부가가치세 경정조사에 의하여 부가가치세를 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부(기각)

처분청이 수입종자의 공급이 부가가치세의 면세대상이라고 공적인 견해표명을 한 것이라고 볼 수 없으므로 부가가치세 과세처분은 신의성실의 원칙에 반하는 처분이 아님

1. 원처분 개요 청구인은 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 하고 91년1기 부터 93년2기 과세기간에 종자를 수입하여 판매하였다. 처분청은 수입종자는 과세재화라고 하여 위의 과세기간에 청구인이 종자를 수입하여 매출한 357,188,073원에 대하여 94.5.2 청구인에게 부가가치세 91년1기분 10,872,210원, 91년2기분 20,457,080원, 92년1기분 11,062,760원, 92년2기분 303,950원, 93년2기분 1,817,990원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.6.29 심사청구를 거쳐 94.9.13 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 처분청이 부가가치세 면세사업자로 사업자등록증을 교부하여 주고 계속 검열하여 주었기 때문에 수입종자와 국산종자를 구분하지 않고 면세되는 것으로 알았으며, 91년 및 92년 귀속 수입금액을 면세사업자로 신고하고 같은 귀속연도 소득세를 실지조사 받았는데도 부가가치세를 과세하지 않아 수입종자도 면세되는 것으로 받아들여 영업활동을 하였는 바, 사후에 처분청이 수입종자는 과세재화라고 하여 이 건 부가가치세를 소급과세한 처분은 신의 성실의 원칙에 위배된다는 주장이다.

나. 국세청장 의견 수입종자 판매에 대하여 청구인이 수년간 부가가치세를 거래징수하지 아니하고 처분청이 과세문제를 거론한 적이 없다는 사실만으로 그 거래가 면세대상이라는 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수 없고, 또한 처분청이 부가가치세를 과세하지 아니한 이건을 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 경우”로도 볼 수 없으며, 수입종자가 부가가치세 과세재화임이 명백하므로 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가 쟁점 면세사업자로 사업자등록을 하고 검열을 받은 청구인이 수입종자를 판매하고 수입금액을 부가가치세 면세사업자로 신고할 때는 물론 처분청이 91년 및 92년 귀속분 소득세를 실지조사 하면서도 부가가치세 과세문제를 거론하지 않고 있다가 그 후 부가가치세 경정조사에 의하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 이 건 관련법령 및 사실관계를 본다. 부가가치세법 제12조 제1항에서 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 하고 제1호에서 “가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물·축산물·수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물·축산물·수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것”이라고 규정하고 있다. 그리고 국세기본법 제15조 에서 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.”고 규정하고 있다. 종자는 식용에 공하지 아니하는 농산물 또는 임산물이고 수입하는 종자는 우리나라에서 생산된 것이 아니므로 면세재화가 아니며 수입종자가 과세재화임에는 다툼이 없다.

청구인은 면세사업자로 사업자등록을 하고 검열을 받았으며 91년 및 92년 귀속 수입금액을 면세사업으로 신고하였고 91년 및 92년 소득세를 실지조사 받았으나 이때까지 수입종자 매출액에 대하여 부가가치세를 과세하지 않다가 수입종자가 과세재화라는 이유로 소급하여 이건 부가가치세를 과세한 처분은 국세기본법 제15조 의 신의·성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 청구인이 면세사업자로 사업자등록을 하고 수입종자를 거래하면서 부가가치세가 면세되는 것을 전제로 작성한 계산서를 교부받거나 교부하여 왔으며, 처분청에 면세사업자로 수입금액을 신고하였는데도 그 당시에는 처분청에 의하여 부가가치세의 납부여부가 거론된 적이 없었고, 또한 처분청이 청구인의 소득세를 실지조사결정시 수입금액 중 수입종자 판매금액이 포함되어 있었음에도 처분청의 조사공무원이 청구인이 면세사업자라는 이유로 부가가치세 과세표준에 대한 검토를 생략하고 위 수입종자의 판매액에 대한 부가가치세 납부여부를 거론한 적이 없다는 사실만으로는 처분청이 청구인에게 수입종자의 공급이 부가가치세의 면세대상이라고 공적인 견해표명을 한 것이라고 볼 수 없으므로 위 수입종자에 대한 이건 부가가치세 과세처분을 국세기본법 제15조 소정의 신의성실의 원칙에 반하는 처분이라고 할 수 없다고 판단된다. (같은취지 : 대법원 90누202, 90.6.26 다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.