사업 양수 대리납부세액은 공제할 수 있나?

부동산개발업자가 진행 중인 업무시설 개발사업의 사업부지와 사업 관련 권리·의무 일체를 프로젝트금융투자회사에 양도한다. 양수인은 양수대가 지급 때 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고·납부한다.

양수인이 양수대가를 양도인에게 지급하는 때에 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고･납부하는 경우에는 양수인이 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액(토지에 대한 자본적 지출 관련 매입세액 차감 후의 세액)은 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임

법규과-2701

부동산개발업을 영위하는 사업자(이하 “양도인”)가 업무시설 개발사업이 진행 중인 사업부지와 사업관련 권리･의무 일체를 프로젝트금융투자회사(이하 “양수인”)에게 양도하는 계약을 체결한 경우로서, 양수인이 ｢부가가치세법｣ 제52조제4항 및 같은 법 시행령 제95조제5항에 따라 그 양수에 따른 대가를 양도인에게 지급하는 때에 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고･납부하는 경우에는 양수인이 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액(토지에 대한 자본적 지출 관련 매입세액 차감 후의 세액)은 같은 법 제38조제1항제1호에 따라 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임

질의

부동산 개발사업의 사업부지와 관련 권리·의무 일체를 양수하고 부가가치세를 신고·납부한 경우 매입세액을 공제할 수 있는가?

회답

양수인이 「부가가치세법」 제52조제4항 및 같은 법 시행령 제95조제5항에 따라 양수대가를 지급할 때 그 대가에 따른 부가가치세를 관할세무서장에게 신고·납부한 경우, 자기의 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 부담한 매입세액은 같은 법 제38조제1항제1호에 따라 매출세액에서 공제할 수 있습니다.

다만, 토지에 대한 자본적 지출 관련 매입세액을 차감한 후의 세액에 한합니다.

국세청 법령해석 사전-2024-법규부가-0636 (2024.11.05 회신), "사업 양수 대리납부세액은 공제할 수 있나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/200000000000007211/