일괄 시행한 토지조성공사 매입세액은 공제되는가?

새만금사업법에 따라 설립된 공사가 국가로부터 공유수면 매립면허권을 현물출자 받아 사업을 시행하였다. 매립공사와 토지조성공사를 단계별로 나누지 않고 일괄 시행했으며, 매립공사 후 등기 없이 토지조성공사 준공승인 후 토지로 등기되었다.

공사가 새만금 스마트 수변도시·조성사업을 시행하는 경우로서 공유수면매립공사 및 토지조성공사를 단계별 시행이 아닌 일괄 시행하는 경우 토지조성공사 관련된 매입세액은 공제받을 수 있는 것임(다만, 부가법 제39조제1항에 따른 공제하지 아니하는 매입세액은 제외)

법규과-3673

｢새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법｣(이하 “새만금사업법”)에 따라 설립된 공사(이하 “공사”)가 국가로부터 공유수면 매립면허권을 현물출자 받아 새만금개발청의 통합개발계획 승인에 따라 ‘새만금 스마트 수변도시·조성사업’을 시행하는 경우로서, 해당 사업에 따라 공유수면매립공사 및 토지조성공사를 단계별 시행이 아닌 일괄 시행하여 공유수면매립공사 완료 후 토지로의 등기가 수반되지 않고 토지조성공사 준공 후 새만금개발청의 준공승인에 따라 토지로 등기가 이루어 지는 경우 토지조성공사에 관련된 매입세액은 토지에 관련된 매입세액에 해당하지 않으므로 ｢부가가치세법｣ 제38조제1항에 따라 공제받을 수 있는 것입니다. 다만, 해당 매입세액이 같은 법 제39조제1항에 따른 공제하지 아니하는 매입세액인 경우는 제외하는 것입니다.

질의

공유수면매립공사와 토지조성공사를 일괄 시행하고 토지조성공사 준공 후 토지로 등기하는 경우 관련 매입세액을 공제받을 수 있는지.

회답

｢새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법｣에 따라 설립된 공사가 공유수면매립공사와 토지조성공사를 일괄 시행하고, 매립공사 완료 후 토지 등기 없이 토지조성공사 준공 후 준공승인에 따라 토지로 등기하는 경우 토지조성공사 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다. 따라서 ｢부가가치세법｣ 제38조제1항에 따라 공제받을 수 있다.

다만, 같은 법 제39조제1항에 따른 공제하지 않는 매입세액이면 제외한다.

국세청 법령해석 사전-2022-법규부가-0879 (2022.12.22 회신), "일괄 시행한 토지조성공사 매입세액은 공제되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000555174/