처분청이 직권으로 감면한 감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다가 과세처분전에 임시주주총회의 의결을 거쳐 기업합리화적립금을 적립하고 수정신고한 경우에 동 감면세액을 추징한 처분의 당부(취소)

청구법인의 경우 1992사업연도부터 1997사업연도까지 이익잉여금을 배당금 등의 형태로 사외유출한 사실이 없음을 청구법인의 이익잉여금처분계산서를 통하여 알 수 있고, 경정일이 속하는 사업연도에 적립하지 못한 기업합리화적립금을 임시주주총회를 통하여 적립하고, 동 감면세액을 추징하기 전에 수정신고를 통하여 처분청에 이와 같은 사실을 알렸으므로 청구법인은 조세감면규제법 제123조 제1항 및 같은 법 시행령 제108조에서 규정한 기업합리화적립금을 적립하였다 할 것이므로 처분청이 이미 감면받은 세액을 추징하는 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

1. 처분 개요

청구법인은 대구광역시 달성군 논공면 O리 OOOO에서 자동차부품을 제조하는 업체로서 1995.8.6 대구지방국세청으로부터 1992～1994 사업연도분 법인세조사를 받았고, 처분청은 위 세무조사의 결과통보에 따라 1995.8.16 법인세 과세표준 및 세액을 경정하면서 산출세액의 증가로 공제감면세액 51,391,318원(1992사업연도: 15,870,884원, 1993사업연도: 20,564,768원, 1994사업연도: 14,955,666원, 이하“쟁점감면세액”이라 한다)을 직권으로 감면하였으나, 청구법인이 쟁점감면세액에 대하여 1995사업연도분 이익금 처분시 기업합리화적립금을 추가 적립하지 아니하였다 하여 처분청은 쟁점감면세액의 감면을 배제하고 1998.4.17 청구법인에게 1995사업연도분 법인세 66,659,670원을 결정고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 1998.6.15 심사청구를 거쳐 1998.8.13 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견가. 청구주장조세감면규제법 제123조의 규정은 공제감면세액상당액을 사내유보를 통하여 재무구조의 건실화를 도모하고 아울러 공제·감면에 대한 사후관리를 위한 방법으로 공제감면세액상당액을 그 감면받은 사업년도의 이익처분에 있어서 기업합리화적립금으로 적립할 것을 의무화하고 있는 것으로 사료되는 바,청구법인은 처분청의 청구법인에 대한 1992～1994사업연도 법인세조사와 관련하여 증가된 쟁점감면세액 상당액에 대하여 1995사업년도 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금을 적립하지는 않았으나 배당 등으로 사외유출된 이익잉여금은 없으며, 또한 1997.6.5 임시주주총회를 개최하여 증가된 쟁점감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하고 1997.7.10 법인세 수정신고한 사실이 있으므로, 쟁점감면세액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다 하여 쟁점감면세액을 추징한 처분청의 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견당해법인이 세무조정으로 인하여 당해 사업연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다가 결산확정일 이후에 추가로 적립한 사실이 인정된다 하더라도 기업합리화적립금의 미적립으로 인한 추가적립사항은 수정신고 대상이 아니라는 유권해석(재경원 기법 46019-125, 1997.4.2)의 취지 등으로 보아, 1992～1994사업연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 세무조정으로 증액되어 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 경우에는 그 다음 사업연도(1995사업연도) 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 함에도 청구법인이 1995사업연도 이익금처분시에 쟁점감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립한 사실이 없으므로, 쟁점감면세액 상당액을 추징한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청이 직권으로 감면한 쟁점감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다가 과세처분전에 임시주주총회의 의결을 거쳐 기업합리화적립금을 적립하고 수정신고한 경우에 동 감면세액을 추징한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구조세감면규제법 제123조제1항에서「제5조 내지 제7조·제9조 내지 제11조·제20조·제25조 내지 제27조·제31조 제7항 내지 제9항·제32조 제8항·제34조·제37조·제45조·제46조·제50조·제51조·제53조·제54조·제88조·제93조·제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다」고 규정하고,제2항에서는「제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다」고 규정하고 있으며,같은 법 시행령 제108조 제1항에서는「법 제123조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일(법인세법 제26조제1항의 결산확정일을 말한다) 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우」라고 규정하고,제3항에서는「제1항의 규정에 의한 사유로 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 사업연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점감면세액 상당액을 경정일이 속하는 1995사업연도의 법인세 신고시 기업합리화적립금으로 적립하지 않았다가, 1997.6.5 임시주주총회를 개최하여 쟁점감면세액을 추가로 적립하고 1997.7.10 이에 대한 수정신고를 한 사실이 법인세과세표준 및 세액신고서에 의해 확인되고,처분청은 1995.8.6 법인세 결정시 직권감면한 쟁점감면세액을 청구법인이 1995사업연도 법인세 신고시 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다 하여 이를 추징, 과세한 사실이 법인세과세표준 및 세액결정결의서등 과세자료에 의해 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점감면세액에 상당하는 기업합리화적립금을 경정일이 속하는 사업연도의 이익금 처분시에 적립하지 않았지만 배당 등으로 사외유출된 이익잉여금은 없을 뿐만 아니라, 기업합리화적립금을 추가로 적립하고 수정신고를 한 사실이 있으므로 처분청이 쟁점감면세액을 추징한 처분은 부당하다는 주장인 바, 이에 대해 살펴본다. (가) 조세감면규제법에서 규정하는 기업합리화적립금제도는 감면액이 주주배당 등으로 사외유출되는 경우 감면의 취지가 상실되므로 감면세액에 상당하는 이익잉여금을 사외에 유출시키지 말고 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해기업의 재무구조의 개선과 건실화를 도모하기 위한 것(국심 98부2289, 1999.12.29 외 다수 같은 뜻)이고, 전시조세감면규제법 제123조에서 규정하는 기업합리화적립금의 적립은 이 건과 같은 세액공제를 받기 위하여 먼저 이행하여야 할 요건이 아니라 그 공제를 받은 후에 공제받은 자가 공제받은 사업연도의 이익금 처분시 혹은 대통령령이 정하는 적립시기에 이행하여야 할 사후의 요건이고 공제된 세액 상당의 추징을 면할 요건(대법 95누17755, 1996.10.26 같은 뜻)에 불과한 것으로 해석된다.

