보조금으로 협약사업을 수행하면 부가세가 과세되나?

국토교통부와 ○○시는 2022년 지역거점 스마트시티 조성사업 추진을 위한 협약을 체결했다. ○○시와 공사는 위수탁협약을 체결했고, 공사는 협약사업 관련 보조금을 사업비로 지급받는다. 공사는 총사업비 교부·집행·정산 등의 관리업무와 혁신성장공간 조성사업을 수행한다.

1. 공사가 협약사업 관리업무를 수행하는 경우 부가가치세가 과세되며, 부가가치세 과세표준은 집행사업비가 되는 것임

2. 공사가 혁신성장공간 조성사업을 수행하는 경우 부가가치세가 과세되는 것임

3. 혁신성장공간 조성사업에서 공사가 사업 관련 현물을 자가 부담하는 경우 부가가치세가 과세되지 않는 것임

법규과-3216

국토교통부와 ○○광역시(이하 “○○시”)가 “2022년 지역거점 스마트시티 조성사업”(이하 “협약사업”) 추진을 위하여 협약을 체결하고 그와 관련하여 ○○시와 ○○광역시도시공사(이하 “공사”)가 체결한 위수탁협약에 따라 공사가 ○○시로부터 협약사업과 관련된 보조금(이하 “보조금”)을 사업비로 지급받는 경우로서

1. 공사가 협약사업 관리업무(총사업비 교부·집행·정산 등)를 수행하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제11조제1항에 따라 ○○시에 용역을 공급하는 것으로 부가가치세가 과세되며, 협약사업 관리업무에 대한 같은 법 제29조에 따른 부가가치세 과세표준은 공사가 ○○시로부터 지급받는 보조금중 협약사업 관리업무에 대한 대가로 지급받는 집행사업비가 되는 것입니다.

2. 공사가 단위사업 중 혁신성장공간 조성사업을 수행하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제4조에 따라 부가가치세가 과세되는 것입니다.

3. 혁신성장공간 조성사업에서 공사가 사업 관련 현물을 자가 부담하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제9조에 따른 재화의 공급에 해당하지 아니하여 부가가치세가 과세되지 않는 것입니다.

질의

공사가 보조금을 사업비로 받아 협약사업 관리업무와 혁신성장공간 조성사업을 수행하고 사업 관련 현물을 자가 부담하는 경우의 부가가치세 과세 여부와 과세표준.

회답

1. 공사가 협약사업 관리업무(총사업비 교부·집행·정산 등)를 수행하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제11조제1항에 따라 ○○시에 용역을 공급하는 것으로 부가가치세가 과세된다. 같은 법 제29조에 따른 과세표준은 보조금 중 관리업무의 대가로 지급받는 집행사업비이다.

2. 공사가 단위사업 중 혁신성장공간 조성사업을 수행하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제4조에 따라 부가가치세가 과세된다.

3. 혁신성장공간 조성사업에서 공사가 사업 관련 현물을 자가 부담하는 경우 ｢부가가치세법｣ 제9조에 따른 재화의 공급에 해당하지 않아 부가가치세가 과세되지 않는다.

국세청 법령해석 사전-2022-법규부가-0792 (2022.11.08 회신), "보조금으로 협약사업을 수행하면 부가세가 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000555061/