쟁점수목이식공사비용을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출로 본 처분의 당부(경정)

쟁점조경이식공사를 토지조성을 위한 공사라기 보다는 발전시설공사에 필수적으로 수반되는 조경공사로 판단되므로, 처분청이 쟁점세금계산서 해당 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제한 처분은 부당한

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO주식회사라는 상호로 신재생에너지(태양광) 발전사업을 영위하기 위하여 설립된 법인으로서 OOO 일대에 태양광전기발전시설(이하 “발전시설”이라 한다)을 설치하기 위하여 2008.5.2. (주)OOO과 사업부지내의 발전시설 설치지역에 있던 기존의 소나무를 발전시설 설치지역과 펜스로 구분되어 있는 사업부지내 다른 지역으로 이식하는 공사(이하 “쟁점조경이식공 사”라 한다) 관련 공급대가 2억7,500만원의 도급계약을 체결하여 공사용역을 제공받고 2008.5.30.자 49,681,391원과 2008.6.30.자 225,318,609원 관련 매입세금계산서 2매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2008년 제1기 부가가치세 신고시 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하였고, 쟁점조경이식공사와는 별도로 2008.5.28. (주)OOO과 사업부지내에 발전시설을 설치하는 공사(이하 “발전시설공사”라 한다)에 관한 도급계약을 체결하고 공사를 진행하다가 (주)OOO의 사정에 의하여 공사가 중단되어 청구법인이 기 지급한 선급금 중 1,200,656,544원(이하 “쟁점선급금”이라 한다)을 2008.9.11.부터 2008.9.23.까지 회수하고, 2008. 10.1. 수정세금계산서를 교부받아 2008년 제2기 부가가치세 확정신고시 매입세액에서 공제하였다.

나. 처분청은 쟁점조경이식공사와 관련된 쟁점세금계산서 해당 매입세 액을 토지조성을 위한 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제하여 2009. 10.15. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 30,590,000원을 경정·고지하는 한편, 청구법인이 (주)OOO로부터 쟁점선급금을 2008.9.11.부터 2008.9.23.까지 회수하고 관련 매입세액을 2008년 제2기 부가가치세 예정신고시 공제하지 아니하여 결과적으로 동 예정신고시 과다환급이 발생된 것으로 보아 초과환급신고가산세 등을 가산하여 2009.10.15. 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 24,875,410원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.12.30. 이의신청을 거쳐 2010.4.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점

① 관련 OOO이 청구법인에게 발전시설 건축신고필증 교부시 발전시설을 설치하기 위해서는 사업부지내 발전시설 설치지역에 자생하는 임상이 양호하고 보전가치가 있는 수목은 사업부지내에 이식하여 재활용하여야 한다는 조건을 제시한 바, 청구법인은 부득이 수목을 이식하게 되었을 뿐, 처분청 의견처럼 토지의 조성을 이용하여 수목이식공사를 한 것이 아니며, 태양광발전시설의 특성상 발전시설 설치지역내의 수목은 태양광에 영향(그늘)을 미치기 때문에 부득이 펜스로 구별된 동 설치지역 경계주변에 수목을 이식하였고, OOO에서도 주변환경과 조화로운 조경을 시행할 것을 요구한 바, 처분청이 토지조성을 위하여 설치지역 외의 장소에 수목을 이식한 것으로 보아 과세한 처분은 사실관계를 잘못 인식한 것에 근거한 것이므로 부당하다.

(2) 쟁점

② 관련 발전시설공사가 중단되어 2008.9.11.부터 2008.9.23.까지 쟁점선급금을 회수하였으나, 청구법인과 (주)OOO은 특수관계자로서 공사중단에 관한 합의서는 선급금 회수 이후인 2008.10.1. 작성한 것이 사실이며, 2008년 제2기 부가가치세 예정신고기간에 쟁점선급금을 회수한 사실에 대하여는 다툼이 없는 바, 계정별 원장의 사후 기재 여부는 쟁점이 아니므로 동 합의서 작성일을 수정세금계산서 교부시기로 보아야 함에도 불구하고, 처분청이 선급금 회수 이후에 작성한 합의서를 예정신고시 쟁점선급금에 대한 매입세액공제를 회피하기 위한 것일 뿐이라고 임의로 판단하고 선급금 회수일에 수정세금계산서를 교부받아 부가가치세 예정신고시 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하였다는 이유로 초과환급신고가산세 등을 경정·고지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점

