동일과세기간에 조세감면규제법상 감면율이 다른 토지를 양도한 경우에그 감면세액의 산정방법(취소)

100%감면토지에 대한 감면세액은 당해 토지의 양도소득금액을 기준으로 하여 적용되는 세율을 기준으로 하여야 하는바, 동 양도소득금액 12,004,007원에는 40%의 세율이 적용되므로 동 상당액만을 감면세액으로 하여야 한다는 의견임.

1. 사실청구인은 구조세감면규제법 제62조에 의하여 양도소득세의 50%에 상당하는 세액이 감면되는 서울시 양천구 O동 OOOO OO 외 1필지의 토지(이하 “50%감면토지”라 한다)를 91.6 양도하였으며, 91.11에는 구조세감면규제법 제57조및 동법 부칙(90.12.31 법률 제4285호) 제14조에 의하여 양도소득세의 100%에 상당하는 세액이 감면되는 경기도 용인군 기흥읍 OO리 OOOO OO 임야 2,063㎡의 청구인의 소유지분(이하 “100%감면토지”라 한다)를 양도하였다.처분청은 91년 과세기간분 양도소득세를 과세하면서 100% 감면토지의 양도에 따른 양도소득금액 12,004,007원을 50% 감면토지의 양도소득금액에 합산하여 산출세액을 계산한 후에 감면세액을 계산함에 있어서는 100%감면토지의 양도소득금액 12,004,007원만을 양도하였다고 보면 40%의 세율이 적용되어야 한다하여 이에따라 계산한 4,801,602원을 감면세액으로 공제한 나머지인 2,880,960원을 93.11.16 청구인에게 결정고지 하였다.청구인은 이에 불복하여 93.12.8 심사청구를 거쳐 94.3.11 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장양도소득세를 전액감면 하여야 하는 경우에는 당해토지의 납부세액계산시 적용한 세율을 동시에 감면세액계산시에도 적용하여야 할 것이므로 처분청이 100%감면토지의 양도소득금액을 50%감면토지의 양도소득금액에 합산하여 60%의 세율을 적용하여 산출세액을 계산한 바 있으므로 감면세액을 계산함에 있어서도 60%를 적용하여 실질적으로 전액감면 되도록 하여야 한다.

3. 국세청장 의견100%감면토지에 대한 감면세액은 당해 토지의 양도소득금액을 기준으로 하여 적용되는 세율을 기준으로 하여야 하는바, 동 양도소득금액 12,004,007원에는 40%의 세율이 적용되므로 동 상당액만을 감면세액으로 하여야 한다는 의견이다.

4. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구는 동일 과세기간에 조세감면규제법상 감면율이 다른 토지를 양도한 경우에 그 감면세액을 어떠한 방법에 의하여 산출하여야 하는지를 가리는데 있다하겠다.

나. 이 건의 경우 감면세액에 대하여 보면.

(1) 양도소득세가 과세되는 토지는 당해 토지가 등기되었는지 여부에 따라서 그에 대하여 적용하는 세율이 다를 뿐만 아니라 보유기간에 따라 양도소득 특별공제액 및 장기보유 특별공제액등의 양도차익에서 공제되는 공제금액을 달리하고 있으므로 양도소득세 과세를 위한소득세법 제23조의 양도소득금액은 토지의 거래단위 별로 결정되어야 할 것이다.그러나소득세법 제8조제1항에서 소득세(양도소득세 포함됨)의 과세기간을 1.1부터 12.31까지의 1년분의 소득금액으로 하고 있으며동법 제70조제3항에서는 양도소득에 대한 소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 동항 각호에서 규정한 세율을 적용하여 계산한 금액을 양도소득산출세액으로 하도록 규정하고 있으므로 양도소득산출세액은 당해 과세기간에 양도된 토지의 양도소득금액을 합산하여 일정세율을 적용하여 산출된다 하겠다.

(2) 위와 같이 1 과세기간의 양도소득세 산출세액은 당해 과세기간에 양도된 토지의 양도소득금액을 합하여 일정세율을 적용하여 산출되나 동 기간에 양도된 토지중 양도소득세가 감면되는 율이 다른 2 이상의 토지가 양도된 경우에 어떠한 방법에 의하여 각 토지양도에 따른 감면세액을 계산하여소득세법 제16조에서 규정한 결정세액을 계산하여야 하는지에 대하여 소득세법이나 양도소득세의 감면을 규정한 조세감면규제법에도 규정하고 있는 바가 없다.

(3) 앞서 본 바와같이 동일 과세기간의 양도소득세는 당해 과세기간에 양도된 토지의 양도소득금액을 합산하여 감면여부 및 감면율에 관계없이 일정한 세율이 적용되어 양도소득산출세액이 계산되므로, 감면율이 다른 토지가 동일 과세기간에 양도된 경우의 감면세액은 다음산식과 같이 당해 과세기간의 양도소득산출세액을 감면율이 다른 각 토지의 양도소득금액으로 안분한 금액에 당해토지의 감면율을 적용하여 각각 계산하는 것이 합리적이라 하겠다.〈산 식〉A : 당해과세기간의 양도소득 산출세액

(4) 이 건의 경우 위 산식에 의하여 감면세액을 계산하면 50% 감면토지의 감면세액은 281,680,898원이 되며, 100% 감면토지의 감면세액은 6,791,453원이 되어 당해 과세기간의 감면세액은 288,472,351원이 되므로 동 금액과 기납부한 세액을 양도소득세 산출세액 570,153,250원에서 공제하여 결정세액이 계산되어야 한다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 일부 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.