으며 세금계산서는 1997.6.30자로 계약금 및 1차 기성금을 합하여 공급가액 424,000,000원을 수취하여 1997년 1기 부가가치세 신고시 부가가치세 환급 신고하였다. 처분청은 1997년 1기 매입세금계산서 금액 중 계약금 270,000,000원은 사업자 등록 전 매입으로 보아 매입세액 불공제 처분하여 1999.12.8 부가가치세 29,700,000원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.1.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 사업자등록을 신청한 날은 1997.5.8인 바 처분청이 계약금의 공급시기를 계약금 270,000,000원을 실지로 지급한 날인 1997.5.10로 보지 아니하고 계약서 작성일인 1997.4.30로 보아 계약금 상당액에 대한 부가가치세 매입세액을 등록 전 매입세액이라 하여 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인의 계약내용을 보면 계약금과 4회에 걸쳐 기성금을 지급하기로 하였으며 공사기간이 6개월 이상이므로 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우는 중간지급조건부로 용역을 제공하는 것에 해당하며, 중간지급조건부 계약의 경우 당해 계약조건에 따라 계약금을 받기로 한 때를 그 공급시기로 보므로 이건 계약금의 공급시기는 공사도급계약일인 1997.4.30이며 사업자등록 신청일(1997.5.8)전에 공급시기가 도래한 계약금에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단 가. 쟁점 첫째, 당해 계약에 있어서 계약금을 지급하기로 한 때가 언제인지(사업자 등록일 전인지? 사업자 등록일 후인지?)를 가리고, 둘째, 실지 계약금 지급일과 다르게 거래일자를 기재하여 매입세금계산서를 수취한 경우 매입세액공제가 가능한지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령 부가가치세법 제5조 【등록】제1항에서 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업 개시일로부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록 할 수 있다”라고 규정하고 있고, 같은 법 제9조【거래시기】제2항에서 “용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다”라고 규정하고, 같은 법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】에서 “법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.(단서 생략)”고 규정하면서 제2호에서 “완성도지급기준·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 제공하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때”로 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제17조【납부세액】제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제1-2호에서 “제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서 생략)” 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액”을 열거하고 있다.

다. 사실관계 및 판단 먼저, 당해 계약에 있어서 계약금을 지급하기로 한 때가 언제인지(사업자 등록일 전인지? 사업자 등록일 후인지?)를 살펴본다. 청구인과 청구외 (주)OO종합건설이 체결한 건축공사 (표준)계약서를 살펴보면 계약서 작성일은 1997년 4월 30일로 명시하면서도 공사기간은 1997년 4월부터 1998년 6월30일이라고 기재하여 착공일자를 구체적으로 명시하지 아니하였으며, 기성 부분급의 지급시기 및 방법을 별첨으로 기재하고 기성금 지급일자는 1차 기성금은 1997.5.30, 2차 기성금은 3층 골조 완료시, 3차 기성금은 5층 골조 완료시, 4차 기성금은 공사 완료 후 1개월 이내에 지급하도록 명시하면서 계약금 지급일은 구체적으로 명시하지 아니한 사실이 확인된다. 또한, 청구인이 개인적인 사정으로 계약일 당일에 계약금을 지불하지 아니하고 1997.5.10 계약금을 지불한 사실은 청구외 (주)OO종합건설이 발행한 공사계약금 297,000,000에 대한 입금표에 의해 확인되며, 실지 계약금 지급사실 및 지급일자에 대해 처분청과 청구인간에 서로 다툼이 없으며, 당해 공사용역계약이 완성도 지급기준 내지 중간지급조건부 계약에 해당되어 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 용역의 공급시기가 되는 것임에도 다툼이 없음을 알 수 있다.

처분청은 이 건 공사계약서의 작성일(1997.4.30)을 “계약금을 지급하기로 한 때”로 보고 계약금의 공급시기를 실지 계약금의 지급일자가 아닌 계약서 작성일(1997.4.30)로 보았으나, 위에서 본 바와 같이 공사계약서상 계약금의 지급시기 및 공사의 착공일자가 구체적으로 명시되지 아니한 점, 실질적인 공사가 계약서 작성일에 착공되지 아니하여 1차 기성금의 지급시기도 당초 1997.5.30로 약정되어 있었으나 실지로는 1997.6.30 지급되어 1개월간 순연된 점, 위 계약금 및 1차 기성금 지급일자를 제외한 다른 계약조건은 내용변경이 없는 점에 비추어 당시 시공회사에서 계약서의 재작성을 권하였으나 청구인이 계약조건의 변동 없음을 이유로 이를 무시하였다는 진술이 신빙성이 있어 보이는 점 등을 고려하면 계약일에 계약금이 지급되는 통상의 계약과는 달리 이건은 계약서작성일에 계약금을 지급하기로 한 것이 아님을 알 수 있으므로 실지 공사착공이 이루어지지도 않았고 계약금도 지급되지 아니한 계약서 작성일을 계약금의 공급시기로 보기보다는 실지 계약금이 지급된 날(1997.5.10)을 계약금을 지급하기로 한 때로 보아 이 날을 계약금의 공급시기로 보는 것이 타당한 것으로 보인다. 위에서 본 바와 같이 실지 계약금을 지급한 날을 계약금의 공급시기로 보는 경우 청구인이 실지 계약금 지급일(1997.5.10)과 다르게 거래일자를 기재(1997.6.30)한 매입세금계산서를 수취한 이 건에 대하여 매입세액공제가 가능한지 여부를 살펴본다.

계약금은 그 성격이 대가가 아니라 공사도급에 따른 약정금적 성격인 바 중간지급조건부의 계약에 있어 각 부분의 공급대가를 지급한 때가 공급시기이므로 중도금 지급시 계약금을 포함하여 세금계산서를 수취한 경우 이는 적정한 것(국심 88부353, 1988.6.11외 다수, 같은 뜻)으로 볼 수도 있으며, 청구인이 계약금을 실질적으로 1997.5.10 지불한 사실이 입금표에 의해 확인되고, 1차 기성금 지급액과 합하여 1997.6.30을 작성일자로 하여 공급가액 424,000,000원의 세금계산서를 수취한 사실이 확인되는 바, 실제공급일자가 다르게 기재되었다 하더라도 거래사실이 세금계산서 기재내용으로 확인된다면 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받은 경우 그 거래사실에 대한 매입세액을 공제하는 것(대법원 92누4574, 1993.2.9외 다수, 같은 뜻)이 타당한 측면이 있고, 이 건의 경우 청구인이 건물신축에 따라 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수 당한 사실이 확인되며, 세금계산서의 본질적 기능을 침해할 만한 사실과 다른 내용이 기재되어 있는 것이 아님에도 단지 동일 과세기간 내에 공급시기만 달리 기재되었다하여 “사실과 다른 세금계산서”로 보는 것은 합당하지 아니한 점이 있다(국심 99부1156, 1999.11.18, 같은 뜻).

그러므로 청구인이 쟁점 공사와 관련하여 계약금을 실지로 1997.5.10 지급하고 1997.6.30을 공급시기로 하여 부가가치세 매입세액으로 신고한 데 대하여 계약금(270,000,000원) 상당액에 대한 매입세액은 사업자등록 신청일(1997.5.8)이후 매입세액으로서 동일 과세기간 내에 공급시기만 달리 기재된 것으로 판단되므로 처분청이 사업자등록 신청일전에 공급시기가 도래하였다고 보아 쟁점 계약금에 대한 매입세액을 불공제한 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.