① 관련 청구법인은 쟁점조경이식공사와는 별도로 2008.10.19. (주)OOO과 사업부지내 발전시설 설치지역 외에 조경공사를 위한 계약(공급대가 4억7,200만원)을 체결하여 소나무 180주를 식재한 바, 동 공사의 비용은 발전시설공사와 직접 관련된 수익적 지출이라고 할 수 있으나, 쟁점조경이식공사는 보존가치가 있는 수목을 재활용하기 위한 것으로 발전시설공사와 직접 관련된 조경공사로 볼 수 없고, 철제 펜스에 의하여 발전시설 설치지역과 구분되는 지역에 수목을 이식한 공사는 근본적으로 발전시설 설치에 대비하여 토지를 이용가능한 상태로 조성하기 위한 공사로 판단되므로 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점

② 관련 청구법인이 쟁점선급금을 2008년 제2기 부가가치세 예정신고기간에 회수한 때를 공급가액의 증감사유가 발생한 것으로 하여 수정세금계 산서를 교부받아 부가가치세 예정신 고시 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 2008.10.1. 수정세금계산서를 교부받아 동 확정신고시 매입세액에서 공제함으로써 동 예정신고시 납부하였어야 할 부가가치세 53,347,693원을 납부하지 아니하고, 오히려 55,802,901원의 매입세액을 환급받은 바, 통상적으로 고액의 거래가 수반되는 거래는 합의가 사전에 이루어지고 그에 따라 대금의 수수가 이루어지는 것이 일반적이라고 볼 때, 청구법인이 제출한 (주)OOO과의 합의서는 당초 조사시 제출되지 아니한 합의서이고, 쟁점선급금이 회수된 이후인 2008.10.1. 작성된 점, 그 내용도 회수일시, 금액 및 방법 등에 대한 언급 없이 총액만 기재되어 있어 객관적인 자료라 볼 수 없고, 조기환급에 대한 검토시 청구법인으로부터 제출받은 선급금 계정별원장에는 2008.10.22.까지의 거래내역이 계상되어 있음에도 불구하고 유독 2008년 9월분 거래내역만 누락되어 있는 점 등에 비추어, 청구법인의 주장은 신빙성이 없으므로 쟁점선급금 회수일에 공급가액의 증감사유가 발생하여 이 날을 수정세금계산서를 발행하여야 할 공급시기로 보아 초과환급신고가산세 가산세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점조경이식공사에 대한 비용을 토지관련 매입세액으로 볼 수 있는지 여부

② 수정세금계산서 교부시기를 대금을 회수한 날로 볼 것인지 아니면 대금수령 이후 쌍방간에 합의서를 작성한 날로 볼 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제9조【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 제22조【가산세】

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만，대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2008.12.3. 대통령령 제21148호로 개정되기 전의 것) 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공 급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본 다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제59조【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다. 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) OOO이 2008.3.10. 청구법인에 대하여 발전시설 산지전용을 허가하면서 통지한 사전환경성검토 협의의견에 의하면, 부지 조성시 현재의 지형을 최대한 이용하여 사면 및 절·성토량 발생을 최소화하고, 주변 환경과 조화로운 조경계획을 수립·시행하여 사업으 로 인한 경관영향을 최소화하여야 하며, 임상이 양호하고 보전가치가 있는 수목은 사업지역내에 이식하여 재활용하여야 한다고 기재되어 있다. (나) 청구법인이 발전시설을 설치하기 위하여 (주)OOO과 쟁점조경이식공사에 관한 도급계약을 체결한 후 용역을 공급받고 그 대가를 지급한 것에 대하여 (주)OOO로부터 쟁점세금계산서를 수수한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청이 다투지 아니한다. (다) 처분청의 부가가치세 환급 현지확인 결과보고서에 의하면, 발전시설이 설치된 지역에는 조경수 등 수목이 전혀 식재되지 아니하였으며, 발전시설 설치지역과 펜스로 구분된 사업부지내 경계지역에 수목이 이식된 사실이 확인되고 있다. (라) 청구법인과 (주)OOO이 쟁점조경이식공사에 관한 도급계약을 체결한 바, 공사원가계산서에 의하면, 부가가치세 2,500만원을 포함한 총원가가 2억7,500만원으로 기재되어 있으며, 청구법인의 2008사업연도 회계장부인 계정별 원장의 시설장치 계정에 의하면, 부가가치세가 포함되지 아니한 오수공사대금(조경공사)으로 2008.5.30. 45,164,900원, 2008. 6.30. 204,835,099원이 계상되어 있음이 확인되고 있다.