(나) 위와 같은 조세감면규제법상의 기업합리화적립금제도의 입법 취지와 감면배제의 구조는 법 소정의 시기에 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다 하더라도 적립금의 추가적립시까지의 기간에 적립하여야 할 감면세액의 사외유출이 없다면 가능한 한 그 기회를 보장하여야 할 것인 바, 법인세 수정신고 기간이 지난 후라 하더라도 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 사실을 발견하여 감면세액을 추징하는 과세처분이 있기 전에 그 공제액을 기업합리화적립금으로 적립하였다면조세감면규제법 제123조제1항 및 같은 법 시행령 제108조에서 규정한 기업합리화적립금을 적립하였다 할 것이다. (대법 95누17014, 1996.2.23 같은 뜻)(다) 한편, 1997.12.13. 법률 제5417호로조세감면규제법 제123조제2항의 규정이 신설되면서 기업합리화적립금을 당해 사업연도에 적립하지 아니하는 경우 당해 사업연도후 최초로 처분가능이익(당기순이익+이월이익잉여금-이월결손금-이익준비금)이 발생하는 사업연도의 이익금 처분시까지 적립할 수 있다고 규정하면서 제3항에서 위 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수토록 규정함으로써 공제·감면 자체를 배제하기보다는 절차 불이행에 따른 가산세를 부과하도록 하여 납세자의 권익증진 차원에서 기업합리화적립금제도를 합리적으로 보완하였음을 알 수 있다.

(라) 살피건대, 이 건 청구법인의 경우 1992사업연도부터 1997사업연도까지 이익잉여금을 배당금 등의 형태로 사외유출한 사실이 없음을 청구법인의 이익잉여금처분계산서를 통하여 알 수 있고, 경정일이 속하는 사업연도에 적립하지 못한 기업합리화적립금을 임시주주총회를 통하여 적립하고, 동 감면세액을 추징하기 전에 수정신고를 통하여 처분청에 이와 같은 사실을 알렸으므로 청구법인은조세감면규제법 제123조제1항 및 같은 법 시행령 제108조에서 규정한 기업합리화적립금을 적립하였다 할 것이므로 처분청이 이미 감면받은 세액을 추징하는 이 건 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (국심 98구2289, 1999.12.29 합동회의 같은 뜻)라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.