(마) 살피건대, 청구법인은 발전시설 설치를 위해서는 수목의 이전이 반드시 필요하였기 때문에 쟁점조경이식공사가 발전시설공사와 직접 관련된 공사로서 동 공사비는 자본적 지출이 아니라 수익적 지출에 해당한다고 주장하고 있으며, OOO이 발전시설 공사를 위한 산지전용을 승인하면서, 부지조성시 기존 지형을 최대한 이용하고 주변환경과 조화로운 조경계획을 수립·시행하라고 요구함과 동시에 임상이 양호한 수목을 사업지역내에 이식하라고 요구한 것에 대하여 청구법인이 이를 수용하여 수목을 이식하였고, 수목이식공사비용이 발전시설공사의 원가를 구성하는 점 등에 비추어, 쟁점조경이식공사를 토지조성을 위한 공사라기 보다는 발전시설공사에 필수적으로 수반되는 조경공사로 판단되므로, 처분청이 쟁점세금계산서 해당 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 30,590,000원을 경정·고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인이 발전시설공사의 중단에 따라 (주)OOO로부터 2008년 제2기 부가가치세 예정신고기간인 2008.9.11.부터 2008.9.23.까지 쟁점선급금(1,200,656,644원)을 회수하였으나, 쟁점선급금 관련 수정세금계산서는 2008.10.1.자로 교부받아 2008년 제2기 부가가치세 확정신고시 매입세액에서 공제하였고, 2008년 제2기 예정신고에 따른 조기환급 검토시 제출한 청구법인의 선급금 계정별원장에는 쟁점선급금의 회수내용이 누락되어 있었으나, 과세전적부심사시 처분청에 제출한 동 원장에는 회수내용이 기재되어 있다. (나) 청구법인과 (주)OOO이 2008.10.1. 작성한 합의서에 의하면, 수급인인 (주)OOO이 납품지연으로 쟁점선급금을 청구법인에게 반환하는 것으로 되어 있으나, 회수일시, 금액 및 방법 등의 언급없이 총액만 기재되어 있다. (다) 살피건대, 「부가가치세법」제9조 제2항, 같은 법 시행령 제22조에는 “통상적인 용역의 공급인 경우 역무의 제공이 완료되는 때를 용역의 공급시기로 본다”라고 규정하고 있고, 같은 법 제16조 제1항에는 “사업자가 용역을 공급한 경우 위 공급시기에 작성연월일 등의 사항을 기재한 계산서를 공급 받은 자에게 교부하여야 하고, 다만 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 사유가 발생하였다면 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제59조 제3호에는 “공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하여 같은 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서를 교부할 수 있다”라고 규정하고 있다.

통상의 경우 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생하는 증감사유는 그 금액의 수수 이전에 발생하고 그 때 합의서 등이 작성되는 데, 이 건의 경우는 법원의 판결서에 준하는 합의서 등이 사전에 작성되지 아니하였으며, 청구법인과 (주)OOO이 쟁점선급금을 수수한 이후인 2008.10.1. 작성한 합의서에는 회수일시, 금액 및 방법 등에 대한 언급 없이 총액만 기재되어 있는 바, 쟁점선급금 수수일을 수정세금계산서 교부시기로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 사업자가 예정신고기간에 교부하여야 할 세금계산서를 예정신고기간내에 교부하지 아니하고 확정신고기간에 교부한 경우 이는 동일 과세기간에 교부한 세금계산서로서 매출누락에는 해당되지 아니하나, 과소신고분에 대한 과소신고가산세 및 세금계산서부실기재가산세가 적용되는 것이므로, 처분청이 수정세금계산서 교부시기를 쟁점선급금 수수 종료일로 보아 초과환급신고가산세 등을 가산하여 2008년 제2기 부가가치세 24,875,410원을 경정·고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.